2024.08.07 内容来源:华大智造
近日,为了优化时空组学应用端体验、简化FFPE(Formalin-Fixed Paraffin Embedded,福尔马林固定的石蜡包埋)样本的时空转录组研究流程,华大智造联合时空组学STOmics推出时空可视化试剂套装,将DNB制备、时空测序引物、测序试剂功能三合一,融合创新、高度集成,即日起开放预订。
时空可视化试剂套装
时空可视化试剂套装专为时空组学文库测序量身打造,针对用户需求首批适配MGISEQ-2000RS与DNBSEQ-T7RS测序平台,整合了测序试剂、测序载片、时空测序引物、一步法DNB制备试剂等组成部分,可显著提升试剂的易用性并简化操作流程。采用时空可视化试剂套装,用户在测序过程无需额外加入时空测序引物,搭配Go Optical时空显微镜、MGISEQ-2000RS/DNBSEQ-T7RS测序平台以及专业的建库与数据分析产品,可实现一站式、全面而高效的FFPE样本时空转录组研究。
时空可视化试剂套装产品参数
早期试用数据与评价
01 实测数据一
样本类型:小鼠某组织
测序平台:DNBSEQ-T7RS
“利用时空可视化测序试剂所获测序质量、下机数据量达到预期水平。”
NBSEQ-T7RS测序结果
02 实测数据二
用户坐标:深圳
样本类型:人肿瘤组织、鼠脑混样
测序平台:DNBSEQ-T7RS、MGISEQ-2000RS
“我们分别在T7和2000测序平台使用了时空可视化试剂套装,经过多个文库样本的测试验证,该试剂套装的下机数据量、测序质量均超出预期,并且表现较为稳定。”
基于人肿瘤组织/鼠脑混样的样本在DNBSEQ-T7RS上测序所获数据
基于人肿瘤组织样本在MGISEQ-2000RS上测序所获数据
03 实测数据三
用户坐标:北京
样本类型:人的肿瘤组织
测序平台:DNBSEQ-T7RS
“两个样本在1个flow cell里完成混测,总产出6031M Reads,产出数据表现与官网公开参数相比更优秀。对其中一个样本数据进行拆分过滤,得到了高质量reads,利用saw8.0进行空间转录组数据分析,结果表明数据基因中位值表现良好,达到经验值水平,其余数据指标如Q30,为95%左右。总体产出的数据能够很好地满足细胞分群等分析需求。”
DNBSEQ-T7RS测序结果
04 实测数据四
用户坐标:武汉
样本类型:鼠脑(标准品)和肝癌
测序平台:MGISEQ-2000RS、DNBSEQ-T7RS
“时空可视化试剂盒的体验效果非常好。其高度集成的一体化试剂套装(集测序载片,测序引物及制备上机测序试剂为一体),使得实验操作变得直观且容易上手,极大的方便了我们客户端的使用。目前我们采用鼠脑(标准品)和肝癌样本分别在DNBSEQ-T7RS和MGISEQ-2000RS平台进行了上机测序,两个平台的测序数据产量和质量均较为出色,DNBSEQ-T7RS平台单张芯片最高产量在4900M reads以上,R1 Q30在96%以上,R2 Q30在94%以上;MGISEQ-2000RS平台单条lane最高产量在390M reads以上,R1 Q30在95%以上,R2 Q30在97%以上,满足了我们客户端对检测精准度和效率的需求。整体而言,我们对该试剂盒的使用体验很满意。”
DNBSEQ-T7RS测序结果
MGISEQ-2000RS测序结果
产品方案与订购信息
01 时空转录组FFPE产品方案
02 推荐订购信息
福尔马林固定的石蜡包埋(Formalin-Fixed Paraffin Embedded,FFPE)样本作为长期保存病理样本的金标准,因其保存方便,易于成片,且能较好地保存样本组织形态的特点,在医学与科研领域被广泛应用。
华大智造作为时空组学全球市场经销商,提供以纳米级分辨率和厘米级全景视场实现“从组织到数据”的转录组、蛋白转录组等全流程工具,涵盖FFPE类样本方案以及新鲜冷冻(Fresh Frozen, FF)类样本方案。后续,时空可视化试剂盒将适配FF样本的时空转录组产品方案(V1.3),敬请期待。