StereoMap

StereoMap 4.1.1 (11月, 2024)

StereoMap 4.1.0-4.1.1 更新重点：

• 您现在可以在细胞级分辨率下直观地探索单个或选定特征的分布。
• 对于由SAW 8.1.0或更高版本输出的Stereo-CITE数据集，您可以在联动窗口中轻松可视化蛋白质及其对应的标记基因。
• 从可视化Visual Explore或图像处理Image Processing导出文件时，系统会提示您选择保存位置和文件名。
• 新的图像配准方法！通过标记特定特征点，将图像与空间特征表达矩阵对齐。这个方式无需导入矩阵，但请确保您的图像通过质量控制（QC），并且四个芯片边缘或角落可见。
• Image QC中的图像清晰度评估已取消。
• 为避免悬浮信息的遮挡影响 lasso 的操作，可视化Visual Explore模块在套索过程中，软件会默认关闭悬浮信息。
• 优化可视化展示 bin1 热图的加载速度，优化后可以更加丝滑的可视化您的数据。
• 图像处理Image Processing第二步手动配准模块使用的矩阵热图的 bin 大小从 bin20 修改为 bin10。
• 图像处理Image Processing第五步导出手动结果时，新增配准后 TIF 图的输出路径说明。
• 新的适配！MacOS 第一个版本发布啦。 (12月, 2024)

StereoMap 4.0.1 (7月, 2024)

StereoMap 4.0.0-4.0.1 更新重点：

• 全新的图像处理用户界面！图像QC、手动处理和可视化探索整合在一个桌面应用StereoMap中。
• 支持通过选择一个.stereo文件来可视化数据集的所有结果。
• 可视化Visual Explore中手动标记感兴趣区域后，可对标记区域增加标签，并对标签进行分组。
• 可视化Visual Explore可将将差异表达分析参数导出，导出后的参数可接入SAW，并分析输出结果再次进行可视化。
• 图像处理功能（包括图像配准、组织分割和细胞分割）已集成到StereoMap中（Image Processing），您可以按照推荐的步骤完成手动图像操作。

StereoMap 3.1.3 (7月, 2024)

StereoMap 3.1.1-3.1.3 更新重点：

• 支持可视化展示Stereo-CITE数据集。您可以可视化binN和细胞分辨率的空间蛋白热图，以及空间或UMAP投影的聚类结果。
• 您可以打开一个联动窗口并排显示基因和蛋白表达图。画布通过对应的“点”关联。例如，当您在一个窗口中选择一个类群时，另一个窗口中共享相同的坐标的点也会被高亮显示，并保留其原始颜色。此外，您也可以使用套索工具来实现关联查看。
• 现在可以通过MID过滤所选基因或蛋白的表达数据。调整后的MID范围可以导出为JSON文件，再接入到SAW中，最后可以导出过滤后的基因或蛋白的GEM矩阵文件。
• 新增测距小工具。
• 修复配准模板无法展示的问题。
• 修复输出lasso JSON文件异常的问题。

StereoMap 3.0.2 (11月, 2023)

StereoMap 3.0.0-3.0.2 更新重点：

• 支持可视化展示Stereo-seq FF + H&E数据。
• 您可以查看细胞的表达热图了!
• 您可以传入不同bin的H5AD文件。当您选择特定bin时，Main Analysis Layer下的Cluster选项会被点亮，您可以选择并查看bin对应的聚类结果。

StereoMap 2.1.1 (7月, 2023)

StereoMap 2.1.0-2.1.1 更新重点：

• 支持传入未配准的fov_stitched.rpi用于手动配准。SAW将会用手动配准得到的参数用于图像处理和重新提取基因表达矩阵。
• 支持传入多个square bin的矩阵，特别是尾缀为 .label.gef 的矩阵。这些矩阵将会被列在Main Analysis Layer中，支持独立可视化展示每一个矩阵。
• 修复图像配准异常的问题。

StereoMap 2.0.3 (2月, 2023)

StereoMap 2.0.0-2.0.3 更新重点：

• 支持可视化查看Stereo-seq FF + mIF数据。您可以可视化看到 DAPI (蓝色)和至多6张免疫荧光染色图像，所有图像均和基因表达矩阵配准。这些图片会被列在Image Layer面板中。每张IF图像都是一张单通道灰度图，您可以在可视化时修改他们的颜色。您可以同时展示所有的IF图像，一同查看他们的相对位置。
• 您可以将手动调整的状态存储到JSON文件中，然后重新加载配置以恢复之前的设置。
• 支持在cellbin图层使用lasso工具。

StereoMap 1.0.0 (2月, 2023)

StereoMap 1.0.0 更新重点：

• Stereo-seq桌面端交互式可视化软件的首个版本。