苏木精-伊红染色法简称H&E染色法。苏木精染液为碱性,主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色;伊红为酸性染料,主要使细胞质和细胞外基质中的成分着粉红色。H&E染色法是组织学、胚胎学、病理学教学与科研中最基本、使用最广泛的技术方法。在时空组学技术中的主要用于组织质检、芯片T和芯片P结果分析,判断组织形态是否正常,荧光信号强弱区域是否与组织相应区域一致,RNA表达结果是否与组织结构相符等。
每张芯片(1 cm × 1 cm)含有 4 × 108个带空间坐标的数据点。
时空芯片上含有Poly T,Poly T与样本mRNA中的Poly A结合,从而实现游离mRNA的无偏捕获。
Invalid CID reads是测序错误无法比对上的序列。
Stereo-seq 芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状 DNA 纳米球(DNA NanoBall,DNB)。DNB 是以单链环状DNA 为模板、经过滚环扩增后得到的产物,这些DNB被撒到芯片上,由于Stereo-seq芯片特有的特点,DNB就会被吸附在Stereo-seq芯片上。
测序芯片的特殊设计,在时空实验中用来做RNA表达矩阵与影像图的配准。
主要区别为是否含有空间位置信息,两种芯片的制备工序不同,用途也不一样。芯片P不含有空间坐标信息,仅用于前期摸索最佳透化时间;芯片T含有空间坐标信息,用于构建组织切片全转录本 3'端文库。
STOmics®是商标名称,Stereo-seq是技术名称。
建库时,推荐先将浓度稀释至移液体积大于等于1 μL,再进行取液,投入量会更准确。转录组使用说明书内给出的循环数是普适性的,建议按照试剂盒使用说明书操作。
测序数据量与芯片大小、物种、组织类型、研究目的有关,组织类型不同,捕获量也有差异。目前1 cm × 1 cm芯片推荐测序数据量为1G reads,0.5 cm × 0.5 cm芯片推荐500M-1G reads。您可以根据测序数据是否满足分析需求决定是否加测,具体测序数据量请参考研究目的调整。