Stereo-seq试剂套装_时空转录组试剂产品_时空组学产品_STOmics - 华大时空

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时空转录组

纳米级分辨率，厘米级全景视场

时空试剂套装包含透化试剂套装及转录组试剂套装。

时空转录组时空转录组+H&E染色时空转录组FFPE 时空转录组兼容多重免疫荧光时空蛋白转录组Stereo-CITE

时空转录组

时空转录组

纳米级分辨率，厘米级全景视场

时空试剂套装包含透化试剂套装及转录组试剂套装。

时空转录组时空转录组+H&E染色时空转录组FFPE 时空转录组兼容多重免疫荧光时空蛋白转录组Stereo-CITE

时空转录组

时空转录组

纳米级分辨率，厘米级全景视场

时空试剂套装包含透化试剂套装及转录组试剂套装。

时空转录组时空转录组+H&E染色时空转录组FFPE 时空转录组兼容多重免疫荧光时空蛋白转录组Stereo-CITE

时空转录组

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产品介绍产品亮点应用创新演示数据操作流程结果展示常见问答

时空组学产品方案手册 Stereo-seq 透化试剂套装（载体版）使用说明书 Stereo-seq 转录组试剂套装（载体版）使用说明书

探索空间生物学

时空试剂产品包含了Stereo-seq技术流程所需的主要时空试剂和时空芯片，其中时空芯片上载有具有空间坐标信息的捕获探针，与组织切片结合后通过探针原位抓取组织内的 mRNA 分子并进行 cDNA 合成。研究人员通过 DNBSEQ 测序和 STOmics 配套的可视化分析工具，可获取特定样本超高分辨率下的空间转录组信息。

探索空间生物学

产品亮点

大视场和高分辨率

实现500 nm分辨率，同时捕获面积最大可达13 cm×13 cm，且实现了基因与影像同时分析。

高兼容性

时空组学技术在新鲜冷冻保存的多种动植物细胞、器官以及胚胎切片上都有良好的表现。

精简的数据分析

时空云平台进行时空数据分析、可视化及数据挖掘，也可使用STOmics分析流程软件（SAW）自行对分析获得时空基因表达矩阵。

操作便捷

整体生化流程便捷性增强。

应用创新

大显神通 | Stereo-seq大尺寸芯片助力高分文章发表

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捕获性能提升100%，时空转录组FF产品方案焕新升级

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Cell突破！中国科学家首次重构高分辨率人类数字3D原肠胚

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Cell重磅 | Stereo-seq助力杜鹏课题组解析妊娠早期子宫微环境的建立和稳态维持

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Cell重磅 | Stereo-seq助力绘制迄今为止跨时间点最广、面积最大的人脑多区域时空发育转录组图谱

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Nature | 华大Stereo-seq助力揭示黑色素瘤细胞的生长和转移机制

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Cell | 成年猕猴全脑皮层单细胞分辨率空间图谱揭示细胞组织模式

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Science 封面 | Stereo-seq构建全球首个脑再生时空图谱

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Developmental Cell | Stereo-seq技术成功绘制斑马鱼、果蝇、拟南芥时空图谱

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Cell封面！Stereo-seq实现首次绘制小鼠胚胎发育或器官的时空图谱

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演示数据

大鼠脑

样本类型：FF
染色方案：ssDNA染色
组织切片/组织面积：101.233 mm²
有效CID Reads数量：21.92G
空间条码（CIDs)数量：175.89M
基因中位数：1638（bin50）
检测到的细胞数量：307,153
检测到的总转录本数量：13,518.33M
每个细胞中位数转录本数量：507
芯片尺寸：2cm × 3cm

>>> 大鼠脑演示数据芯片号为B01207E3G4

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小鼠嗅球

样本类型：FF
染色方案：DAPI染色
组织切片/组织面积：7.942mm²
有效CID Reads数量：0.26G
空间条码（CIDs)数量：12.98M
基因中位数：1,478（bin50）
检测到的细胞数量：38,503
检测到的总转录本数量：151.17M
每个细胞中位数转录本数量：569
芯片尺寸：0.5cm × 0.5cm

>>> 小鼠嗅球演示数据芯片号为FP200009107_E414

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小鼠脑

样本类型：FF
染色方案：ssDNA染色
组织切片/组织面积：22.205mm²
有效CID Reads数量：0.84G
空间条码（CIDs)数量：36.52M
基因中位数：1,133（bin50）
检测到的细胞数量：76,982
检测到的总转录本数量：533.74M
每个细胞中位数转录本数量：664
芯片尺寸：1cm × 1cm

>>> 小鼠脑演示数据芯片号为SS200000135TL_D1

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操作流程

操作流程

操作流程

操作流程

结果展示

高效的生化实验流程，强大的可视化分析工具，造就了超高分辨率的时空组学。

小鼠鼠脑核酸染色图
芯片尺寸：1 cm × 1 cm

小鼠鼠脑空间基因表达量热图
芯片尺寸：1 cm × 1 cm

小鼠鼠脑单细胞分辨率聚类结果
芯片尺寸：1 cm × 1 cm

小鼠嗅球核酸染色图
芯片尺寸：0.5 cm × 0.5 cm

小鼠嗅球空间基因表达量热图
芯片尺寸：0.5 cm × 0.5 cm

小鼠嗅球单细胞分辨率聚类结果
芯片尺寸：0.5 cm × 0.5 cm

大鼠鼠脑核酸染色图
芯片尺寸：2 cm × 3 cm

大鼠鼠脑空间基因表达量热图
芯片尺寸：2 cm × 3 cm

大鼠鼠脑单细胞分辨率聚类结果
芯片尺寸：2 cm × 3 cm

常见问答

Q 包埋过程应注意什么？展开收起

A

包埋过程中需注意取材尺寸 ( 目前要求组织块尺寸不得大于 0.9 cm x 0.9 cm x 2 cm)，选择合适尺寸的包埋盒。新鲜组织离体后需在 30 min内完成包埋，操作时应在低温环境下快速进行，避免 RNA 降解。包埋前应吸干组织表面水分，避免产生冰晶，同时也要避免 OCT 中气泡的产生影响后续切片。

Q 组织形态变型严重是何原因？展开收起

A

组织形态严重变形可能是取材过程中对组织造成了挤压，应该调整取样方式；也可能是包埋过程包埋剂膨胀挤压组织造成变形，应根据具体情况调整包埋条件，如更换尺寸材质合适的包埋盒等。

Q 组织包埋块中冰晶过多如何避免？展开收起

A

取材后包埋前尽量将组织表面的水分吸干。缓慢的冰冻过程会导致较大冰晶的形成，建议组织包埋过程中，迅速冷冻。

Q 组织包埋时，OCT 的量是否会对组织造成影响？展开收起

A

组织太小 OCT 太多的话，可能会对组织产生挤压。建议尽量选择跟组织大小适配的包埋盒。

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