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138条搜索结果:
Q SAW中对测序数据做了哪些过滤? 展开 收起
A

过滤类型包括以下三种:(1)CID过滤:过滤CID无法比对上mask文件的reads;(2)MID过滤:过滤MID序列中含有N碱基的reads,过滤MID为polyA的reads,过滤含有至少一个以上质量值低于10的碱基的reads;(3)reads过滤:过滤含有DNB序列的reads;过滤去除接头后长度小于30bp的reads。


Q 华大时空组学技术Stereo-seq配套的线下分析软件ImageQC/Imagestudio、SAW以及StereoMap 使用时有哪些注意事项? 展开 收起
A

需要注意:一、新版本软件可兼容旧版本功能;二、三个软件必须配套使用,即软件的不同版本号之间需要配套。现有不同版本号间的配套规则如下:

imageQCImageQC描述SAWSAW描述

<= 1.0.8文件格式:.json + .tar.gz描述:ssDNA图像QC<= 4.1.0支持组织分割和ssDNA图像配准

>= 1.1.0文件格式:.ipr + .tar.gz描述:ssDNA图像QC>= 5.1.3支持ssDNA图像细胞分割;支持Q4 FASTQ数据分析

ImageStudioImageStudio描述SAWSAW描述StereoMapStereoMap描述
1.0文件格式:.ipr + .tar.gz描述:ssDNA图像QC及手动处理>= 5.5支持ssDNA图像细胞分割;支持Q4 FASTQ数据分析;1支持空间表达热图展示;基因分布megre展示;ssDNA图展示及手动配准;
2.0文件格式:.ipr + .tar.gz描述:ssDNA、DAPI、mIF图像QC及手动处理>= 6.0支持mIF配准;支持rRNA过滤2mIF图展示;mIF图merge展示;
2.1文件格式:.ipr + .tar.gz描述:ssDNA、DAPI、mIF图像QC及手动处理;及QC失败图像的全手动处理;>= 6.1< 7.0支持ImageStudio全手动处理图像接入流程;
2.1< 3.0支持多gef一次性读入,通过切换标签展示
2.2文件格式:.ipr + .tar.gz描述:ssDNA、DAPI、mIF图像QC及手动处理;及QC失败图像的全手动处理;>= 6.1< 7.0支持ImageStudio全手动处理图像接入流程;
2.1< 3.0支持多gef一次性读入,通过切换标签展示
3.0文件格式:.ipr + .tar.gz描述:ssDNA、DAPI、H&E、mIF图像QC及手动处理;及QC失败图像的全手动处理;
7count重构上线register重构,升级组织分割和细胞分割V03算法。支持H&E全流程处理支持基于细胞分割的mask图像结果,使用EDM算法进行细胞修正。<=3.0支持读入不同binsize/resolution的h5ad;cgef文件跑过SAW cellChunk模块后写入/codedCellBlock信息,加载cgef时支持渲染cellbin热图
7.1支持时空蛋白试剂盒分析,可获得蛋白表达矩阵支持蛋白组和转录组联合分析
3.1支持蛋白+转录试剂盒分析结果可视化支持主副窗分别展示不同组学,或分别展示热图和聚类图支持主副窗联动展示
已与StereoMap合并文件格式:.tar.gz(包含.ipr)
描述:ssDNA、DAPI、H&E、mIF图像QC及手动处理,以及QC失败图像的全手动处理;
8.0使用pipeline进行分析;
支持FFPE样本分析(包含微生物部分);
输出报告压缩包文件输出可视化压缩包文件;
4.0图像可视化:支持使用.stereo统领文件读取;兼容旧版本数据读取;
手动处理:使用step by step方式处理图像数据
8.1支持Stereo-seq T FF V1.3和Stereo-CITE T FF 样本分析4.1图像可视化:支持展示 Cellbin 的单/多基因热图;支持蛋白&Marker 基因的多组学联动展示;
手动处理:增加空芯片打点配准(无需矩阵);
输出文件支持用户自定义目录。


Q 时空转录组FF V1.3文库和时空转录组FFPE文库是否可以在同一张T7芯片进行混测? 展开 收起
A
不可以。因为两种文库的文库结构不同,所以无法进行混测。
Q 时空转录组FF V1.3匹配的分析软件版本号分别是什么? 展开 收起
A

时空转录组FF V1.3匹配的分析软件版本号分别为:SAW≥V8.1,StereoMap≥4.1。需注意的是,ImageStudio已合并入StereoMap软件。

Q 时空转录组FF V1.3使用的测序试剂盒还和原来一样吗? 展开 收起
A

不一样。时空转录组FF V1.3兼容的测序试剂盒为DNBSEQ-T7RS 时空可视化试剂套装(T7 STO FCL PE75) 货号:940-001895-00或MGISEQ-2000RS 时空可视化试剂套装(G400 STO FCL PE75) 货号:940-001887-00,测序策略为50+100+10。

Q Stereo-seq建库试剂盒(货号:101KL114)还可以用于时空转录组FF V1.3的文库构建吗? 展开 收起
A

不可以。请使用产品名称为:Stereo-seq 16 Barcode建库试剂盒、产品货号为:101KL160的建库试剂盒进行时空转录组FF V1.3文库的构建。

Q 是否有工具可以辅助检查注释文件规范? 展开 收起
A

1、方式一 (SAW < v8.0.0)

①可以使用SAW sif中的checkGTF工具进行检查,运行方式如下:

## export SINGULARITY_BIND="/path/to/input/dir,/path/to/output/dir"

singularity exec SAW.sif checkGTF \

    -i <input.gtf/gff> \  ## GTF/GFF file input to be checked

    -o <output.gtf/gff>  ## [optional]. Set to output revised GTF/GFF file. Be aware that this may remove some genes which do not meet the requirements and cannot be fixed

②可能有部分无法被程序修复的基因注释记录会在输出时被删除,可以在日志中找到记录,重新修改GTF文件后再次尝试。


2、方式二 (SAW >= v8.0.0)

①可以使用SAW checkGTF分析流程进行检查,运行方式如下:

SAW checkGTF \

    -input-gtf=/path/to/input/GTF/or/GFF \

    -output-gtf=/path/to/output/GTF/or/GFF

②可能有部分无法被程序修复的基因注释记录会在输出时被删除,可以在日志中找到记录,重新修改GTF文件后再次尝试。

Q rRNA的比对如何在分析过程中去除?是否可以手动设置需要去除的rRNA序列? 展开 收起
A

此功能的使用需根据SAW版本进行区分


方式一 (SAW < v8.0.0)

①可以在参考基因组FASTA文件中手动添加rRNA序列,重新构建reference index后,再在SAW运行mapping时打开rRNAremove开关,过滤掉比对上rRNA序列的reads。rRNA过滤功能在SAW v6.0版本新增。

②添加rRNA序列规则:在FASTA文件中增加待过滤的rRNA序列,“>”开头的序列名称需要在第一个部分的名称最后增加“_rRNA”,用于程序识别。示例如下:


5eecdaf48460cde597a98a21623c3e677bdf515d479ad2214e47bcdad4e608bc2bf3b0078b9fb6c839e8703ac5556d0d718780e9e3cc06fe46e1353cea9e5d502a881532c0d1bab4b2d4d47cb1cc505d08cf75a52f134f4b4bd6b5792c76823f


③运行SAW mapping时在bcPara文件中增加一行,输入"rRNAremove"。示例如下:
bcPara file

in=<mask>

in1=<lane_read_1.fq.gz>

in2=<lane_read_2.fq.gz>

barcodeReadsCount=<lane.barcodeReadsCount.txt>

barcodeStart=0

barcodeLen=25

umiStart=25

umiLen=10

umiRead=1

mismatch=1

bcNum=<CIDCount>

polyAnum=15

mismatchInPolyA=2

rRNAremov

④如果query read比对上rRNA,其比对记录第三列RNAME为参考基因组中添加了"_rRNA"尾缀的序列名称,第十二列Optional fields的XF:i标签为3。后续注释时,根据XF标签的记录,统计rRNA的比例。

微信截图_20240812174341


方式二 (SAW >= v8.0.0)

①使用SAW makeRef构建比对所需的参考基因组索引文件,若需进行rRNA去除,需要在构建时设置--rRNA-fasta参数,自动添加rRNA信息并构建索引文件。

②运行SAW count时开启--rRNA-remove参数即可,并且使用添加了rRNA信息的索引文件。

③去除rRNA的步骤细节和原理详见SAW 8.0用户手册。

Q 为什么在 StereoMap 的转录组分析图层会看到两个热图? 展开 收起
A

StereoMap v4.0 版本后默认展示组织区域的热图,如果运行 SAW v8.0 软件进行分析时没有输入显微镜图像,程序会基于表达矩阵信息进行组织分割,如果分析人员对自动算法提取的组织内矩阵不满意,可能需要基于整张芯片的表达热图重新进行组织区域的圈选(使用lasso工具),故此场景下,在 StereoMap 中会看到全芯片和组织区域两个范围的转录组热图。

Q 为什么在 StereoMap lasso 前后 MID 统计信息会有部分差异? 展开 收起
A
  • 主要原因为 StereoMap lasso 统计信息与 SAW lasso 生成的矩阵计算数值的逻辑不一致:
    • lasso 的统计信息:首先判断当前圈选的区域的 sport 点是否过 bin 的中心,如果过了 bin 的中心,则统计该 bin 的信息;否则不统计。
    • SAW 提取矩阵:首先将圈选的轮廓区域转换为 bin 1 ,即最小的颗粒度,再从 bin1 转换为其它大 bin。

微信截图_20240812172554

微信截图_20240812172611

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