时空组学产品方案7月更新内容主要包括：新增时空转录组FFPE产品方案，包括试剂、本地分析工具及配套使用说明书；其他时空产品方案使用说明书及产品材料的优化。详细更新信息如下。

1. 时空转录组FFPE试剂

2. 时空转录组FFPE使用说明书

• 时空转录组 FFPE 产品用户指引-A；

• Stereo-seq FFPE 转录组试剂套装使用说明书-A；

• Stereo-seq 16 Barcode 建库试剂盒V1.0使用说明书-A；

• 时空转录组 FFPE 生化流程第三方物料需求表。

3. 时空组学本地分析工具

SAW v8.0 和 StereoMap v4.0软件包和用户手册已上线时空中文官网，软件适用范围及本次更新点如下。

▶ SAW本次更新以单体可执行程序.tar.gz 文件的形式发布，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

▶ 整合并简化流程使命令编写和完成分析变得更加便捷。这些流程模块包括：

• SAW count：核心流程模块，用于根据计算基因表达读数和 Stereo-seq 芯片生成表达矩阵；

• SAW makeRef：根据参考基因组数据构建索引文件；

• SAW checkGTF：检查注释文件的格式；

• SAW realign：使用手动处理的文件重新启动分析；

• SAW reanalyze：重新执行下游分析；

• SAW convert：支持文件格式转换。

▶ SAW 支持从 FFPE（formalin-fixed paraffin-embedded）样本中获取基因表达信息。在运行 SAW count 时，通过将 `--kit-version` 设置为 "Stereo-seq N FFPE Kit V1.0" 来实现。对于 FFPE 分析，需要使用 SAW v8.0.0 或更高版本。

▶ 基于 FFPE 组织样本，可以在运行 SAW count 时通过使用 `--microorganism-detect` 参数来开启微生物分析，需要准备必要的参考数据集。

▶ SAW 还升级了读取比对和注释的生物信息学工作流程，以适应 FFPE 数据集：

• 在注释过程中，默认情况下会同时使用唯一比对 reads 和 多比对 reads 中的最优比对进行基因定量分析。如果分析人员只关注唯一比对 reads，可以使用 `--uniquely-mapped-only` 参数；

• 新的空间基因表达矩阵通过唯一基因ID进行标识，同时依然记录基因名称信息。

▶ 在图像相关的分析部分，软件对图像处理性能进行了优化。同时，在运行 SAW count 时，支持以 TIFF 格式直接输入显微镜拼接大图图像。

▶ SAW 分析中新增了基于 Leiden 聚类进行的差异表达分析，marker features 被记录在AnnData格式的 H5AD 和 CSV 文件中，并在 HTML 报告和 StereoMap 中展示。

▶ HTML 报告中的图表是交互式的，新增微生物分析页面，增加了 marker features 结果表格。

▶ 重新整理输出目录结构，使得结果文件更加清晰易查找，并将中间环节文件和日志放入指定的文件夹中。

▶ 输出可视化压缩文件visualization.tar.gz，其中包含 .stereo 统领文件，用于记录 SAW 分析流程的基本信息和 StereoMap 所需的字段信息。

▶ 软件和全新的可视化（Visual Explore）、图像处理（Image Processing）和工具（Tools）入口界面。

▶ 可视化新增 SAW 输出的 .stereo 统领文件来展示可视化的分析数据。

▶ 可视化新增手动标记区域，并对标记区域分组。

▶ 可视化支持导出感兴趣区域用于差异分析的参数文件，在 SAW 运行差异分析。

▶ 可视化支持 SAW 输出的差异分析文件 .csv 结果可视化。

▶ StereoMap 新增全新设计的图像处理工具，包括：

• 全新升级的用户界面，按照step by step 的推荐方式引导用户做图像处理；

• 组织分割和细胞分割支持第三方工具提取的二值化TIFF图，并接回 SAW 后续分析流程，提取矩阵；

• 新增图像的手动配准，将图像和空间表达矩阵对齐。

▶ 新增 Image QC 工具，用于评估图像质量。通过 QC 的图像可以在 SAW 中进行自动分析，否则需要使用图像处理工具进行手动处理。

软件已合并入 StereoMap v4.0，后续将不再新增功能。

时空官网文档库链接：https://www.stomics.tech/resources/Documents/list.html