1.软件描述
Stereo-Seq分析流程软件包（1）（Stereo-Seq Analysis Workflow，SAW）整合了多个Stereo-Seq空间组基因表达分析工具，这些工具可用于还原以及可视化测序数据在芯片上的空间表达信息。Stereo-Seq（2）原始测序数据经SAW分析后，得到可以用于下游分析的空间表达矩阵。为满足更加便捷的数据分析，SAW具有13步必要流程，以及其他辅助分析工具。
其他便捷功能：
| cellCut的其他应用 | 根据count生成的基因表达矩阵或同时结合register得到的配准图像，识别芯片上的组织覆盖区域，提取对应位置的基因表达矩阵; |
| rapidRegister | 根据tissueCut生成的组织覆盖区域基因表达矩阵做bin200的聚类分析； |
| checkGTF | 根据cellCut生成的细胞的基因表达矩阵做细胞聚类分析；当图像QC失败或者缺失图像时可不使用此模块。 |
| imageTools的其他应用 | 1）以R-G-B的顺序融合2-3张TIFF图，用于检查分割结果；
2）将模版信息标记在拼接大图上辅助评估拼接和配准结果；
3）将TIFF图转成RPI格式。 |
| manualRegister | 根据StereoMap可视化软件获取到的手动配准操作参数运行manualRegister来修改IPR中的配准记录。可通过开启“微调”参数在manualRegister运行时对手动配准结果进行自动调整，使其更加精准。 |
| lasso | 根据StereoMap可视化软件手动套索获取的GEOJSON记录的区域信息提取对应坐标范围的一个或多个空间或细胞的基因表达矩阵子集。 |
2.系统要求
运行SAW的Linux系统需满足的最低要求包括：
- 8-core Intel or AMD processor (24 cores recommended)
- 128GB RAM (256GB recommended)
- 1TB free disk space
- 64-bit CentOS/RedHat 7.8 or Ubuntu 20.04
运行SAW需提前安装下列其中一个软件：
- docker(5): version 20.10.8 or higher
- singularity(6): oversion 3.8 or higher
3.相关软件
- ImageQC:
ImageQC软件是一个为评估显微镜图片质量而设计的桌面应用。荧光图片需要通过ImageQC的评估来保证能够满足SAW流程分析的要求。运行SAW >=5.0.0版本要求ImageQC >=1.1.0，以确保可以提供IPR文件来记录图像处理的过程信息。ImageQC的最后一个更新版本为v1.2.0，后续将不会再做更新。
- ImageStudio:
ImageStudio是集成了ImageQC功能的升级版本的图像处理桌面应用，包含图像QC、手动拼接、手动组织分割、手动细胞分割四个主要模块。每个模块对应输出结果均可接入SAW进行进一步分析。SAW>=6.0版本要求ImageStudio 版本>=v2.0.1。
- StereoMap:
StereoMap是一个支持Stereo-seq分析数据高清交互式可视化的桌面端软件。SAW流程中输出的GEF矩阵、图像RPI和IPR数据、聚类结果等均可在StereoMap中展示。StereoMap 版本>=2.0.2支持SAW>=6.0。
