时空组学技术以全新研究思路出发，将时间和空间多维研究技术相结合，共同阐述转录组基因表达在不同组织区域的异质性，揭示单细胞分辨率空间上细胞异质性，同时又能获得细胞在组织空间上的结构位置信息，发现更多未知且精细化结果。而空间异质性是器官功能的关键特征，细胞的位置信息对细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程的研究十分重要。因此，时空组学技术在动物研究中的作用日益凸显，尤其在动物的生长发育，疾病抗性，繁殖等多方面。
为了更好的促进动物研究领域内人士的互动和交流，2022年3月23日14:00-16:00，深圳华大生命科学研究院联合深圳国家基因库，将举办关于时空组学在动物研究中的策略和成果线上研讨会。本次会议邀请了四川农业大学动物科技学院副教授金龙博士和深圳华大生命科学研究院副研究员刘畅博士就时空组学技术在动物研究中的应用和成果进行介绍。
报告1 - 金龙 四川农业大学动物科技学院副教授
四川农业大学动物科技学院硕士生导师、副教授。2015年毕业于四川农业大学动物遗传育种与繁殖专业，获农学博士学位。毕业后在四川农业大学动物科技学院动物遗传育种研究所主要从事动物基因组学相关研究。担任四川省畜牧兽医学会养猪学学分会副秘书长，四川省科技青年联合会理事。主持参与国家重点研发项目（子课题）、自然科学基金联合基金项目、四川省重大科技专项等科研项目10余项。在Nature Genetics、Nature Communications等国际著名学术刊物发表SCI论文80余篇，累计影响因子300以上，累计被引1800余次。以第一 (共同第一) 或通讯作者发表SCI论文23篇，累计影响因子约100。
该研究针对猪重要经济性状——骨骼肌生长，利用空间转录组学技术，从单根肌纤维分辨率的水平揭示了I 、IIa 和IIb 三种不同肌纤维亚型的在能量代谢、收缩能力等不同生理特性下的转录组差异，充分解析了猪从头部、前肢、躯干到后肢，共47种不同解剖学部位骨骼肌的肌纤维组成特性及转录差异，在猪肌肉生长的遗传机制领域取得重要进展，将为农业动物产肉性状提供重要指导。
该研究还同时比较了猪与人及其他模式动物基因转录调控模式的差异，从启动子-增强子互作这一典型的染色质空间构象的角度揭示了物种间差异转录的调控机理，明晰了大量猪特异性基因调控模式。
以上研究成果为深入解析猪肉质性状形成的分子机理，并为下一步分子育种的开展提供了重要基础数据和理论支撑。
四川农业大学动物科技学院金龙副教授报告内容
报告2 - 刘畅 深圳华大生命科学研究院副研究员
深圳华大生命科学研究院生物技术副研究员，深圳市高层次后备人才。中科院生物物理所神经生物学博士，主要方向为模式动物胚胎、神经系统发育的多组学研究。曾主持包括国自然青年基金在内的2项科研项目，并以第一（共同第一）作者发表SCI一区文章2篇。2020年加入华大后作为主要负责人之一主导基于DNBelab C4平台单细胞测序技术的开发，推进单细胞测序的技术升级和产品化。同时与国内外合作方一同开展模式生物胚胎以及神经发育等科学问题在单细胞多组学中的应用。
报告主题：Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis
报告提要：
脊椎动物胚胎发生是一个复杂而动态的过程，在一个相对较短的时间窗口内，胚胎组织发生了强烈的基因表达变化和频繁的细胞状态转换。过去几年，利用模式动物斑马鱼，科学家们已经从单细胞的层面系统地揭示了一个受精卵是如何发育成具有各种组织器官的个体以及这背后的调控机制。
然而，更深入地理解这一过程的一个主要挑战是缺乏转录组时空维度上的信息，而这一信息对于关联细胞所处微观环境与细胞命运决定至关重要。因此，对于斑马鱼胚胎这种尺寸只有毫米数量级的组织来说，传统的空间转录组技术的分辨率无法满足其研究需求。
本课题研究利用Stereo-seq测序技术，结合多切片策略，在较高分辨率水平上对斑马鱼受精后 24 小时以内 6 个关键时间点的胚胎发育进行研究，绘制了斑马鱼胚胎早期发育的时空图谱，构建了具有空间信息的发育轨迹。同时，本研究还探索性地回答了诸多单细胞转录组所不能揭示地科学问题，例如脑区中神经干细胞的分化异质性空间分布，细胞空间微环境与分化方向之间的关联，以及互作配体受体对在时空维度上随发育过程的动态变化等。以上研究为更深入地揭示发育过程的关键事件提供强有力的科学支撑。
深圳华大生命科学研究院副研究员刘畅报告内容
