可以用之前的建库试剂盒(货号:101KL114)进行FFPE文库构建,但是构建出来的文库需要用新版的时空可视化试剂套装(货号:940-001895-00)进行测序
1、解交联试剂可以反复预热;
2、解交联步骤95℃降温后就可以拿出来,不需要等到下一个反应温度
从技术角度是可以贴满芯片,但是如果切片全覆盖到芯片上,可能存在以下风险点:1. 可能会戳到切片的边角;2. 可能会导致影像图无法识别track线导致QC fail,配准困难。
1、不建议使用直接调试好的TE buffer(pH 9.0)。
2、建议直接使用推荐的品牌货号试剂,不建议使用其他非推荐品牌。
不能重新盖片。
建议在漂片的时候观察组织形态,如果没有贴牢固,放回液体后切片飘起来了可以重新贴片,如果已经与芯片贴牢固,不能飘起来,就不能重新贴片了。
1、在进行时空转录组FFPE的生化流程中,贴片后进行烤片时(42˚C烤3h后37˚C烤片过夜),PCR仪可以替换为烘箱。
2、可以盖PCR仪盖进行烤片。
3、烤片时间建议按照说明书进行操作。
对于时空转录组,目前只有FFPE试剂盒及实验流程可以兼容微生物检测。
1、骨组织是易脱片样本,即便是脱钙处理也会有脱片风险。
2、如果对骨组织预先进行脱钙处理,对捕获率会有一定程度的影响。
1、对于FFPE样本的切片厚度,一般建议是5μm,但对于脂肪含量高的FFPE样本或者容易脱片的FFPE样本,建议选择4μm的切片厚度。
2、FFPE样本一般是病理组织,经过固定脱水的组织细胞会缩小,所以建议切片5μm厚度,切片厚度也可以根据老师的科研需求自行调整。
3、切片厚度对捕获影响不大,若项目执行有一致性要求可遵循同项目其他样本操作要求即可。