2024.07.03 内容来源:华大时空
为推动生命科学领域的快速发展,华大时空组学一直致力于技术的创新与产品的研发。7月3日,华大时空组学携手全球经销商华大智造同步推出首款显微成像产品——时空显微镜Go Optical。
该产品专为时空组学技术Stereo-seq量身打造,能够充分满足时空组学技术各个实验流程中的显微成像需求,可用于组织最佳透化时间的摸索,并可通过高清成像结合Stereo-seq的先进算法,实现基因表达图谱与组织染色图像的精确配准,为进行高分辨率的空间组学分析提供强有力的支撑。
新鲜冰冻(Fresh Frozen, FF)样本的时空转录组实验流程
福尔马林固定的石蜡包埋(Formalin-Fixed Paraffin Embedded,FFPE)样本的时空转录组实验流程
基因表达图谱与组织染色图像配准原理
组织切片被贴附于芯片后,进行细胞核染色或苏木精—伊红染色(hematoxylin-eosin staining,简称H&E染色),然后利用时空显微镜Go Optical对染色后的组织以及芯片上的网格线(Track线)同时进行显微成像,并完成图像拼接;随后,切片中的RNA被时空芯片中的探针原位捕获,并通过建库、测序和分析,利用空间条形码(Coordinate ID, CID)将这些RNA分子准确还原回其原始的空间位置形成详尽的基因表达图谱。最终通过识别Track线将基因表达图谱与组织染色图像进行精确配准。
产品简介
时空显微镜Go Optical是一款集光学、机械、电子、计算机等多学科技术为一体的荧光正置显微镜。整合了落射明场、透射明场及落射荧光等多种观察方式,配备FITC、TRITC、DAPI和CY5等荧光通道。
时空显微镜Go Optical性能一览
Go Optical搭载专属扫片软件Scanner,操作界面简洁,可灵活配置相机,物镜,光源及滤光片,输出的图像及数据格式适配时空组学生信分析软件。
Go Optical专属扫片软件Scanner
同时,还有专属看图软件Tiff Browser,专为处理生物和病理切片超大尺寸图像研制,满足对大尺寸切片图像的快速读取、标记和管理,具备画面缩放调整,及亮度对比度等调节功能。
Go Optical专属看图软件Tiff Browser
Go Optical有哪些“秘密武器”?
01、1200万像素超清成像,清晰捕捉每一细节
Go Optical兼备落射与透射明场成像能力,最高可实现1200万像素高分辨率成像,精准识别Track线和组织细节,可实现组织乃至单细胞分割,更契合Stereo-seq技术的高分辨率空间数据。
利用时空显微镜10×物镜下拍摄的核染色图及H&E染色图,经Track线识别配准后可根据图像中的组织轮廓进行数据的组织分割
*H&E染色图,来自哈尔滨医科大学附属肿瘤医院-许守平课题组提供的FFPE样本
利用时空显微镜10×物镜下拍摄的高清核染色图经过CellBin算法分析可对图像及数据进行单细胞分割
02、70 cm2超大扫描范围,广阔视野
Go Optical行程范围大,拥有100 mm×70 mm的超大扫描范围,这一特性使其能够轻松应对大尺寸芯片的扫描任务(图9),实现精细拍摄。
不同尺寸的时空芯片
03、70s极速成像,效率卓越
针对Stereo-seq芯片的不透光特性,Go Optical特别设计了自动检焦功能。该功能利用检焦模块捕捉光反射信号,智能判断焦距,仅需一次人工对焦,即可自动完成智能调焦与全片扫描,拍照流程化繁为简。在10×物镜下,对1 cm×1 cm的芯片区域进行扫描,仅需70秒,拍照时长短,有效保证样本RNA的完整性。
时空显微镜Go Optical作为时空组学研究的理想拍档,与华大时空组学和华大智造联合提供的建库、测序和生物信息学分析产品可完美适配,共同为用户提供一站式的时空组学产品方案。同时,Go Optical也将作为“S(Spatial Omics)”部分的重要硬件产品,加入由华大智造发起的DCS Lab科研赋能计划,入驻国际领先的、规模化、标准化的多组学前沿实验室,为生命科学研究领域的突破创新提供更多可能性。