华大时空Stereo-seq技术助力揭示黑色素瘤细胞的生长和转移机制

小鼠出生后大脑内侧结构的单细胞空间转录组图谱

2022.05.17

小鼠出生后大脑内侧结构的单细胞空间转录组图谱

Frontiers in Cell and Developmental Biology [IF：6.081]

①利用Stereo-seq对出生后第七天（P7）的小鼠脑样本矢状面最中线处相邻2张切片进行实验，验证了已报道25个脑区特异性基因分布与报道结果一致，并且2张切片之间具有很高的一致性，bin50（50×50 DNB bins，25 µm diameter）基因数为2,276，证明了Stereo-seq原位捕获的高精度和高效性，为后续数据探索和生物学解释提供了高质量的资源。

②采用Bin50对P7小鼠脑矢状面切片聚类，共鉴定出41个不同的解剖学结构，且已知典型标识基因在脑切片上的表达分布和报道的原位杂交数据一致；同时，在脑切片上观察到了皮层不同层、背腹轴以及不同脑区的基因和调节子表现出强烈的区域特异性，表明了不同脑区的功能差异。

③通过Stereo-seq，基于图像的细胞分割描述了全脑切片的单细胞分辨率图谱；在P7小鼠脑切片的不同区域识别出了41个亚型的99,365个细胞（每个细胞698个基因），不同细胞类型其空间分布表现出强烈的区域异质性，表明每个区域都有特定的功能。

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小鼠大脑切片的Stereo-seq实验方法及数据分析示意图

文章标题：A cellular resolution spatial transcriptomic landscape of the medial structures in postnatal mouse brain.

发表日期：2022.05.17；DOI：10.3389/fcell.2022.878346

研究文章；小鼠，大脑，细胞类型，空间转录组，Stereo-seq，scRNA-seq；Mengnan Cheng, Liang Wu, Chuanyu Liu, Longqi Liu；中国科学院大学，深圳华大生命科学研究院，郑州大学；中国

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