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106条搜索结果:
Q 如何解析GEF格式文件? 展开 收起
A

Option1:使用C++编译的 geftools:

1. https://github.com/BGIResearch/geftools


Option2:使用python包 gefpy:

1. https://pypi.org/project/gefpy/

2. https://gefpy.readthedocs.io/en/latest/index.html

3. pip install gefpy==0.6.1


Option3:如已安装SAW sif(如v5.1.3):

1. https://hub.docker.com/repository/docker/stomics/saw

2. singularity exec SAW_v5.1.3.sif cellCut

3. 请使用singularity 3.8及以上版本

Bash
 
export HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE
  ## gef2gem using geftools
  geftools view -i
<SN>.gef -o <SN>.gem -s <SN>
  # -i input square bin GEF, e.g.SN.raw.gef or SN.gef
  # -o output GEM
  # -s SN
 
  ## gef2gem using gefpy
  python
  >>> from gefpy.bgef_reader_cy import BgefR
  >>> bgef=BgefR(filepath='
<SN>.gef',bin_size=200,n_thread=4)
  >>> bgef.to_gem('
<SN>.bin200.gem')
 
  ## gef2gem using SAW sif
  ## export SINGULARITY_BIND="/path/to/input/dir,/path/to/output/dir"
  singularity exec SAW_v5.1.3.sif cellCut view -i
<SN>.gef -o <SN>.gem -s <SN>
 
  ## cgef2cgem
  geftools view -i
<SN>.cellbin.gef   -o <SN>.cellbin.gem   -d <SN>.raw.gef   -s <SN>
  # -i input cellbin GEF
  # -o output cellbin GEM
  # -d input square bin GEF, e.g. SN.raw.gef or SN.gef
  # -s SN
 
  ## gem2gef
  geftools bgef -i
<SN>.gem -o <SN>.gef -b 1,20,50 -O Transcriptomics
  # -i input square bin GEM
  # -o output square bin GEF
  # -b bin sizes seqarate by comma, default: 1,10,20,50,100,200,500
  # -O omics name


Q MID是什么?MID是表示每个分析单元检测到的转录本数目吗? 展开 收起
A

MID(Molecular ID)即分子编码,实验过程中每个mRNA分子带有唯一的MID,用于区分来源于不同mRNA分子的PCR扩增子。MID(即UMI)代表每个基因在每个分析单元中检测到的转录本数目。

Q gef文件比较多,分别代表什么含义? 展开 收起
A

{SN}.gef代表整张芯片全部数据,{SN}.tissue.gef代表组织区域数据,{SN}.cellbin.gef代表细胞分割后的数据,这三个gef文件是主要输出数据,是下游分析会使用到的,其他gef后缀文件,可以参考说明手册(时空官网链接:https://www.stomics.tech/products/BioinfoTools/OfflineSoftware/SAWOperationManual)<附录和参考文献>模块中的附录B。

Q 准备试剂时,血清、一抗和二抗都需要14000g 离心10 min,离心是原液离心还是稀释后的离心,离心的目的是什么? 展开 收起
A

主要目的是去除杂质,因为试剂中含有杂质,所以要离心。按照试剂盒使用说明书操作即可。

Q 时空芯片与mIF 共检测技术里,不用FcR对染色和后续的捕获会有影响吗?比如只有针对小鼠和人的FcR,没有猴的。 展开 收起
A

FcR主要封闭非特异性抗原结合的位点,如果不封闭,会与目标抗原非特异性结合而影响目标位点的判断。请登录BioLegend 官网查询是否有针对猴的,或者咨询一下抗体公司。

Q mIF流程实验中,抗体滴定实验的目的是什么? 展开 收起
A

主要目的有:(1)确保选择的抗体适配于时空组学的mIF实验,可表达出正确的pattern;(2)根据滴定实验可以判断最佳的抗体浓度。

Q 针对mIF流程,摸索透化时间的实验中,不添加一抗和二抗,是否会影响转录组实验的透化时间的确定? 展开 收起
A

经过测试一抗、二抗添加与否并不影响透化时间的判断,只需要模拟前面的试剂孵育流程即可。

Q 如何获得芯片T的mask文件? 展开 收起
A

请联系项目管理将您的时空云平台账号添加到指定项目中,然后您可以登录云平台直接下载mask文件。操作过程中有任何问题,均可联系项目管理或科研合作代表。

Q 与其他原位空间转录组技术相比,华大时空组学技术Stereo-seq的优势是什么? 展开 收起
A

相比较于其他技术平台,Stereo-seq 在检测组织大小及分辨率等方面具有突破性优势。一方面将认识生命空间表达的分辨率提高到 500 nm 的亚细胞层级,另一方面可达到厘米级全景视场,并可根据组织大小进行定制化,目前最大可扩展至13 cm × 13 cm。

Q 芯片T结果中单个细胞的细胞器可以定位吗? 展开 收起
A

Stereo-seq可以提供亚细胞级别的信息,但它本身并不能直接定位单个细胞的细胞器。要想定位单个细胞的细胞器,通常需要使用荧光显微镜或电子显微镜搭配特定的染色剂或标记物来可视化细胞器,例如,可以使用荧光染料标记线粒体、高尔基体或内质网。因此华大时空组学数据分析可以提供关于细胞内基因表达的高分辨率信息,但要想定位单个细胞的细胞器,通常需要结合显微镜技术来进行观察。

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