2024年，时空组学技术Stereo-seq已助力研究人员在多个权威期刊上发表了近40篇高质量的文章，包括Nature（IF:50.5）、Cancer Cell（IF:48.5）、Cell（IF:45.5）、Science（IF:44.7）等顶尖期刊，以及Nature Methods（IF:36.1）和Nature Genetics（IF:31.7）等科研方法学与遗传学重要阵地。
生长发育
标题：3D reconstruction of a gastrulating human embryo
发表期刊：Cell
发表时间： 2024年4月23日
影响因子：45.5
研究对象： CS8时期完整人类胚胎
文章概要：原肠运动（gastrulation）是指大部分动物胚胎发育中都会经历的一个阶段。在本阶段中，只有一层细胞的囊胚会发生重组，形成一个含有三个胚层（即外胚层ectoderm、中胚层mesoderm、内胚层endoderm）的结构，而新形成的三个胚层细胞会组合并协调发育为各种器官。每一个胚层的细胞都能发育为特定的器官和组织。研究者基于Stereo-seq对一个完整的CS8原肠胚胚胎及进行冷冻切片并测序，得到从前端到后端完整的空间转录组信息，结合机器学习算法进行三维对齐，形成整个CS8胚胎的三维空间转录组图谱，从而实现完整的胚胎3D构建。通过对基因三维分布和参与原肠胚形成过程的基本细胞进行分析，研究者对不同的细胞亚型进行注释，关注了有关的分子调控网络并探讨了CS8胚胎中重要发育事件。
标题：Spatiotemporal Evolution of Developing Palate in Mice
发表期刊：Journal of Dental Research
发表时间：2024年4月15日
影响因子：5.7
研究对象：胚胎小鼠腭部
文章概要：腭部发育过程中基因调控的紊乱会导致腭裂，腭裂是最常见的先天性出生缺陷之一。研究者通过整合单细胞技术（scRNA-seq）和高分辨率空间转录技术（Stereo-seq），对胚胎小鼠腭部发育时间窗进行了测序分析，该研究揭示了腭部结构的主要细胞群——间充质细胞和上皮细胞各亚群在腭部发育过程中所起的作用和发育变化，提供了一个高分辨率的腭部发育转录组图谱，有助于发现发育中的小鼠腭部的遗传特征变化，加深对腭部发育生物学机制的理解。
分析工具
标题：DAIS: a method for identifying spatial domains based on density clustering of spatial omics data
发表期刊：Journal of Genetics and Genomics
发表时间： 2024年4月8日
影响因子：6.6
研究对象：肿瘤区和基质细胞
文章概要：当前的结构域识别方法依赖非监督聚类，难以根据先验知识有目的地鉴定目标空间结构域。该研究开发了一个名为DAIS的新方法(https://github.com/ttrrtttrrt/DAIS)，能够通过对空间转录组数据进行密度聚类，根据基因特征(gene signature)或者注释信息等先验知识快速而准确地识别目标结构域，为空间结构的鉴定提供了新思路。
标题：Analysis of synthetic cellular barcodes in the genome and transcriptome with BARtab and bartools
发表期刊：Cell Reports Methods
发表时间： 2024年5月20日
影响因子：4.3
研究对象：单细胞以及空间转录组学数据
文章概要：细胞条形码技术是一种谱系追踪方法，它将可遗传的合成条形码与高通量测序相结合，能够在多种生物背景下准确地追踪细胞谱系。最近的研究通过将这些方法扩展到单细胞或空间转录组测序中，从而纳入了谱系信息。为了利用这些数据集中丰富的生物学信息，需要专门的计算工具进行数据集预处理和分析。在此，我们介绍了BARtab和bartools，BARtab是一个便携且可扩展的Nextflow流程，而bartools是一个开源的R包，它们共同设计为一个集成的端到端细胞条形码分析工具箱。BARtab和bartools包含了简化从群体水平、单细胞以及空间转录组学实验中提取、质量控制、分析和可视化谱系条形码的方法。我们通过分析包含细胞条形码信息的示例性群体、单细胞和空间转录组学实验，展示了我们的集成BARtab和bartools工作流的实用性
标题：Benchmarking mapping algorithms for cell-type annotating in mouse brain by integrating single-nucleus RNA-seq and Stereo-seq data
发表期刊：Briefings in Bioinformatics
发表时间： 2024年5月23日
影响因子：9.5
研究对象：小鼠大脑
文章概要：在空间转录组（ST）数据的研究中，存在两个主要问题：一是基因捕获效率有限，二是数据点的大小限制，这两个问题都给准确识别细胞类型带来了不小的挑战。由于哺乳动物大脑中的细胞组成既复杂又多样，因此从大脑中获取的ST数据进行精确注释变得尤为困难。为了克服这一难题，研究人员开发了多种算法，这些算法尝试通过将ST数据与单核RNA测序（snRNA-seq）或单细胞RNA测序的数据相结合，来识别和分类神经元的不同亚型。然而，目前尚没有明确的评估标准来确定这些算法在处理Stereo-seq这类ST数据时的准确性。
为了填补这一空白，研究团队选取了来自四个小鼠大脑区域的10组ST数据集（包含两种不同的分辨率）以及从snRNA-seq数据中生成的24组伪ST数据集，对9种不同的映射算法进行了全面评估。在评估过程中，他们使用与ST数据集相对应的大脑区域的snRNA-seq数据集作为参考，对实际ST数据和伪ST数据进行了映射和比较。通过对比不同大脑区域和分辨率下的算法性能，研究团队发现，其中两种算法——一种注重鲁棒的细胞类型分解，另一种名为SpatialDWLS的算法——在细胞类型注释方面展现出了卓越的稳健性和准确性。
为了进一步验证这一结论，研究人员还使用了来自另一测序平台的皮层区域snRNA-seq数据进行了测试，结果同样支持了他们的发现。基于这些研究成果，研究团队开发了一套工作流程，旨在帮助研究人员评估不同映射算法在ST数据集上的适用性。这一工作流程的推出，有望提升空间数据注释的效率和准确性，为生物医学研究提供更有力的支持。
标题：Multiscale topology classifies and quantifies cell types in subcellular spatial transcriptomics
发表期刊：Nature
发表时间： 2024年6月19日
影响因子：50.5
研究对象：小鼠大脑和肾脏
文章概要：本文介绍了一种名为TopACT（topological automatic cell type identification）的创新方法，该方法整合了转录组数据以及空间上下文信息，实现了在亚细胞层面上的细胞类型自动分类。该方法具有广泛的适用性，可应用于多种平台和组织类型，显著提高了细胞身份识别和组织形态学分析的能力。研究人员利用Stereo-seq技术生成的小鼠大脑和肾脏数据，验证了多尺度拓扑学（topological automatic cell type identification，TopACT）的卓越性能。Stereo-seq以其纳米级分辨率捕获全转录组基因的能力，为TopACT产出了极其丰富的数据支持，使得TopACT能够准确地将预测的细胞映射到核成像和特异性标记物的位置。
标题：Deciphering spatial domains from spatial multi-omics with SpatialGlue
发表期刊：Nature Methods
发表时间： 2024年6月21日
影响因子：36.1
研究对象：人类淋巴结数据、小鼠大脑、小鼠胸腺
文章概要：研究团队开发了一种名为SpatialGlue的新方法，该方法基于图神经网络，通过双重注意力机制，首次成功整合了小鼠脾脏、胸腺和大脑的空间多组学数据。该研究基于Stereo-CITE技术，对空间多组学数据进行了深入分析。研究不仅揭示了组织内部复杂的细胞组成和功能结构，还通过分析健康和病理模型，揭示了多种组学数据之间的关键差异。这一突破性研究为空间多组学数据的精准整合和分析提供了新的思路和工具。
标题：spatiAlign: an unsupervised contrastive learning model for data integration of spatially resolved transcriptomics
发表期刊：GigaScience
发表时间： 2024年7月19日
影响因子：11.8
研究对象：时间序列脑切片数据
文章概要：在深入探索空间解析转录组数据的综合分析时，spatiAlign这一无监督对比学习模型的提出，为科学界带来了全新的解决方案。它巧妙地结合了基因表达信息与细胞空间位置，成功地将多个可能受到不同技术或时间影响而产生批次效应的组织切片数据进行了有效整合。通过spatiAlign，研究人员不仅能够在低维空间中对这些复杂数据集进行联合分析，还能在完整的表达空间中重建并深入分析。在基准测试中，spatiAlign凭借其出色的性能，超越了当前最先进的整合方法，特别是在处理具有复杂批次效应或独特生物学特性的组织切片时，其优势更为明显。此外，该模型在整合时间序列脑切片数据的应用中也展现出了巨大潜力，为空间聚类、差异表达分析以及需要基因表达矩阵校正的轨迹推断等研究提供了强有力的支持。
脑科学
标题：Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex
发表期刊：Science
发表时间： 2024年9月27日
影响因子：44.7
研究对象：猕猴、狨猴、小鼠脑
文章概要：研究人员通过华大时空组学技术Stereo-seq，单细胞组学技术DNBeLab C4，构建了猕猴、狨猴和小鼠的小脑空间转录组图谱。研究发现，功能梯度和基因表达梯度在三个物种中都有明显的前后差异（小脑前叶和后叶不同），且猕猴和狨猴之间的空间模式相似性高于它们与小鼠之间的相似性。这说明基因表达与小脑皮质内的功能连接性有着密切的关系。总的来说，这项研究通过构建不同物种小脑空间转录组图谱并进行深入分析，为我们揭示了小脑结构上一些新的奥秘，特别是浦肯野细胞的亚型差异以及空间转录组与功能连接的紧密关联。这些发现为未来进一步研究小脑的功能和疾病机制提供了宝贵的线索和方向。
标题：Whole-brain spatial organization of hippocampal single-neuron projectomes
单位发表期刊：Science
发表时间： 2024年2月2日
影响因子： 44.7
研究对象：鼠脑
文章概要：本研究采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，绘制了小鼠海马（hippocampus，HIP）CA1区的空间转录组图谱，并解析了HIP神经元的空间联接规律。该研究重构了小鼠HIP的10,100个单神经元全脑投射轴突形态，并归纳总结出43种全脑投射细胞类型。研究团队将投射细胞类型与采用Stereo-seq获得的空间转录组数据进行联合分析，鉴定了与投射细胞类型空间相关的基因，为研究HIP神经元相关的功能和疾病提供了神经环路和分子基因的靶点。
标题：Dentate Gyrus Morphogenesis is Regulated by an Autism Risk Gene Trio Function in Granule Cells
发表期刊：Neuroscience Bulletin
发表时间： 2024年7月22日
影响因子：5.9
研究对象：鼠脑
文章概要：在自闭症谱系障碍（ASDs）的研究中，科学家们发现了一种名为Trio的高易感基因，其缺失与一系列神经发育障碍紧密相关。据报道，Trio基因的缺失会导致小鼠在出生后出现齿状回（DG）的发育不全，具体表现为上锥体层呈现出异常的锯齿状结构。此外，这些Trio缺陷的小鼠还展现出了与自闭症相似的行为模式。深入研究表明，这种DG形态发育的缺陷主要是由于有丝分裂后的颗粒细胞（GCs）在出生后的分布受到了干扰，进而影响了神经祖细胞的正常迁移。这一过程揭示了Trio基因在神经发育中的关键作用。为了进一步探索Trio基因的具体作用机制，科学家们采用了空间转录组测序技术，并发现Trio在不同类型的兴奋性神经元中发挥着不同的功能，特别是在调控有丝分裂后GCs的迁移方面扮演着重要角色。这些发现为Trio基因参与出生后DG形态发育的细胞机制提供了新的证据，也为深入理解ASDs的病理机制和治疗策略提供了重要线索。
标题：Microglia-astrocyte crosstalk in the amyloid plaque niche of an Alzheimer's disease mouse model, as revealed by spatial transcriptomics
发表期刊：Cell Reports
发表时间： 2024年6月25日
影响因子：7.5
研究对象：阿尔茨海默病小鼠模型
文章概要：淀粉样斑块作为阿尔茨海默病（AD）的一个核心病理特征，在本研究中受到了详尽的探讨。研究团队巧妙地运用了CosMx和Stereo-seq这两种先进的高分辨率空间转录组学技术，旨在深入剖析AD小鼠模型中淀粉样斑块区域的转录组动态、细胞构成复杂性以及信号传导的扰动情况。研究结果显示，这些淀粉样斑块内的细胞构成展现出显著的异质性，尤为突出的是小胶质细胞的大量积聚现象。
进一步分析斑块邻近区域的神经胶质细胞转录组变化后，研究人员发现，小胶质细胞对斑块的反应在不同脑区展现出相对的一致性，而相比之下，星形胶质细胞的反应则呈现出更为明显的异质性。尤为值得注意的是，随着斑块区域小胶质细胞密度的不断攀升，星形胶质细胞逐渐展现出一种增强的神经毒性表型，这一变化在调节海马神经元GABA能信号传导的增强与谷氨酸能信号传导的减弱中扮演了关键角色。
这一发现揭示了小胶质细胞在海马斑块周围的积聚不仅直接影响了星形胶质细胞的正常功能，还间接导致了神经元突触信号传导的严重失衡。此研究通过先进的空间转录组学技术，有力地证明了在AD小鼠模型中，海马区域淀粉样斑块周围小胶质细胞的异常积聚是破坏星形胶质细胞信号传导、进而引发神经元突触信号失衡的重要因素之一。这一发现为深入理解AD的发病机制及探索潜在的治疗靶点提供了宝贵的实验证据和新的视角。
标题：Astrocytic Neuroligin-3 influences gene expression and social behavior, but is dispensable for synapse number
发表期刊：Molecular Psychiatry
发表时间： 2024年7月13日
影响因子：9.6
研究对象：鼠脑
文章概要：科学家们一直致力于寻找与孤独症相关的基因和分子，以期开发有效的治疗方法。其中，Nlgn3基因由于与孤独症的发生密切相关，成为了研究的焦点。利用基因编辑、时空组学等技术，明确了孤独症相关基因Nlgn3在大脑星形胶质细胞中的位置及影响小鼠社交行为的作用机制，推翻了过去认为其在星形胶质细胞中的表达会导致孤独症的说法。
标题：Spatial transcriptome reveals the region-specific genes and pathways regulated by Satb2 in neocortical development
发表期刊：BMC Genomics
发表时间： 2024年8月2日
影响因子：3.5
研究对象：胚胎发育时大脑的不同区域
文章概要：科学家们研究了与神经发育有关的基因Satb2，这个基因对大脑皮层上层神经元的形成很重要。但他们还不完全清楚Satb2是如何影响大脑其他区域的发育的，以及它在这些区域中的具体作用方式。为了弄清楚这些问题，科学家们使用了空间转录组学和免疫染色技术，比较了正常小鼠和缺少Satb2基因的小鼠在胚胎发育时大脑的不同区域。
研究发现，缺少Satb2基因的小鼠，大脑中的几个关键区域变得更薄了。进一步观察发现，这些区域中的细胞数量也发生了变化，有的区域细胞增多，有的区域细胞减少。通过深入分析，科学家们还发现，在缺少Satb2基因的小鼠中，许多与神经发育相关的基因表达都出现了异常。这些异常基因分布在大脑的不同区域，每个区域都有自己独特的变化模式。
例如，在负责产生新神经细胞的区域，一些促进细胞增殖的基因表达增加了；而在神经细胞迁移和成熟的区域，一些关键基因的表达位置发生了错误；在大脑皮层区域，一些特定类型的神经细胞标记基因表达异常，同时与神经传递物质相关的基因表达也减少了。最后，科学家们通过其他实验方法验证了这些发现，进一步确认了Satb2基因在大脑发育中的重要作用。这项研究为我们理解大脑发育的复杂过程提供了新的视角，也为未来治疗与神经发育相关的疾病提供了可能的线索。
植物研究
标题：Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics
发表期刊：Nature Communications
发表时间： 2024年7月29日
影响因子：14.7
研究对象：豆科植物百脉根根瘤
文章概要：研究人员基于已有研究进行了形态学观察，确定了百脉根根瘤发育的关键时期。随后，利用华大基因开发的Stereo-seq空间转录组技术，对不同发育阶段的根瘤样品进行了空间转录组检测。通过质量控制流程，研究人员获得了72份高质量样品数据，并进行了无监督聚类分析，成功解析和注释了根瘤在各个发育阶段的主要组织区域类型绘制了模式豆科植物百脉根 (L. japonicus) 根瘤发育的时空转录图谱，揭示了根瘤发育背后的分子调控网络。
标题：A spatial transcriptome map of the developing maize ear
发表期刊：Nature Plants
发表时间： 2024年5月14日
影响因子：15.8
研究对象：玉米雌穗
文章概要：基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq等，构建了首个玉米雌穗空间转录组图谱，最终共获得了12种细胞类型的转录组及其空间位置信息，鉴定并验证了4种全新的细胞类型。研究人员利用Stereo-seq技术，发现了两个关键的MADS-box基因，它们在小花分生组织顶端特异性表达并决定其分化。通过结合单细胞与空间转录组数据，本研究开辟了一种新的高通量基因发掘方法，这一方法通过建立细胞特异性的基因共表达网络，帮助研究人员鉴定了控制玉米雌穗建成的潜在新基因，为植物发育研究提供了新的视角。
标题：Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination
发表期刊：Developmental Cell
发表时间： 2024年6月6日
影响因子：10.7
研究对象：水稻种子
文章概要：作者收集了水稻种子吸胀后6、24、36和48 h的胚，通过华大Stereo-seq平台进行了52个胚切片的空间转录组测序分析，结果表明芯片上每个Bin50包含大约1200 UMI，平均基因数是583个；并且选取其中具有代表性的14个胚切片进一步分析。另外，作者对这4个时间点的27070个胚细胞原生质体进行了scRNA-seq测序分析，发现随着时间增加，平均基因数从1940个（6 HAI）升高至3117个（48 HAI），表明胚基因表达和代谢活动逐渐增强。利用这些空间转录组数据和单细胞数据，作者将进一步研究水稻胚萌发过程中的时空转录规律。
生殖生物学
标题：Spatially resolved transcriptomic profiling of placental development in dairy cow
发表期刊：Zoological Research
发表时间： 2024年5月18日
影响因子：4.0
研究对象：牛胎盘
文章概要：该研究采用Stereo-seq技术，构建了妊娠90天和130天的牛胎盘空间表达图谱。基于聚类和细胞标记基因表达分析，关键转录因子，如YBX1和NPAS2，被证明调控滋养层细胞亚群的异质性。通过细胞通讯和轨迹分析，识别了一组参与调控滋养层细胞分化的基因以及帮助塑造特定组织结构的空间模块和协变基因。总之，这些发现对理解牛胎盘发育和功能相关的生物途径至关重要。
标题：Maternal age enhances purifying selection on pathogenic mutations in complex I genes of mammalian mtDNA
单位发表期刊：Nature aging
发表时间： 2024年7月29日
影响因子：17.0
研究对象：创造特定突变的小鼠模型
文章概要：该研究在利用线粒体碱基编辑器DdCBE构建的具有人类线粒体基因突变的小鼠模型中证实，线粒体DNA（mtDNA）突变在母系遗传过程中都受到强烈的纯化选择，更重要的是，这种纯化选择随着母亲年龄的增加而增强，这表明母亲年龄较大可能是防止有害mtDNA突变传递的一个保护因素，这一发现与母亲年龄促进mtDNA突变传递的传统观念相矛盾，可能对临床生殖咨询具有重要意义。
再生医学
标题：A spatiotemporal atlas of mouse liver homeostasis and regeneration
发表期刊：Nature Genetics
发表时间：2024年4月16日
影响因子：30.8
研究对象：小鼠肝组织
文章概要：哺乳动物肝细胞在组织稳态和紊乱期间协调反应的机制尚不清楚，是由于目前的方法对研究不同状态和位置的多种细胞类型较为困难，这阻碍我们对许多疾病的理解。该研究将Stereo-seq(时空增强分辨率组学测序)与473,290个细胞的单细胞转录组学分析相结合，在全叶尺度上生成小鼠肝脏稳态和再生的高清时空图谱。综合研究详细剖析了控制肝细胞功能的分子梯度，系统地定义了基因网络如何通过细胞间通讯动态调节以促进再生。在其他重要的调节因子中，该研究确定了转录辅助因子TBL1XR1作为一种变阻器，将炎症与Wnt/β-catenin信号连接起来，促进肝细胞增殖。该研究数据和分析管道为未来器官生理和功能障碍的高清组织尺度地图集奠定了基础。
标题：A spatiotemporal atlas of cholestatic injury and repair in mice
单位发表期刊：Nature Genetics
发表时间： 2024年4月16日
影响因子：30.8
研究对象：C57BL/6小鼠模型损伤和损伤撤去时的肝脏
文章概要：该研究通过整合空间增强分辨率组学测序和单细胞转录组学，生成了小鼠胆汁淤积损伤和修复过程中基因表达的高分辨率时空图谱。时空分析揭示了胆管细胞驱动的信号传导与门静脉周围损伤修复反应相关的关键作用。胆管细胞表达与脂质相关巨噬细胞募集和分化相关的基因，产生增强导管反应的反馈信号。此外，胆管细胞表达高TGFβ与损伤期间肝祖样细胞向胆管细胞的转化以及恢复期间门静脉周围肝细胞的增殖抑制有关。值得注意的是，Atoh8在3,5-二氧羰基-1,4-二氢碰撞素损伤期间限制肝细胞增殖，并在损伤消退后迅速下调，使肝细胞对生长信号作出反应。该研究为深入研究胆汁淤积损伤的细胞动力学和分子机制奠定了基础，这可能进一步发展为胆管疾病的治疗方法。
疾病研究
标题：CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis
单位发表期刊：Cancer cell
发表时间： 2024年8月12日
影响因子： 48.8
研究对象：人源化结直肠癌小鼠模型
文章概要：本研究揭示了CCL19+成纤维细胞通过促进三类淋巴结构（TLSs）的形成，如何增强抗肿瘤IgG反应，从而抑制肠癌肝转移（CRLM）。通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq)，发现TLS+肿瘤富含IgG+浆细胞(PCs)，而TLS-肿瘤以IgA+ PCs为特征。通过体外生成TLS相关PC衍生的单克隆抗体，发现TLS-PC分泌肿瘤靶向抗体。作为概念验证，在人源化结直肠癌小鼠模型中验证了TLS-PC-mAb6抗体的抗肿瘤活性。该研究鉴定了一个分泌CCL19的成纤维细胞谱系，该谱系促进淋巴细胞向TLSs运输。CCL19治疗可促进小鼠TLS新生并阻止肿瘤生长。该研究揭示了CCL19+成纤维细胞在TLS形成中的核心作用，进而产生抑制CRLM的治疗性抗体。
标题：Presence of onco-fetal neighborhoods in hepatocellular carcinoma is associated with relapse and response to immunotherapy
单位发表期刊：Nature Cancer
发表时间： 2024年1月2日
影响因子： 23.5
研究对象：肝癌组织及其癌旁正常组织
文章概要：本研究使用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，并结合scRNA-seq和bulk RNA-seq，系统地描绘了肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）肿瘤相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAF）图谱及胎肝成纤维细胞图谱，首次鉴定出了一群参与HCC“癌-胚”重编程（onco-fetal reprogramming）过程的重要细胞类群POSTN+ CAF，并证明了POSTN+ CAF、FOLR2+ TAM和PLVAP+ EC这三群“癌-胚”细胞的空间共定位关系，揭示了“癌-胚”重编程过程对HCC患者术后复发及治疗耐药的影响，为HCC的分层诊疗及开发新的免疫治疗策略提供了重要的分子靶点。
标题：Single-cell landscape of idiopathic Multicentric Castleman Disease in identical twins
单位发表期刊：Blood
发表时间： 2024年1月3日
影响因子： 20.3
研究对象：淋巴结和骨髓组织样本
文章概要：本研究采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合scRNA-seq绘制了患有罕见特发性多中心Castleman病（Idiopathic Multicentric Castleman Disease，iMCD）的同卵双胞胎病例的淋巴结单细胞空间图谱，揭示了IL-6通路信号在淋巴结内皮细胞和成纤维细胞网状细胞中的主导地位，并描述了外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMC）亚群的异质性，揭示了单核细胞的宿主免疫应答表型，为未来的iMCD临床评估提供了基础。
标题：Region-specific transcriptomic responses to obesity and diabetes in macaque hypothalamus
单位发表期刊：Cell Metabolism
发表时间： 2024年2月6日
影响因子： 27.7
研究对象：食蟹猴下丘脑
文章概要：本研究采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，并结合DNBelab C系列单细胞核转录组技术，获取了食蟹猴下丘脑近50万个细胞的全转录组信息，绘制了全球首个灵长类糖尿病和肥胖的下丘脑细胞图谱，揭示了灵长类特异性细胞群和基因的分布，以及空间区域、细胞类型和基因特征的特异性变化。其中，采用Stereo-seq获得的空间转录组数据揭示了糖尿病中小胶质细胞从第三脑室向脑实质的空间迁移过程。总之，该研究结果提供了与肥胖和糖尿病相关的空间分子变化的全面视图，为针对糖尿病和肥胖的药物开发提供了潜在治疗靶点。
内容 | 赵芳
审核 | 黎晓玲
