利用 BARtab 和 bartools 分析基因组和转录组中的合成细胞条形码

2024.04.25

标题：Analysis of synthetic cellular barcodes in the genome and transcriptome with BARtab and bartools

发表期刊：Cell Reports Methods

发表时间： 2024年5月20日

影响因子：4.3

研究对象：单细胞以及空间转录组学数据

文章概要：细胞条形码技术是一种谱系追踪方法，它将可遗传的合成条形码与高通量测序相结合，能够在多种生物背景下准确地追踪细胞谱系。最近的研究通过将这些方法扩展到单细胞或空间转录组测序中，从而纳入了谱系信息。为了利用这些数据集中丰富的生物学信息，需要专门的计算工具进行数据集预处理和分析。在此，我们介绍了BARtab和bartools，BARtab是一个便携且可扩展的Nextflow流程，而bartools是一个开源的R包，它们共同设计为一个集成的端到端细胞条形码分析工具箱。BARtab和bartools包含了简化从群体水平、单细胞以及空间转录组学实验中提取、质量控制、分析和可视化谱系条形码的方法。我们通过分析包含细胞条形码信息的示例性群体、单细胞和空间转录组学实验，展示了我们的集成BARtab和bartools工作流的实用性。

期刊·Cell reports methods

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