可以剧烈涡旋混匀,注意一定要充分混匀。混匀过程中会有大量气泡产生,高速离心去除气泡即可。
OCT试剂只测试过SAKURA Tissue-Tek® O.C.T. Compound(SAKURA,4583),除此之外,还测试过明胶包埋剂(Sigma-C5678-500G USA)和CMC包埋剂(Sigma-48722-500G-F USA)。以上三种经过测试的包埋剂可以用于时空实验,其他未测试过的包埋剂不推荐使用。
不建议这样操作,不同组织类型的最佳透化时间可能不同,包埋在同一个包埋块中,无法采用同一最佳透化时间,从而可能影响实验结果。
如果您对包埋较为有经验,包埋后的组织不影响切片贴片,且RNA RIN值和H&E染色的组织形态均可满足时空实验要求,可以按照您的经验进行包埋。
可以,但不是目前推荐方案。因为液氮冻存后再用OCT包埋组织需要解冻组织,可能对RNA RIN值和组织形态有影响,切片时也有发生OCT分离的风险。液氮冻存的样本,包埋过程需要尽量快速完成,确保样品不要完全解冻,建议包埋前先做预实验摸索和测试。
包埋后的样本建议尽快开展实验,因为样本长期冻存-80˚C可能会有形变、碎片等风险。
针对新鲜组织,我们使用的RNA提取试剂盒是Qiagen 74104 RNeasy Mini Kit (50),没有经过DNase I处理,详细信息可以参考试剂盒使用说明书。
尽量不进行PBS清洗,如果血液过多必须清洗,需要用无菌辅料块擦干(组织表面看不见任何的液体)后再包埋。正式包埋前,可以将组织放入OCT中,用药匙拨动组织,使其在OCT中轻柔滚动几次,尽可能用OCT吸干组织表面的液体。
残留的血液多则会影响包埋和切片,容易产生冰晶;血液少则不会影响包埋和切片,但可视化结果中会有血液相关基因的捕获。
染色完成吹干后,若当天来不及拍照可用锡纸包住,放入冰箱4℃保存,第二天再拍照,若第二天拍摄发现信号较弱可复染。
常规时空转录组不对H&E染色步骤做要求,请按照您所购买的H&E染色试剂protocol进行。对于H&E兼容时空转录的H&E的染色试剂和染色步骤的要求,可以参考该技术的实验protocol。
是的,不建议更换品牌。