SAW

SAW 8.1.2 (11月, 2024)

## curl
curl -o saw_8.1.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.2.tar.gz"

## wget
wget -O saw_8.1.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.2.tar.gz"

SAW 8.1.2 更新重点：

• SAW count 和 realign 输出 HTML 报告为 <SN>.report.html，可直接点击打开。所有交互图可下载。
• 减少 SAW count Annotation 中的内存使用。
• 升级 totalVI 模型。蛋白组和转录组联合分析，此模块将不会在 SAW count 和 realign 中执行。您可以在 SAW reanalyze multiomics 使用此分析。
• 改善基于图像的组织分割效果。
• 支持转录组参考索引目录前缀为 STAR，与之前 SAW 6.1~7.1 构建的 STAR_SJ100 兼容。
• SAW convert 和 reanalyze 输出的 Cell bin GEF 可在 StereoMap 中直接显示。
• bin GEF 属性 /wholeExp/maxMID 更改为 100% 最大 MID 数，而不是 99.9%。SAW reanalyze lasso 降低输出 bin GEF 的文件大小。

SAW 8.1.1 (10月, 2024)

## curl
curl -o saw_8.1.1.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.1.tar.gz"

## wget
wget -O saw_8.1.1.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.1.tar.gz"

SAW 8.1.1 更新重点：

• 输出微生物表达矩阵到 visualization.tar.gz 可视化压缩包中；
• 运行 SAW count 分析时，--image 图像参数支持以软链形式输入TIFF图像；
• 修复QC失败图像数据经手动处理后无法接入 SAW realign 的问题；
• 修复 SAW reanalyze cluster 处理cellbin 表达矩阵文件时，--Leiden-resolution 参数信息没有准确传递的问题；

SAW 8.1.0 (9月, 2024)

## curl
curl -o saw_8.1.0.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.0.tar.gz"

## wget
wget -O saw_8.1.0.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.0.tar.gz"

SAW 8.1.0 更新重点：

• SAW 支持输入 Stereo-CITE FF V1.0 和 Stereo-seq FF V1.3 版本的时空试剂盒数据，开启对应分析流程；
• SAW count 比对模块处理RNA reads时，先截断adapter序列再根据剩余片段长度进行过滤，取代之前的检测到adapter序列即抛掉，算法细节内容可参考 【Algorithms/Read processing algorithms】 ；
• SAW在 SAW reanalyze 分析流程下引入了新的子模块：midFilter 用于根据MID阈值范围过滤空间表达矩阵，multiomics 用于实现转录组和蛋白组间的联合分析，removeBackground 用于自动去除蛋白表达的背景噪声；
• SAW count 的 --image-tar 参数可以接入StereoMap打点配准输出的压缩图像 .tar.gz 文件，注意，打点配准功能需要SAW软件版本>=8.1.0；
• HTML报告文件支持展示bin20和bin50的聚类分析和UMAP降纬结果图；

SAW 8.0.2 (7月, 2024)

## curl
curl -o saw_8.0.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.2.tar.gz"

## wget
wget -O saw_8.0.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.2.tar.gz"

SAW 8.0.2 更新重点：

• 优化RNA reads注释步骤的内存资源使用；
• 优化调用gefpy包执行lasso功能室的内存资源使用；
• 修复使用较大图片数据提取组织区域矩阵报错的问题，使用bigTIFF包来处理超过4G大小的图像文件；

SAW 8.0.1 (6月, 2024)

## curl
curl -o saw_8.0.1.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.1.tar.gz"

## wget
wget -O saw_8.0.1.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.1.tar.gz"

SAW 8.0.1 更新重点：

• 更正HTML报告Summary标签页下Tissue部分的指标计算说明，取消微生物标签页下热图的hover展示；
• 修复 SAW count 输出结果的原始路径变更后导致运行 SAW realign 分析报错的问题；
• 修复 SAW reanalyze 基于bin GEF类型数据进行聚类分析时报错的问题；
• 移除分析流程注释模块输出的多余临时文件；

SAW 8.0.0 (6月, 2024)

## curl
curl -o saw_8.0.0.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.0.tar.gz"

## wget
wget -O saw_8.0.0.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.0.0.tar.gz"

SAW 8.0.0 更新重点：

• SAW本次更新以单体可执行程序.tar.gz 文件的形式发布，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。
• 整合并简化流程使命令编写和完成分析变得更加便捷。这些流程模块包括：
  • SAW count：核心流程模块，用于根据计算基因表达读数和Stereo-seq芯片生成表达矩阵。
  • SAW makeRef：根据参考基因组数据构建索引文件。
  • SAW checkGTF：检查注释文件的格式。
  • SAW realign：使用手动处理的文件重新启动分析。
  • SAW reanalyze：重新执行下游分析。
  • SAW convert：支持文件格式转换。
• SAW支持从FFPE（formalin-fixed paraffin-embedded）样本中获取基因表达信息。在运行SAW count时，通过将--kit-version设置为"Stereo-seq N FFPE V1.0"来实现。对于FFPE分析，需要使用SAW v8.0.0或更高版本。
• 基于 FFPE 组织样本，可以在运行 SAW count 时通过使用--microorganism-detect 参数来开启微生物分析，需要准备必要的参考数据集。
• SAW升级了读取比对和注释的生物信息学工作流程，以适应FFPE数据集。
  • 在注释过程中，默认情况下会同时使用唯一比对 reads 和 多比对 reads 中的最优比对进行基因定量分析。如果分析人员只关注唯一比对 reads，可以使用--uniquely-mapped-only参数。
  • 新的空间基因表达矩阵通过唯一基因ID进行标识，同时依然记录基因名称信息。
• SAW 分析中新增了基于 Leiden 聚类进行的差异表达分析，marker features 被记录在AnnData格式的 H5AD 和 CSV 文件中，并在HTML报告和StereoMap中展示。
• 输出可视化压缩文件visualization.tar.gz，其中包含.stereo统领文件，用于记录 SAW 分析流程的基本信息和 StereoMap 所需的字段信息。

SAW < 8.0

SAW 8.0 之前版本的软件已在 dockerhub 上发布，仅保留每个大版本下的稳定版本。

访问 SAW dockerhub 仓库：https://hub.docker.com/repository/docker/stomics/saw/tags

SAW 7.1.2 (7月, 2024)

## docker
docker pull stomics/saw:07.1.2

## singularity
singularity build SAW_7.1.sif docker://stomics/saw:07.1.2

SAW 7.1.0-7.1.2更新重点：

• 新增功能：
  • 增加转录组+蛋白组间的分析流程和联合分析模块，包含mapping-SP、calibration、spatialCluster-SP、cellCluster-SP、multiomicsAnalysis和report-PT;
  • tissueCut和cellCut步骤支持蛋白组学数据处理；
  • 新增MIDFilter小工具，可设置MID阈值范围过滤空间表达矩阵；
• 问题修复：
  • 联合分析的差异基因分析可视化中删除重复基因名；
  • 修复转录组+蛋白组报告页面的图像不展示的偶发问题；
  • 修复可视化GEF中的wholeExp layer（bin size >1时）的MIDCount数据类型的错误；
  • 修复基于cellbin GEF文件lasso提取矩阵时与选择区域有差异的问题；

SAW 7.0.1 (2月, 2024)

## docker
docker pull stomics/saw:07.0.1

## singularity
singularity build SAW_7.0.sif docker://stomics/saw:07.0.1

SAW 7.0.0-7.0.1更新重点：

• 新增功能：
  • 分析流程支持H&E染色类型图像；
  • 新增cellCorrect细胞修正模块（外扩细胞边界）；
  • spatialCluster模块增加Leiden resolution参数，用于调整分群颗粒度；
  • lasso模块支持GEF文件输出；
• 功能升级：
  • 提升reads注释模块的性能表现；
  • 提升register模块的性能表现，支持GPU；
  • 升级处理核染色图像的组织分割和细胞分割算法模型；

SAW 6.1.4 (3月, 2024)

## docker
docker pull stomics/saw:06.1.4

## singularity
singularity build SAW_6.1.sif docker://stomics/saw:06.1.4

SAW 6.1.0-6.1.4更新重点：

• 新增功能：
  • 支持输出以FASTQ文件格式输出Valid CID Reads和Un-mapped Reads数据；
  • 支持做过手动配的QC失败图像数据接入后续分析流程；
  • 相关GEF矩阵文件中新增组织区域面积信息 (nm²) ；
  • 支持lasso输出标注区域的GEF矩阵文件；
  • HTML报告新增分析流程的指控信息展示和组织分割效果展示；
• 功能升级：
  • 升级reads比对模块的计算性能，如果使用SAW 6.1及以后版本进行分析，需重新构建参考基因组的索引文件，详见https://github.com/STOmics/SAW/tree/v6.1/Scripts/pre_buildIndexedRef；
  • 升级checkGTF和count模块对基因名称信息的校验；
• 问题修复：
  • 修正tissueCut模块中输出统计文件中的“Reads_under_tissue”的计算公式, 对应HTML报告中的“Number of reads with position prior to filtration under tissue coverage”字段展示；
  • 修复HTML报告无法从QC失败的图像IPR文件中获取到热图矩阵信息的问题；
  • 修复manualRegister模块因选取缩放方向不正确造成计算偏移的错误；
  • 修复manualRegister模块从配置文件中获取图像宽高信息有误的问题；
  • 修复imageTools模块处理经过缩放操作的配准图像时出现错误裁剪的问题；
  • 修复HTML报告转录组太阳图中“Sequencing Saturation”缺少百分比悬浮框的问题；

SAW 6.0.2 (5月, 2023)

## docker
docker pull stomics/saw:06.0.2

## singularity
singularity build SAW_6.0.sif docker://stomics/saw:06.0.2

SAW 6.0.0-6.0.2更新重点：

• 新增功能：
  • Reads比对模块新增rRNAremove功能开关，默认为关闭，若分析结果需要统计和过滤rRNA reads，需要使用添加了rRNA信息的reference；
  • 分析流程支持DAPI+mIF（multiple immunofluorescence images）染色类型组合的图像输入，对应生成配准后、组织分割和细胞分割的结果；
  • 分析流程支持接入ImageStudio各个模块输出的图像文件；
• 功能升级：
  • 重构tissueCut模块，支持参数设置CPU核数，以提升计算效率；
• 问题修复：
  • 修复checkGTF功能执行路径失效的问题；
  • 修复register模块册法获取.czi文件路径的问题；
  • 修复芯片模板信息获取错误的问题；

SAW 5.5.4 (4月, 2023)

## docker
docker pull stomics/saw:05.5.4

## singularity
singularity build SAW_5.5.sif docker://stomics/saw:05.5.4

SAW 5.5.0-5.5.4更新重点：

• 功能新增：
  • 新增manualRegister手动配准模块和lasso圈选模块，需要与StereoMap桌面端可视化软件之间联动使用；
  • 各程序模块增加错误码信息，具体参见软件手册的附录D；
• 功能升级：
  • 升级mapping模块的处理逻辑，调整polyA过滤至CID比对之后；
  • 升级tissueCut模块的计算性能，提升基于表达矩阵识别组织区域的算法精度；
  • 升级聚类分析模块;
  • HTML报告的空间表达矩阵热图展示增加图像图层，以查看图像和表达矩阵的对应关系；
• 问题修复：
  • 修复checkGTF功能执行路径失效的问题；

SAW 5.4.0 (11月, 2022。已停止维护)

## docker
docker pull stomics/saw:05.4.0

## singularity
singularity build SAW_5.4.sif docker://stomics/saw:05.4.0

SAW 5.4.0更新重点：

• 功能新增：
  • 提供便利方式接入Q4类型的测序FASTQ数据；
  • 注释模块输出的TXT文件增加header信息；
  • 升级imageTools模块支持TIFF图数据的合并，以检查图像数据分割效果。支持将矩阵模版点添加至配准底图，以查看图像的拼接和配准效果。