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产品动态 | 时空转录组FFPE产品方案，敲开病理神秘之门

2024.05.13 内容来源：华大时空

华大时空组学即将发布的时空转录组FFPE产品方案，基于随机探针进行原位捕获，能在同一张切片上实现H&E染色和基因表达分析。与利用polyT进行靶向捕获的技术相比，该方案可以捕获存在降解的RNA，也能实现编码及非编码RNA的共捕获，以及宿主与微生物的共检测，且没有物种限制。

该产品预订通道现已全面开启（6月30日截止），即刻扫描二维码订购吧。

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技术背景

福尔马林固定的石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本作为长期保存病理样本的金标准，因其保存方便，易于成片，且能较好地保存样本组织形态的特点，在医学与科研领域被广泛应用。据估计，目前全世界范围内已积累了数以亿计的FFPE样本[1]。然而，由于FFPE样本制备过程会导致RNA降解，利用Poly-T探针捕获mRNA Poly-A尾的传统转录组分析方法已不再适用，因此研究者亟需新的技术方法探究FFPE样本的组学奥秘。

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新鲜冰冻样本与FFPE样本的RNA情况比较

时空转录组FFPE产品方案，利用“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，可实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。

产品亮点

01 实现同张切片H&E染色

在同一张FFPE切片上兼容时空转录组分析和H&E染色，可进行多模态数据分析及探索。

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02 编码及非编码RNA共捕获

基于随机探针的技术原理，可同时实现mRNA和non-coding RNA的原位捕获。

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03 无物种限制

不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种进行时空组学信息挖掘。

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04 宿主和微生物共检测

可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系。

05 细胞级分辨率

检测分辨率达到500 nm，可实现空间单细胞水平分析。

应用方向

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应用场景示例

01 准确刻画多类细胞的空间分布

基于FFPE样本中的基因表达空间信息，注释多种细胞类型，并精准定位各种细胞类型的空间分布。

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乳腺癌FFPE样本，bin50

02 探索癌症组织的免疫特征

基于H&E提供的组织学信息进行组织分型，从而深入探究癌前区及癌区的空间分子特征。

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乳腺癌FFPE样本，bin50

参考文献：

[1]Blow, N. Tissue issues. Nature 448, 959–960 (2007). https://doi.org/10.1038/448959a

内容 | 产品部

审核 | 黎晓玲

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