时空芯片实验室、显微观察室、cDNA扩增室这三个必选实验室的分布需符合时空组学实验操作流程及动线。cDNA扩增室气压为负压或处于空气流向最下方,防止PCR扩增产生的大量核酸引起气溶胶污染,扩散到其它实验室,尤其是时空芯片实验室。
规范的时空组学实验室要求安装新风系统和通风橱,因为实验中需要用到甲醇,而甲醇挥发后经呼吸道、皮肤和消化道摄入会对人体产生毒性反应,长期处在此环境下,影响实验人员身体健康。
包埋过程中需注意取材尺寸 ( 以1 cm × 1 cm芯片为例,目前要求组织块尺寸不得大于 0.9 cm x 0.9 cm x 2 cm),选择合适尺寸的包埋盒。新鲜组织离体后需在 30 min内完成包埋,操作时应在低温环境下快速进行,避免 RNA 降解。包埋前应吸干组织表面水分,避免产生冰晶,同时也要避免 OCT 中气泡的产生影响后续切片。
实验室条件下严格保证新鲜样本在离体 30 min 内进行直接包埋处理,以最大程度避免组织 RNA 降解。
目前针对鼠脑组织有反复取出切片 4 次,暂时未发现对基因捕获量有明显影响。
排除组织类型自身的影响,组织撕裂或者空洞形成有可能以下几方面原因。
(1)缓慢或者不充分冰冻组织过程中形成的冰晶;
(2)是组织包埋过程中引入的气泡;
(3)是贴片过程中,采用的小刷子不合适,损伤冰冻切片。
首先确认刀片是否足够锋利,如果不够锋利,更换新的刀片。防卷板超出刀刃不够容易导致切片卷曲,可以适当调整防卷板。冷冻箱温度相对样品头温度高也会导致切片卷曲,可以通过调节箱体或者样品头温度缓解卷曲的问题。
首先考虑是否组织包埋块复温时间不够,过冷过硬导致切片破碎。同时当样品头温度过低也容易导致切片破碎。除此之外,组织包埋过程中产生了过多冰晶、刀片或防卷板有缺口都会使切片不完整。