Stereo-seq构建雌性小鼠肺不同功能区的空间转录组图谱

2022.03.09

Frontiers in Genetics [IF：4.772]

① 从雌性成年小鼠的肺中收集4个连续的10μm厚度的冷冻切片，分别用于H&E染色（n=1）和Stereo-seq实验（n=3），构建高分辨率的发育中雌性小鼠肺空间转录组（spatial transcriptome，ST）图谱，表征肺不同功能区的基因表达模式及近端至远端轴的功能梯度，同时整合ST与scRNA-seq数据，有助于深入研究肺发育生物学和疾病机理等。

② 对切片进行质量评估，每个切片获得4.77GB reads，并进一步处理得到bin1矩阵，基于合并后的bin50（25μm）构建雌性成年小鼠肺部的ST图谱。

③分析细支气管、肺泡和免疫细胞等标记基因的空间分布，利用Hotspot软件探究空间共表达基因得到17个细胞亚群，并定义出细支气管、肺泡、软骨和免疫细胞等肺特定结构或细胞类型。

④通过远端和近端肺的差异表达基因及功能富集，发现Malat1、Jarid2、Lars2等在肺远端表达较高，Scgb1a1、Scgb3s2、Cyp2f2等在肺近端表达较高，并表征了远、近端的功能差异梯度。

⑤整合ST和已发表scRNA-seq数据，确定11种主要的细胞类型并计算了细胞类型空间分布的相关性；通过基因调控网络重建表征99个在肺切片中有明显空间分布的调控因子，确定了细胞类型特异性的调控模块。

⑥Stereo-seq数据可从https://db.cngb.org/stomics/datasets/STDS0000062?tab=explore 获取。（徐晓静）

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小鼠肺组织Stereo-seq实验及数据分析流程图

Spatial transcriptome uncovers the mouse lung architectures and functions.

2022.03.09；DOI：10.3389/fgene.2022.858808

研究文章；小鼠，肺，肺泡，结构，功能，空间基因定位，Stereo-seq；YujiaJiang，ShijieHao，ChuanyuLiu，LongqiLiu，Xun Xu；郑州大学，深圳华大生命科学研究院；中国

期刊·Frontiers in Genetics 物种·小鼠样本类型·肺

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