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捕获性能提升100%,时空转录组FF产品方案焕新升级

2024.07.11 内容来源:华大时空

华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq,是全球领先且能同时实现纳米级分辨率、厘米级全景视场的原位捕获空间全转录组测序技术。为帮助研究人员利用更高效的生化流程捕获更多的基因,实现对基因和细胞变化过程的精准解析,华大时空组学即将对适用于新鲜冷冻(Fresh Frozen, FF)样本的时空转录组FF产品方案进行全面升级。


升级后的时空转录组FF产品方案(V1.3),在保持Stereo-seq高检测分辨率的基础上,整体性能更优异,可助力研究人员轻松获得更多高质量数据,真正实现以单细胞分辨率研究细胞基因表达的时空规律,为解析复杂生命进程、对抗疾病提供全新的方向和视角,促进胚胎发育、免疫研究、器官再生、脑科学、肿瘤微环境等研究取得更多成果。


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七大性能全面提升


01. 捕获性能大幅提升,相同组织类型、相同数据饱和度下,Bin20水平捕获的基因及MID中位数提升比例达到100%以上。


02.配套新版建库试剂盒和测序试剂盒,可以有效降低Non-Relevant Short Reads比例。


03.轻松实现Cellbin水平分析,精准研究细胞基因表达的空间异质性。


04.有效提升荧光信号强度,选择最佳透化时间不再困难,尤其是以往透化效果不佳的组织。


05.工作流程更快速便捷,1天即可获得纯化后cDNA产物,轻松高效完成时空实验。


06.生信分析工具强大灵活,安装配置和操作使用更简单便捷,交互友好性更强,可视化能力更丰富,兼容所有第三方分割算法。


07.可兼容已有的多尺寸芯片、多染色及应用方案,满足研究人员的多样化需求。


部分测试数据示例 

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相同数据饱和度下,Stereo-seq V1.2数据和V1.3数据捕获到的基因中位数(左图)和MID中位数(右图)的比较(Bin20)。备注:根据研发已测数据统计


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小鼠半脑新鲜冷冻样本的Stereo-seq V1.2数据和V1.3数据的比较。相同测序数据量下,V1.3饱和度更低,且可以获得更多基因数;此外,V1.2和V1.3的空间聚类表现出良好的一致性。


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通过Stereo-seq V1.3已测试过的人类、小鼠以及其他物种的部分聚类结果。


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内容 | 庄雯

审核 | 黎晓玲