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重磅 | 人人可及,时空组学技术Stereo-seq再次升级

2022.11.03 内容来源:华大时空

 Stereo-seq新品一览



1. 载体版时空芯片:提升操作便捷性

2. 时空一体机:时空智能一站式平台,通量可达24张芯片/天

3. Stereo-seq 空间单细胞分析:实现图像质控、拼接、配准、细胞分割全自动化

4. Stereo-seq TCR/BCR富集:适用于肿瘤微环境、器官移植、免疫治疗等领域

5. Stereo-seq H&E+转录组:实现同张切片获得组织形态学和转录组学信息

6. Stereo-seq mIF+转录组:通过荧光抗体染色,实现同张切片的蛋白和转录组共检测

7. Stereo-seq 空间多蛋白:在同张切片上实现全转录组和多达十余种蛋白标记物同时检测

 

即日起,所有科研工作者可通过扫描下方二维码,提交信息申请免费体验。


 

# 华大时空正式推出新品体验计划 #


“工欲善其事,必先利其器” ,华大作为时空组学领域的重要推动者,一直致力于为生命科学领域提供通用且功能强大的工具,助力更多的科学新发现。10月29日,在ICG-17时空组学与疾病的会场上,深圳华大生命科学研究院时空工具主任科学家廖莎,正式推出载体版时空芯片、时空一体机、空间单细胞分析、空间TCR/BCR富集、H&E+转录组、mIF+转录组、空间多蛋白等新品体验计划

 

# Stereo-seq技术最新进展和体验计划 #


华大自主研发的Stereo-seq实现了500 nm的分辨率单个细胞可被400个像素点捕获),同时捕获面积可达13 cm×13 cm,成为全球领先的能同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。该技术作为新时代的分子 “显微镜”,将推动继显微镜和DNA测序技术以来的生命科学领域第三次科技革命。


Stereo-seq已经应用于发育、疾病、再生等领域,因领先的技术优势,不到半年的时间,相关科研成果已陆续在CellNatureScience三大顶级学术期刊发表,实现CNS大满贯,其中有两篇刊登为当期封面。这个核心工具的突破,让研究者得以用全新的视角观察生命,成为高水平文章发表的基石。


本次ICG-17大会上,廖莎从通用性引领性两方面重磅发布了Stereo-seq的技术突破和新品体验计划。

 

>>>>> 通用性 | 在通用性方面,华大时空从样本和操作性出发,提升Stereo-seq技术的可及性

样本可及性:在样本可及性上,Stereo-seq实现了将在液氮或-80℃环境中保存的组织进行组织切片,解决特定场景下样本得不到及时包埋的困扰。时空组学的技术特点是原位捕获,而有冰晶的样本往往阻碍研究人员获取组织内细胞的原位信息,对此,Stereo-seq更新了包埋方案,缓解了样本的冰晶问题。


另外,某些含水量较高或空腔较多的组织,容易出现脱片或RNA扩散问题。针对这类组织,Stereo-seq优化并兼容了多聚甲醛样本处理方案,可以有效解决RNA的扩散,保证组织原位信息的获取。


 

实验便捷性:研发人员开发了载体版时空芯片方案,降低了操作复杂性,提高流程的流畅性,使Stereo-seq技术操作更简单,同时减少样本操作间的差异。


 

操作智能化:本次发布会上重磅亮相的时空一体机,可提供从样本到数据的全自动化智能解决方案。在组织拍照后,可实现芯片cDNA文库的全自动化,且最高通量可达24张切片/天,大大缩短手工操作时间,减少人为操作导致的批次效应,逐步实现Stereo-seq技术的标准化。


 

>>>>> 引领性

空间单细胞分析:在空间单细胞方面,Stereo-seq通过芯片试剂全面更新实现捕获性能提升;同时,通过华大自主研发的Workflow,实现图像质控、拼接、配准、细胞分割全自动化,实现了真正的自动化空间单细胞分析。



空间TCR/BCR富集:为加速时空组学技术在临床方向的应用,Stereo-seq开发了空间免疫组库测序技术,目前针对TCR/BCR的V区设计了40多对引物,以cDNA为模板,富集TCR/BCR相关基因。一个典型的例子,癌症病人的扁桃体样本经过富集后,被检测到的TCR/BCR基因有了百倍至千倍的提升;经过VDJ组装后,在切片上获得了近5万种T细胞克隆型。



H&E+转录组:H&E染色是组织学、病理学常用的技术,目前Stereo-seq可以在同一张切片上成功兼容H&E染色和转录组的分析,更准确地判断组织分型及获取特定组织区域的基因表达信息。在算法分析上,Stereo-seq实现H&E图像与转录组表达矩阵的自动配准,科研工作者可以根据H&E染色的信息圈选感兴趣的区域,提取对应的表达矩阵,利用华大时空高级分析软件进行下游的高级分析,包括细胞聚类、注释、差异分析、通路富集分析等。



mIF+转录组:多重免疫荧光(mIF+转录组)可实现同张切片的多蛋白标记物和转录组共检测和共定位,同时辅助转录组实现细胞类型精准注释及细胞生物学功能解析。单细胞分辨率下,通过蛋白染色实现细胞重要结构的鉴定。



空间多蛋白:在同一张切片上,实现全转录组和多达十余种蛋白标记物的同时检测,获得更准确的细胞注释及鉴定。目前Stereo-seq技术分辨率为0.5 μm,远高于同类技术的最高分辨率,实现更加精细的空间蛋白和转录组的联合分析。


 

以上重磅新品,将于2023年陆续面市。为了让用户更好地体验Stereo-seq,廖莎同时发布了新品体验计划,即日起,所有的科研工作者都可通过提交信息申请免费体验。


未来,时空组学将朝着智慧实验室、多样本多组学、便捷与开放的平台方向,打造全方位的时空生态系统,降低科学发现的门槛,赋能更多领域的科学研究。