时空组学FAQ_时空组学常见问答_时空组学资源_STOmics

Q 在 StereoMap 中可视化查看结果时，发现自动配准的情况下，图像边界外出现基因表达现象，是否正常？展开收起

A

微信截图_20240812172432

这种情况是正常的，以上图为例，图为图像+矩阵热图的可视化展示，原因主要有两点：一，由于样本切片位于芯片边缘，图像组织分割结果会生成在矩阵外周，造成“外溢”的假象；二，在观察矩阵热图时通常选择bin20或者bin50（将其视为一个spot单位点）的bin size尺寸，bin的坐标位点计算是取其左上角顶点，当实际表达只占spot单位点的一小部分时，可视化展示也会将整个spot点亮，所以矩阵边缘看起来像是“外扩”。

Q SAW分析完成会产生多个GEF文件，分别记录了哪些信息？是否支持可视化？展开收起

A

微信截图_20240812172301

Q SAW 分析任务如果意外中断了是否可以断点重启？展开收起

A

使用 SAW >= v8.0.0 运行SAW count分析流程时，如遇到因集群意外停机、环境kill任务或者队列爆内存情况，在重启集群/服务器后，重新提交任务，程序可以rerun分析，但是要求两次分析任务的命令参数完全一致，不可有任何更改，程序会对此进行校验，如有区别，会当成第二次不同的任务启动。

注：此功能不适用于参数设置错误，或者输入数据错误等人为因素引发的问题。

Q SAW 原始入参FASTQ文件的格式和要求？展开收起

A

SAW分析流程入参时支持Q40的FASTQ和Q4的FASTQ文件。

Q40：以41种质量值描述所有的测序完成的碱基质量的质量体系。Q40 FASTQ为常见的PE形式、成对出现的数据，通常命名为<slide>_<lane_number>_<read_index>.fq.gz，包含read 1 和 read 2，少数情况下可能没有"read"，此时可以检查是否为成对出现，或者检查文件格式。

## Q40 read 1

@V350156489L4C001R00100001484/1

TCTGCAGCCAACATGGACAGATCCTTTTAGAACTT

+

D>DC<CBEADEABCB(AADCDD2DD"DBE*$F'C'

## Q40 read 2

@V350156489L4C001R00100001484/2

CTATGAAACACACTATCCTCAATCGGCTCCTTAATTTCAATACCAGCCGT

+

ECFCCB?CAECEBDBCCFDFEFDF?<FCF>B?2EC=C?C<CE(AA=;B5B

Q4：以4种质量值描述所有的测序完成的碱基质量的质量体系。Q4 FASTQ为一组16或64个单个文件出现，通常命名为<slide>_<lane_number>_<sample_barcode>_<split_index>.fq.gz。少数情况下可能文件前缀中没有barcode，通过文件目录中的barcode目录名区分。Q4 FASTQ经常也会被叫做SE FASTQ，其实实际依然是双端测序，但在完成测序下机写出FASTQ时，以单个文件的方式输出，看起来和SE数据一样。这种格式将read1中的信息编码后写入read 2的readID中，同时序列质量信息以Q4（以4种质量值描述所有的测序完成的碱基质量的质量体系）方式记录，以降低存储。

微信截图_20240813092206

## Q4 read

@FP300000513L1C002R00400000218 CE242DF29A57 97D26

GTGTAGTGAACCCCATGGTAGTTTTCTGATTGTTGTTAAAAAAAATGACTTAACATATTACATGGACACTCAATAAAAATGTTTTATTTCCTGTTGAAAA

+

FFFFFFFFFFFF8F8FFFFFFFFFFFFF8FFFFFFFFF8FF8FFF8FFFFFFF,FFFFFFFFFFF8FFFFFF8F8F,F8FFFFFF,FFFFFFFFFF,FFF

Q 如果基因组的chr/scaffolds数量较多（例如：超过5000），导致构建参考基因组时提示内存不足，应如何处理？展开收起

A

可通过设置--genomeChrBinNbits

=min(18,log2[max(GenomeLength/NumberOfReferences,ReadLength)])来降低RAM消耗，例如：14G大小的参考基因组，其chr/scaffolds为90k，根据上述公式，计算发现--genomeChrBinNbits的参数值应设置为17。详情可参考STAR软件的说明手册https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf。

注：SAW 软件版本 < 8.0

Q 对于FFPE样本目前可以做ssDNA染色后再添加邻片H&E图像作为底片加进去用来做组织分割吗？如果用H&E染色来做细胞分割，目前有第三方接入流程吗？展开收起

A

1、可以邻片H&E切片圈组织结构，受临片配准精度限制，组织分割结果需要用户手动介入进行调整；

2、H&E染色做细胞分割，时空StereoMap软件兼容任何第三方软件的细胞分割结果。

Q 时空转录组FFPE测序结果中，lncRNA一般占比是多少？展开收起

A

lncRNA MID/Total MID：人样本为6%~12%；小鼠样本为5%~9%（该数据针对部分研发数据分析，因受样本量限制，您的实测数据中该比例可能会略有差异）。

Q 对于FFPE样本的同片H&E染色，分析特殊的区域，是怎么分离出来，生信分析流程怎么操作？展开收起

A

在StereoMap软件上直接lasso感兴趣区域即可，StereoMap操作流程可参考时空官网，链接为：https://www.stomics.tech/products/BioinfoTools/OfflineSoftware。

Q 时空转录组FFPE分析结果中，微生物检测，一次能检测到多少种微生物？可以看到捕获的基因数吗？展开收起

A

1、对于微生物的检测种类，主要看数据库的选择。我们提供了相对权威的数据库，但用户也可以自己配置其他数据库到流程中；

2、目前对于微生物可以定位到“种”，目前是看不到捕获的微生物基因数。

Q 时空转录组FFPE产品是否支持Cellbin？展开收起

A

FFPE转录组产品支持Cellbin，可通过以下两种方式实现：

① 基于ssDNA染色，可以实现Cellbin分割功能（目前主要小鼠样本）；

② 时空StereoMap软件兼容任何第三方算法单细胞分割的结果。