下载中心

系统配置要求

SAW分析软件包在Linux系统上被解压和安装，计算环境需满足下列基本要求：

• 8-core Intel or AMD processor (>24 cores recommended)
• 128GB RAM (>256GB recommended)
• 1TB free disk space or higher
• 64-bit CentOS/RedHat 7.8 or Ubuntu 20.04

软件下载

SAW 8.0.2 (7月, 2024)

##wtih curl
curl -o saw-8.0.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.2.tar.gz"

##or with wget
wget -O saw-8.0.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.2.tar.gz"

相关软件（StereoMap）兼容

• StereoMap >= v4.0 （历史版本的适配兼容信息）

SAW-8.0 软件亮点

• SAW本次更新以单体可执行程序.tar.gz 文件的形式发布，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。
• 整合并简化流程使命令编写和完成分析变得更加便捷。这些流程模块包括：
  • SAW count：核心流程模块，用于根据计算基因表达读数和Stereo-seq芯片生成表达矩阵。
  • SAW makeRef：根据参考基因组数据构建索引文件。
  • SAW checkGTF：检查注释文件的格式。
  • SAW realign：使用手动处理的文件重新启动分析。
  • SAW reanalyze：重新执行下游分析。
  • SAW convert：支持文件格式转换。
• SAW支持从FFPE（formalin-fixed paraffin-embedded）样本中获取基因表达信息。在运行SAW count时，通过将--kit-version设置为"Stereo-seq N FFPE V1.0"来实现。对于FFPE分析，需要使用SAW v8.0.0或更高版本。
• 基于 FFPE 组织样本，可以在运行 SAW count 时通过使用--microorganism-detect 参数来开启微生物分析，需要准备必要的参考数据集。更多信息请参阅参考基因组准备。
• SAW还升级了读取比对和注释的生物信息学工作流程，以适应FFPE数据集。
  • 在注释过程中，默认情况下会同时使用唯一比对 reads 和 多比对 reads 中的最优比对进行基因定量分析。如果分析人员只关注唯一比对 reads，可以使用--uniquely-mapped-only参数。
  • 新的空间基因表达矩阵通过唯一基因ID进行标识，同时依然记录基因名称信息。
• 在图像相关的分析部分，软件对图像处理性能进行了优化。同时，在运行SAW count时，支持以TIFF格式直接输入显微镜拼接大图图像。
• SAW 分析中新增了基于 Leiden 聚类进行的差异表达分析，marker features 被记录在AnnData格式的 H5AD 和 CSV 文件中，并在HTML报告和StereoMap中展示。
• HTML 报告中的图表是交互式的，新增微生物分析页面，增加了 marker features 结果表格。
• 重新整理输出目录结构，使得结果文件更加清晰易查找，并将中间环节文件和日志放入指定的文件夹中。
• 输出可视化压缩文件visualization.tar.gz，其中包含.stereo统领文件，用于记录 SAW 分析流程的基本信息和 StereoMap 所需的字段信息。

版本说明 >

参考基因组下载

SAW 提供小鼠的参考基因组下载，请跳转到数据集部分，demo数据同样可以从中获取。

解压安装

SAW 此版本为单体可执行程序的.tar.gz 文件，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

注意，参考基因组和 demo 数据集需要单独下载。

• Step 1 - 下载 SAW 软件包并解压到合适的目录位置，文档示例假设 /saw/package 为运行目录。

$ cd /saw/package

[download the SAW package tar.gz from the Software download part]

$ tar -xzf saw-8.0.2.tar.gz

• Step 2 - 下载参考基因组文件并解压到合适的目录位置。文档示例假设 /saw/reference 为运行目录。

$ cd /saw/reference

[download the reference data from the Reference download part]

$ tar -xzf reference-data-mouse.tar.gz
# tar -xzf reference-data-mouse-rRNA.tar.gz