ImageStudio
ImageStudio主要功能已合入StereoMap,并于StereoMap 4.0.0 (6月. 2024)发布。因此,ImageStudio后续不再发布新功能版本。
ImageStudio 3.0.5 (9月, 2024)
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文件大小:593.5M |
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ImageStudio 3.0.0-3.0.5 更新重点:
- 支持对 H&E 图像做图像质控、拼接和分割。
- 新增性能监视器,用于监控内存使用情况、磁盘存储空间、CPU使用率和I/O使用率。
- 修复图像拼接和校准相关的几个问题。
- 修复mIF图像QC相关的问题。
- 修复组织分割和细胞分割模块无法读入图像文件的问题。
- 修复STOmics Go Optical小图数据无法对TAR.GZ文件重新做图像QC的问题。
ImageStudio 2.2.3 (4月, 2024)
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文件大小:859.9M |
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ImageStudio 2.2.0-2.2.3 更新重点:
- 为亚太-新加坡区域增加阿里云图像上传配置。
- 修复图像QC的几个问题。
- 解决部分大图打开组织分割和细胞分割模块的异常报错。
ImageStudio 2.1.2 (8月, 2023)
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文件大小:785.1M |
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ImageStudio 2.1.0-2.1.2 更新重点:
- 支持对QC生成的
.tar.gz
图像直接重新QC。 - DAPI\&mIF场景下新增适配蔡司多通道显微镜拍摄的染色图。
- 新的拼接算法上线!新方法利用相邻FOV重叠区域的相似度信息拼接生成最终的拼接图像。
- 支持经过QC处理后(无论QC成功或失败)的图像
.tar.gz
文件直接接入图像拼接、组织分割和细胞分割模块,而无需再提前经过SAW处理。 - 组织和细胞分割模块的矩形分割工具现在细分为两个功能:替换和更新。替换功能会把旧mask完全替换掉,同时只有选中区域更新成新的mask。相对的,更新功能会只修改选中区域的mask,保留其他区域的mask不变。
ImageStudio 2.0.2 (5月, 2023)
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文件大小:703.0M |
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ImageStudio 2.0.0-2.0.2 更新重点:
- 支持在一个QC任务中同时处理1张DAPI和最多6张多重免疫荧光图像。支持的IF图像类型为单通道免疫荧光图。
- 支持DAPI图的手动拼接。
- 新增校准模块,根据形态学特征,将IF图像和DAPI图像对其。
- 在免疫荧光(IF)图像中,根据荧光强度分割组织。通过设定IF强度阈值来确定“组织”区域。通过调整最小和最大值,识别并标记出强度在此范围内的像素作为“组织”区域。
- 在免疫荧光(IF)图像中,IF的细胞分割是对DAPI分割出的细胞做过滤,留下落在IF的组织区域的细胞。
- 修复几个QC DAPI和mIF图像的问题。
- 更新技术支持联系邮箱。
ImageStudio 1.2.0 (4月, 2023)
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文件大小:681.6M |
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ImageStudio 1.2.0 更新重点:
- 为亚太(新加坡)和美洲(加州)片区增加AWS上传配置。
ImageStudio 1.1.0 (3月, 2023)
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文件大小:674.5M |
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ImageStudio 1.1.0 更新重点:
- 修复在Windows 10家庭版和企业版无法打开图像QC模块的问题。
- 修复同时启动多个图像QC任务时爆内存的问题。
ImageStudio 1.0.0 (2月, 2023)
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文件大小:646.9M |
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ImageStudio 1.0.0 更新重点:
- Stereo-seq图像处理桌面端软件的首个版本。包括图像QC、图像拼接、组织分割、细胞分割模块。
- 图像拼接:标记track线交点来辅助拼接图像。
- 组织分割:
- 矩形套索和自动检测:这个工具支持画出矩形选区,同时ImageStudio会自动识别选区内的组织区域。适用于快速选择大范围区域。
- 多边形套索:这个工具可让您创建不规则形状的区域进行分割。它比矩形套索更适合精确选择大区域。
- 画笔和橡皮擦:这两个工具使您能够手动绘制区域以包括或排除它们,从而有助于精细分割小区域。
- 腔体填充和噪声过滤:这些工具填补图像中的空隙并去除小的、不相关的细节。
- 细胞分割:
- 画笔和橡皮擦:这两个工具使您能够手动绘制细胞区域以包括或排除它们,从而有助于精细微调分割。
- 自动检测:在自动识别细胞区域,在稀疏细胞区域效果较好。