STOmics SAW分析流程入参支持成对FASTQ或成组FASTQ，支持质量值体系为Q40和Q4。
- 成对FASTQ：一对 read 文件，通常命名为<slide>_<lane_number>_<read_index>.fq.gz，含read 1 和 read 2，少数情况下可能没有"read"字样。read 1 用于记录 CID、MID 信息，read 2 用于记录探针捕获的 RNA 测序数据。
## read 1
@V350156489L4C001R00100001484/1
TCTGCAGCCAACATGGACAGATCCTTTTAGAACTT
+
D>DC<CBEADEABCB(AADCDD2DD"DBE*$F'C'
## read 2
@V350156489L4C001R00100001484/2
CTATGAAACACACTATCCTCAATCGGCTCCTTAATTTCAATACCAGCCGT
+
ECFCCB?CAECEBDBCCFDFEFDF?<FCF>B?2EC=C?C<CE(AA=;B5B
- 成组FASTQ：一组16或64个文件，通常命名为<slide>_<lane_number>_<sample_barcode>_<split_index>.fq.gz。少数情况下可能文件前缀中没有barcode，通过文件目录中的barcode目录名区分。read ID 以“@”开头，包括 read 名称和经过编码的 CID 和 MID 信息。同时序列质量信息以Q4方式记录，以降低存储。
@FP300000513L1C002R00400000218 CE242DF29A57 97D26
GTGTAGTGAACCCCATGGTAGTTTTCTGATTGTTGTTAAAAAAAATGACTTAACATATTACATGGACACTCAATAAAAATGTTTTATTTCCTGTTGAAAA
+
FFFFFFFFFFFF8F8FFFFFFFFFFFFF8FFFFFFFFF8FF8FFF8FFFFFFF,FFFFFFFFFFF8FFFFFF8F8F,F8FFFFFF,FFFFFFFFFF,FFF
详细信息请查看《SAW 用户手册》运行分析>输入文件>测序 FASTQ。