版本说明 - 华大时空

SAW软件操作手册

6.0

栏目辅助 7.1 7.0 6.1 6.0

版本说明

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SAW安装和启动

SAW流程操作介绍

测试数据结果展示

附录和参考文献

版本说明

说明书版本：A6.0
软件版本：V.6.1
修订日期：2023年3月

优化及更新

1. 图像质控新增对于DAPI染色图像和IF染色图像的QC功能；新增基于DAPI图像的IF图像校准功能；新增IF图像区域识别的阈值式组织分割功能；软件输入输出IPR格式版本升级。

2. 增加rRNA的过滤功能；适配rRNA过滤场景的统计；兼容ImageStudio v1和v2版本各种处理文件及图像输入；支持处理DAPI+IF多图场景；IF图像的组织分割为阈值式分割结果；细胞分割为DAPI组织分割区域、IF阈值分割、DAPI细胞分割的交集结果；支持一个染色类型的图分别保存多种不同的配准、组织分割、细胞分割图像；IF场景下聚类图底图增加伪彩色，最多支持7种伪彩。

3. StereoMap v2.0.2新增IF蛋白图层展示，cellbin图像及聚类结果展示，手动图像配准等功能。输入文件支持SAW v6.0/ImageStudio v2.0.1配套的最新版本RPI图像文件、IPR数据文件等。

历史版本

说明书版本

软件版本

修订日期

修订内容摘要

V1.0.0

2021年11月

首次发布

V2.1.0

2021年12月

新功能：	添加手动配准功能，手动调参后自动微调矫正；
优化：	mapping性能优化；测序饱和度计算移至tissuecut之后，仅计算组织覆盖区域情况；修复mapping构建索引的问题；修复register等待时长问题。
Bug修复：	修复mapping构建索引的问题；修复register等待时长问题。

A1.1

V2.1.0

2022年1月

补充报错处理说明；
更新示例数据展示

V4.1.0

2022年4月

新功能：	支持处理显微镜拼接的大图；聚类使用Stereopy；新的基因表达矩阵文件格式；添加格式转换和辅助mapping的工具；
优化：	mapping性能提升；更新count基因注释逻辑；升级图像拼接和组织分割模型，得到更准确的拼接结果，改善组织空洞处的分割效果。

V5.1.3

2022年8月

新功能：	在register模块增加显微镜图像的细胞分割，在cellCut模块增加细胞表达矩阵的提取；设计了IPR文件用来储存图像处理过程中的信息和register产生的TIFF图像；输出MID总量和外显子表达矩阵；增加细胞聚类分析；HTML网页版报告中增加了cell bin 统计结果和图像信息；增加了单端 FASTQ数据的处理流程；增加multi-mapped reads的可选参数；增加了图像处理的打分系统。
优化：	增加了mapping过程中poly A的过滤；对merge,tissueCut和saturation功能进行优化；增加scale功能，升级了聚类分析流程；
Bug修复：	增加了mapping过程中poly A的过滤；对merge,tissueCut和saturation功能进行优化；增加scale功能，升级了聚类分析流程；

A3.1

V5.1.3

2022年12月

Bug修复：

修订手册中的错别字。

V5.4.0

2022年11月

新功能：	SE FASTQs文件输入mapping的过程更加便捷；增加了count输出的TXT文件的表头；将ipr2img升级到imageTools，该工具可以对TIFF图像进行合并来检查分割结果，并在拼接全图或配准图像上绘制模板以检查拼接和配准的结果。
优化：	将GEF文件中基因index的数据结构从uint16更改为uint32，以存储更多基因。
Bug修复：	修订手册中的错别字

V5.5.0-5.5.2

2023年1月

新功能：	新增manualRegister和lasso模块，模块所需入参信息和必须文件从线下可视化工具StereoMap获取；在每个模块添加错误码功能，错误码说明已加入附录D。
优化：	升级tissueCut工具，提升性能并提高基于基因表达矩阵识别组织区域场景下的分割准确度；升级聚类分析流程；HTML报告增加多图层展示，用户可在“spatial gene expression distribution”模块切换不同的图片图层展示；HTML报告中的拼接误差热图和坐标系已根据配准参数调整，保持和矩阵同样的方向。

V6.0

2023年3月

新功能：	mapping模块新增 rRNAremove开关，默认为关闭状态，模块需要使用添加了rRNA信息的参考基因组文件，统计和过滤匹配上rRNA的reads，输出的统计文件中会包含rRNA的数量和比例字段；register模块能够处理DAPI+mIF(multiple immunofluorescence images)的多图场景，输出对应的配准、组织分割和细胞分割结果；同时，支持ImageStudio各模块手动处理图像结果重新接入。
优化：	tissueCut模块pipeline重构升级，新增-t参数表示所使用的cpu数，提高性能表现；img2rpi模块的-g参数改为两层结构，支持一个染色类型的图分别保存多种不同的配准、组织分割、细胞分割图像；report 模块在处理mIF场景的结果时，HTML报告展示中的聚类结果底图增加伪彩效果（至多7种颜色）。
Bug修复：	修复了在生成CGEF文件时版本兼容性导致的错误。

A6.1

V6.0.1&V5.4.4

2023年4月

Bug修复：

修复了执行路径的checkGTF函数无效的功能错误。

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