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超牛算法！从Cell封面到Nature，Stereo-seq助力西湖大学定位抑郁症“藏身之处”

2025年3月19日，西湖大学杨剑团队最新研究在Nature发表。研究人员通过一种名为gsMap的技术，首次绘制出人类复杂疾病相关的大脑细胞“空间地图”，揭示了精神分裂症、抑郁症等疾病的细胞空间分布特征，为脑疾病机制研究和精准治疗提供了新工具。值得一提的是，为了验证gsMap的有效性，研究人员采用了基于华大时空组学技术Stereo-seq生成的小鼠数据集，成功复现了不同器官与性状间的已知关联，并带来了一系列疾病关联细胞的空间定位革命。

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单细胞+空间组学破解“儿童肿瘤之王”免疫抑制之谜：CD112/CD155异质表达，影响γδT细胞肿瘤杀伤活性

近日，国家儿童医学中心/首都医科大学附属北京儿童医院/北京市儿科研究所倪鑫/桂晋刚教授团队在《Cancer Research》发表题为“Spatial and Single Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions that Instructs Intratumoral γδT-Cell Activity”的研究论文。

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Mol. Plant | Stereo-seq助力绘制首个国产大豆的全生命周期器官发育“时空图谱”

近日，中国科学院遗传发育所携手华大生命科学研究院、崖州湾国家实验室和中国科学院基因组研究所等单位，基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq等，成功绘制了首个国产大豆的全生命周期器官发育“时空图谱”，相关成果发表于国际权威期刊《分子植物》（Molecular Plant）。该研究首次实现了大豆基因表达在发育阶段、细胞类型和空间定位的精准解析，为破解大豆器官发育机制提供了里程碑式资源。

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iMeta | 肠道微生物“缺席”引发免疫代谢紊乱？Stereo-seq来解谜

2025年2月14日，华大生命科学研究院方晓东、康美华大韩丽娟、哥本哈根大学Kristiansen Karsten、华中农业大学魏泓等在iMeta发表了肠道微生物相关研究。在本研究中，科研人员利用单细胞RNA测序技术（scRNA - seq）、华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，以及靶向胆汁酸代谢的组学手段，对无菌小鼠和无特定病原体小鼠的不同组织器官展开了全方位的多组学数据大对比。

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Cell Discovery | 肝癌治疗新曙光！Stereo-seq助力首次绘制两种不同类型肝细胞癌的“城市地图”

近日，华大联合复旦大学附属中山医院、中国科学院神经科学研究所等团队，在Cell Discovery发表肝细胞癌相关研究。研究利用图像深度学习、空间蛋白质组学、华大时空组学技术Stereo-seq，以及单细胞/细胞核RNA测序等技术，首次解析了两种不同基质模型的肝细胞癌（HCC）——纤维环阳性肝细胞癌（FR+ HCC）和纤维环阴性肝细胞癌（FR- HCC）的基质蛋白分子及细胞组成的空间图谱。

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STTT | 熬夜引发致命“免疫风暴”？Stereo-seq助力揭秘暴发性心肌炎幕后黑手并探索潜在疗法

北京时间2025年2月10日，华中科技大学附属同济医院与华大生命科学研究院合作在Signal Transduction and Targeted Therapy上发表了一项关于暴发性心肌炎最新研究成果。该研究结合了华大时空组学（Stereo-seq）技术和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，在CVB3病毒感染的小鼠模型中绘制出FM时空动态基因图谱。

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Cell子刊！华大开发新算法，为组织发育和疾病研究提供重要支撑

北京时间2月4日，西南华大生命科学研究院科研团队成功开发了推断细胞时空分化轨迹的新算法SpaTrack，相关成果在线发表于Cell旗下子刊Cell Systems。该算法可充分整合细胞的转录组和空间信息，构建细胞分化的动态轨迹，为揭示组织发育、器官再生和疾病进展的动态研究提供了有效的方法支持与重要见解。

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Nature Cell Biology | Stereo-seq助力数字3D重构CS7时期的原肠胚模型

近日，Stereo-seq再度助力研究人员在该领域取得重要进展。中国科学院动物研究所郭靖涛研究员、中国农业大学魏育蕾教授、北京理工大学肖振宇副教授及中国科学院动物研究所于乐谦研究员再次合作，于Nature Cell Biology上发表成果（DOI: 10.1038/s41556-024-01597-3），利用高分辨Stereo-seq的连续切片，结合深度学习算法进行三维对齐，生成了包含不同细胞类型和基因表达的三维空间分布点云图，从而数字3D重构了CS7时期的原肠胚模型。

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Cancer Discovery | Stereo-seq助力揭示胃癌发展过程中的空间异质性及细胞状态变化

2025年1月9日，新加坡杜克-国大医学院（Duke-NUS Graduate Medical School）、新加坡国立大学（National University of Singapore）等机构联合发表了一篇题为 “Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution” 的论文。该研究由Patrick Tan教授和Raghav Sundar博士领导，发表于美国癌症研究协会（AACR）出版的《癌症发现》（Cancer Discovery）期刊。

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细胞及空间组学大综述，一文看懂25年发展历程

单细胞和空间组学技术的发展，让我们能够以前所未有的精度分析生物系统，绘制高精度的多组学的细胞图谱，并建立数字生命模型。近日，由华大生命科学研究院、浙江大学以及北京大学等单位的18位科研人员联合撰写的单细胞及空间组学前沿应用大综述发表于《中国科学：生命科学》（SCIENCE CHINA Life Sciences）。该综述以超长篇幅（近3万字，700多篇文献）系统性梳理了单细胞和空间组学领域的历史、进展、应用与展望。

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