附录和参考文献 - 华大时空

SAW软件操作手册

6.0

栏目辅助 7.1 7.0 6.1 6.0

版本说明

背景介绍

可下载资料

SAW安装和启动

SAW流程操作介绍

测试数据结果展示

附录和参考文献

附录A：推荐使用原始数据的目录结构

如果用户喜欢使用SAW GitHub页面（https://github.com/BGIResearch/SAW）上提供的SAW shell脚本，建议按照上述方法整理原始数据。

bash

$ tree
.
|-- image
|   |-- SS200000135TL_D1_20220527_201353_1.1.0.ipr
|   `-- SS200000135TL_D1_20220527_201353_1.1.0.tar.gz
|-- mask
|   `-- SS200000135TL_D1.barcodeToPos.h5
|-- md5
|-- reads
|   |-- E100026571_L01_trim_read_1.fq.gz
|   `-- E100026571_L01_trim_read_2.fq.gz
`-- reference
    |-- STAR_SJ100
    |   |-- Genome
    |   |-- SA
    |   |-- SAindex
    |   |-- chrLength.txt
    |   |-- chrName.txt
    |   |-- chrNameLength.txt
    |   |-- chrStart.txt
    |   |-- exonGeTrInfo.tab
    |   |-- exonInfo.tab
    |   |-- geneInfo.tab
    |   |-- genomeParameters.txt
    |   |-- genomeParameters_bkp.txt
    |   |-- sjdbInfo.txt
    |   |-- sjdbList.fromGTF.out.tab
    |   |-- sjdbList.out.tab
    |   `-- transcriptInfo.tab
    |-- genes.gtf
    `-- genome.fa
 
5 directories, 24 files

附录 B: SAW ST 输出文件列表

步骤	输出文件	文件描述
splitMask	*.SN.barcodeToPos.bin	通过CID分割Stereo-seq芯片T的mask文件。
mapping	lane.Aligned.sortedByCoord.out.bam	二进制比对/映射文件，用于存储序列比对信息。
	lane.Aligned.sortedByCoord.out.bam.csi	BAM索引文件，它是BAM文件的内容列表，用于指示在BAM文件中一组特定的reads的位置。
	lane.barcodeReadsCount.txt	比对上CID的reads列表文件，三列分别为x、y和reads计数。
	lane.Log.final.out	mapping完成后汇总比对统计信息(STAR 输出)。
	lane.Log.out	STAR mapping中的主日志文件(STAR 输出)。
	lane.Log.progress.out	报告作业过程统计数据(STAR 输出)。
	lane.SJ.out.tab	mapping过程中拼接接头的检测(STAR 输出)。
	lane.bcPara	定义CID比对选项的参数文件。
	lane_barcodeMap.stat	mapping的统计报告，如比对上CID的reads计数、reads测序质量、比对上的DNB计数等。
merge	SN.barcodeReadsCount.txt	合并的比对上CID的reads列表文件，三列分别为x、y和reads计数。
count	SN.Aligned.sortedByCoord.out.merge.q10.dedup.target.bam	按坐标排序的带注释的BAM文件，包括HI:i标记为1的唯一比对reads和多比对reads。
	SN.Aligned.sortedByCoord.out.merge.q10.dedup.target.bam.csi	带注释的BAM的索引文件。
	SN.Aligned.sortedByCoord.out.merge.q10.dedup.target.bam.summary.stat	count的统计报告。“过滤&去重”指标中的“总reads数”表示BAM中的总比对记录数。“通过过滤的reads和注释总reads”指标一致，表示用于做注释、MID矫正、和定量的唯一比对reads。
	SN.raw.gef	HDF5格式的基因表达文件。这是第一个包含完整芯片区域表达信息的原始矩阵。它仅包括一个bin的geneExp组。表达矩阵的原点已被校准为(0，0)，偏移量x和y在geneExp/expression数据集的属性中记录为minX和minY。
	SN_raw_barcode_gene_exp.txt	一个记录坐标、基因、MID和计数信息的，以空格分隔的列表。该文件为计算测序饱和度所需要的抽样文件。其五列信息分别为y、x、geneIndex、MIDIndex、以及readCount。
register & imageTools ipr2img	date-hh-mm-ss.log	Log文件。
	attrs.json	基因表达矩阵的高度和宽度
	SN or other user specified name for the image folder used when input into ImageQC/ImageStudio	存储TIFF格式的原始小图的目录。
	SN_0000_0000_YYYY-MM-DD_hh-mm-ss-n.tif	TIFF格式的小图。
	fov_stitched_transformed.tif	已经与track线模板配准的拼接全图。所以它不需要再次调整非直角角度或缩放比例。
	<stainType>_fov_stitched_transformed.tif	TIF格式的已经与track线模板预配准的拼接全图。
	<stainType>matrix_template.txt	配准DAPI/IF图的track线交叉点模版。用于评估配准结果。
	SN_<chipType>_date_time_version.ipr	IPR格式图像处理记录文件，记录从imageQC/imageStudio收集的基本图像信息。
	SN_mask.tif	TIFF格式的配准后的细胞分割二值化图。
	SN_regist.tif	TIFF格式的配准全景图。
	SN.rpi	保存配准后的显微拍照全景图、组织边界、以及细胞边界（降采样）的图像金字塔。
	SN_tissue_bbox.csv	配准全图的尺寸。
	SN_tissue_cut.tif	TIFF格式的全图文件的组织分割结果。
	transform_template.txt	fov_stitched_transformed.tif的track线交叉点模板。用于评估拼接结果。
	transform_thumb.png	配准全图的降采样缩略图。
tissueCut	SN.gef	HDF5格式的基因表达文件。这个文件是一个完整的GEF格式，包括bin1、10、20、50、100、200和500中的geneExp组和wholeExp组。它还包括一个统计组。表达式矩阵的原点已经校准为(0，0)，偏移量x和y已经记录为geneExp/expression数据集的属性中的minX和minY。
	SN.tissue.gef	HDF5格式的基因表达文件。组织GEF包括组织覆盖区域的表达信息。它仅包括bin 1的geneExp组。表达式矩阵的原点已被校准为(0，0)，偏移量x和y已在与原始GEF相同的geneExp/expression数据集的属性中记录为minX和minY。
	tissue_fig	该目录存储了组织覆盖区域的统计图。
	scatter_100x100_MID_gene_counts.png	每个bin(bin 100)中的MID计数和基因数的散点图。
	scatter_150x150_MID_gene_counts.png	每个bin(bin 150)中的MID计数和基因数的散点图。
	scatter_200x200_MID_gene_counts.png	每个bin(bin 200)中的MID计数和基因数的散点图。
	scatter_50x50_MID_gene_counts.png	每个bin(bin 50)中的MID计数和基因数的散点图。
	statistic_100x100_MID_gene_DNB.png	x轴含毛边的MID数、基因数和DNB数的单变量分布图(bin100)。
	statistic_150x150_MID_gene_DNB.png	x轴含毛边的MID数、基因数和DNB数的单变量分布图(bin150)。
	statistic_200x200_MID_gene_DNB.png	x轴含毛边的MID数、基因数和DNB数的单变量分布图(bin200)。
	statistic_50x50_MID_gene_DNB.png	x轴含毛边的MID数、基因数和DNB数的单变量分布图(bin50)。
	violin_100x100_MID_gene.png	展示每个bin(bin100)去重后的MID计数和基因数的分布的小提琴图。
	violin_150x150_MID_gene.png	展示每个bin(bin150)去重后的MID计数和基因数的分布的小提琴图。
	violin_200x200_MID_gene.png	展示每个bin(bin200)去重后的MID计数和基因数的分布的小提琴图。
	violin_50x50_MID_gene.png	展示每个bin(bin50)去重后的MID计数和基因数的分布的小提琴图。
	tissuecut.stat	组织覆盖区域的统计报告。
cellCut	SN.cellbin.gef	HDF5格式的细胞基因表达文件。Cellbin GEF包括细胞的表达信息，例如质心的坐标、边界坐标、基因的表达和细胞面积。通过边界来划分细胞。表达矩阵的原点已被校准为(0，0)，坐标偏移量x和y记录在GEF文件的属性offsetX和offsetY，与原始GEF文件中的minX和minY相同。
spatialCluster	SN.spatial.cluster.h5ad	空间聚类分析结果的H5AD文件。
cellCluster	SN.cell.cluster.h5ad	细胞聚类分析结果的H5AD文件。
saturation	plot_1x1_saturation.png	bin1的测序饱和度分析图。对于每个bin(bin 1)，按1-(唯一读数/总读数)计算。
	plot_200x200_saturation.png	bin200的测序饱和度分析图。对于每个bin (bin 200)，按1-(唯一读数/总读数)计算。
	sequence_saturation.tsv	测序饱和度文件。九列分别为采样成分(#sample)、bin1总读数(bar_x)、bin1的测序饱和度值(bar_y1)、bin1的中值基因计数(bar_y2)、bin1的唯一读数(bar_umi)、bin200总读数(bin_x)、bin200的测序饱和度值(bin_y1)、bin200的中值基因计数(bin_y2)和bin200的唯一读数(bin_umi)。
report	SN.report.html	HTML网页分析报告。
	SN.statistics.json	JSON格式的统计总结报告。它从每个步骤的统计报告中收集所有重要的统计指标。
	scatter_1x1_MID_gene_counts.png	每个细胞的CID计数和基因数的散点图。
	statistic_1x1_MID_gene_DNB.png	x轴含毛边的MID计数、基因数和DNB数的单变量分布图(cellbin)。
	violin_1x1_MID_gene.png	展示每个cellbin去重后的MID计数和基因数的分布的小提琴图。

附录 C: 处理错误和异常情况

常见错误

文件访问错误
文件访问错误的若干示例

bash

terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what():  Could not open the file: xxxxxx
...

或者

bash

#006: H5FDsec2.c line 352 in H5FD__sec2_open(): unable to open file: name = '/path/to/hdf5/file', errno = 2, error message = 'No such file or directory', flags = 0, o_flags = 0
    major: File accessibility
    minor: Unable to open file
...

解决方案

bash

# Attempt 1: Bind file path before execute command.
$ export SINGULARITY_BIND="/path/to/file/directory"

# Attempt 2: Turn off the HDF5 lock on the file by running the command below before running SAW.
$ export HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE

mapping

读取名称分隔符错误

bash

EXITING: FATAL INPUT ERROR: empty value for parameter “readNameSeparator” in input “Command-Line”
SOLUTION: use non-empty value for this parameter

解决方案: 可尝试从命令行删除--readNameSeparator ” ”

limitBAMsortRAM 错误

bash

Error code: SAW-A10183

EXITING because of fatal ERROR: not enough memory for BAM sorting:
SOLUTION: re-run STAR with at least –limitBAMsortRAM xxxxxxxxx

解决方案：参考stderr中的解决方案修改由--limitBAMsortRAM指定的值。

--limitOutSJcollapsed 错误:

bash

EXITING because of fatal error: buffer size of SJ output is too small
Solution: increase input parameter --limitOutSJcollapsed

解决方案：参数--limitOutSJcollapsed 和 --limitIObufferSize是配套的，请替换为 --limitOutSJcollapsed 10000000 --limitIObufferSize=480000000 后再次尝试运行。

imageTools

为 imageTools merge抛出的OSError

bash

OSError: [Errno 30] Read-only file system: '/opt/saw_v5.4.0_software/pipeline/imageTools/imagetools-1.0.0/log'

解决方案: 引发错误的原因是-o输入是一个没有路径的文件名字. 请尝试在-o参数输入/path/to/output/file.rpi或者./file.rpi for -o。

附录 D：错误码

SAW的错误码通过易于理解的方式描述流程中捕获的报错信息。用户可以根据错误码信息自行快速定位报错并处理。报错信息输出在“errcode.log”文件中。

错误码的设计包含三个部分，日期时间、错误码、和描述。日期时间信息可以帮助用户区分不同的运行时间。错误码部分通过字母与数字的组合定义流程模块和报错类型。描述部分详细说明报错或异常，以及提示可尝试的解决方法。

工具	编码	错误类型	示例和错误的处理方法
splitMask	SAW-A00001	Parameters invalid or missing	e.g. "parameters error" ;请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。 ; e.g.;splitBcPos error, expected 1_24 or 2_25" ;请检查您的输入CID位置是1_24还是2_25.
	SAW-A00002	File open failed	请检查输入文件是否存在，以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A00003	File parse failed	e.g. "only support .bin or .h5 file." ;请检查您的输入文件格式是否正确。
	SAW-A00004	File open failed	e.g. "cannot write to file,/path/to/file" 请检查您的输出目录路径是否为现有路径。
	SAW-A00005	Other API error	请查阅附录C或联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A00006	Software exception	请查阅附录C或联系FAS/FBS寻求帮助。
CIDCount	SAW-A00021	Parameters invalid or missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A00022	File open failed	e.g. "cannot open such file,/path/to/file" 请检查输入文件是否存在，以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A00023	Failed to parser the file	请检查您的输入文件格式是否正确
	SAW-A00024	Other API error	请查阅附录C或联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A00025	Software exception	请查阅附录C或联系FAS/FBS寻求帮助。
mapping	SAW-A10101	Parameters invalid or missing	e.g. "EXITING: FATAL INPUT ERROR: unrecognized parameter name"outSAMattribute" in input"Command-Line-Initial"" ;请检查您的参数和参数的拼写。 ;e.g. "please check the umi position andlength" ;请检查FQ1中读取的长度是否与barcode长度和umi长度的参数设置一致。比如bcPara文件中设置的barcode和umi的长度之和是35bp，但是FQ1中有一个读数是30 bp，那么你会看到A10101错误代码。请检查bcPara文件中设置的参数是否与您的FQs一致。
	SAW-A10102	File open failed	e.g. "Error, cannot open the file which be expected in gz or ascii format" 请检查文件权限和文件格式。 ;e.g."barcodePositionMapFile does not exists: /path/to/mask" 请检查掩码文件是否存在，以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A10103	File parse failed	e.g. "sequence and quality have different length" 请检查FQ阅读的完整性。如果FQ格式不正确或者文件没有完全写入或传输，可能会出现此问题。
	SAW-A10104	Invalid data or data exception	错误数据。请检查文件格式和内容。
	SAW-A10105	File deletion failed	如果“_STARtmp”目录未能删除，则会出现此错误。请根据.Log.progress.out或_barcodeMap.stat文件检查程序是否已完全完成。
	SAW-A10106	File IO failed	请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A10107	Failure on APIs of system and libraries	请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A10108	Software assert	请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A10109	Software exception	请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A10110	Allocate memory error	当内存不足时，会出现此错误。您可能需要终止一些使用相同RAM的作业，或者升级您的硬件，以便为您的作业获得更多RAM资源。
	SAW-A10111	Out of disk space	当您在硬盘上存储太多文件时，会出现此错误。请删除一些文件以释放磁盘空间。
	SAW-A10200	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A10201	CID comparison rate is too low	出现此错误通常是因为输入FQs的CID信息与输入掩码文件中的CID不同。请使用正确的SN-FQ进行mapping
	SAW-A10202	Fail to create the index for the BAM file	请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A10300	Fail to load indexed reference	请检查索引引用的存在性、访问权限和完整性.
count	SAW-A20001	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A20002	File open failed	请检查输入文件是否存在以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A20003	File parse failed	请检查您输入的BAM头的文件格式是否正确。
	SAW-A20004	Allocate memory error	当内存不足时，会出现此错误。您可能需要终止一些使用相同RAM的作业，或者升级您的硬件，以便为您的作业获得更多RAM资源。
	SAW-A20009	Software exception	请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A20101	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A20102	File open failed	请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A20103	File parse failed	请检查您的输入文件是否具有有效的列号。
merge	SAW-A30001	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A30002	File open failed	请检查输入文件是否存在，以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A30003	File parse failed	请检查您的掩码文件的文件格式是否正确。仅支持 .h5/.bin mask file.
	SAW-A30004	Fail to create output file	无法创建输出文件。请检查您对输出目录的书写权限。
	SAW-A30005	Fail to open input file	无法打开输入TXT文件。请检查文件是否存在，以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A30006	Out of index	记录坐标超出预期范围。请检查输入文件是否是mapping的输出文件
	SAW-A30007	Allocate memory error	请检查坐标的范围是否太大，或者内存不足。您可能需要终止一些使用相同RAM的作业，或者升级您的硬件，以便为您的作业获得更多RAM资源。
register & rapidRegister	SAW-A40001	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A40002	File open failed	请检查输入文件是否存在以及是否具有正确的访问权限。或者，请检查拼接的全景TIFF(.tif或者.tiff)图像存在于TAR.GZ中。
	SAW-A40003	File parse failed	请检查您的输入文件是否为正确的文件格式。-v输入基因表达矩阵应该是 tsv, barcode_gene_exp.txt, .gem.gz, 或者*raw.gef.
	SAW-A40004	Invalid data or data exception	错误数据。请检查文件内容。出现此错误的原因可能是-v输入文件为空，the TAR.GZ 里的CZI 文件无效, 或者 IPR里的QCPassFlag是零
	SAW-A40005	Tissue segmentation error	图像预处理中的异常组织分割参考分数。
	SAW-A40006	IPR field missing	"Stitch/BGIStitch/StitchedGlobalLoc", 不存在。
	SAW-A40007	Tiled image missing	请检查未压缩图像文件夹中是否有平铺图像。
imageTools	SAW-A40401	Parameter missing	请检查imageTools merge的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A40402	File open failed	请检查imageTools merge的输入文件是否存在以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A40405	Invalid input	imageTools merge的输入文件少于两个或多于三个图像。
	SAW-A40406	File pairing failed	请检查imageTools merge的输入TIFF大小是否相同。因为合并函数用于评估分割结果，所以输入图像应该在大小和位置(整个图像中的组织位置)上相同。
	SAW-A40501	Parameter missing	请检查imageTools覆盖输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A40502	File open failed	请检查imageTools覆盖输入文件是否存在以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A40504	Invalid data or data exception	错误数据。请检查文件内容。出现此错误的原因可能是-c输入IPR文件不包含Stitch/TransformTemplate或Register/MatrixTemplate信息。
	SAW-A40601	Parameter missing	请检查您的imageTools img2rpi输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A40602	File open failed	请检查imageTools img2rpi输入文件是否存在以及是否具有正确的访问权限。
	SAW-A40605	Invalid input	imageTools img2rpi输入-i和-g的长度不同。这两个输入应该是成对的。
	SAW-A40701	Parameter missing	请检查您的imageTools ipr2img输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A40702	File open failed	请检查imageTools ipr2imginput文件是否存在以及是否具有正确的访问权限。或者，请检查拼接的全景TIFF(.tif或者.tiff)图像存在于TAR.GZ中。
	SAW-A40703	File parse failed	请检查您的imageTools ipr2img输入文件是否为imageQC/imageStudio输出TAR.GZ格式。
	SAW-A40704	Invalid data or data exception	错误数据。请检查imageTools ipr2img输入的IPR文件内容 ;出现此错误可能是因为arise的CZI文件无效，或者图像没有自动或手动注册到表达式矩阵。通过检查StereoResepSwitch/register是否为真(未执行自动注册)或ManualState/register是否为假(未执行手动注册),可以从IPR确认第二种情况。第三个可能的原因是StereoResepSwitch/tissueseg为真，因此不能输出细胞分割结果。
	SAW-A40706	File pairing failed	请检查储存在图像工具ipr2img输入ipr中的已注册组织分割图像的形状是否相同。或者请联系FAS/FBS寻求帮助。
tissueCut	SAW-A50001	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失
	SAW-A50002	File open failed	检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A50003	File parse failed	请检查您的输入文件是否为正确的文件格式。
	SAW-A50004	Fail to create output file	无法创建输出文件。请检查您对输出目录的写权限。
	SAW-A50005	Fail to write TIFF	无法写入TIFF文件.
	SAW-A50006	h5AttrWrite error	请检查H5文件属性.
	SAW-A50007	h5DatasetWrite error	请检查H5文件数据集
cellCut	SAW-A60001	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失.
	SAW-A60002	File open failed	请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A60003	File parse failed	该文件不包含正确的信息。请检查文件格式
	SAW-A60110	Program version error	请检查您的输出GEF版本。您的输入GEF版本可能太旧。
	SAW-A60111	Call process error	e.g. "Please call freeRestriction first, or call restrictRegion function before restrictGene." 出现这个错误是因为调用的流顺序被打乱了。请根据提示修改您的调用流程。
	SAW-A60120	Invalid data or data exception	错误数据。请检查文件内容。
	SAW-A60121	File information missing	无法读取文件。请检查文件是否损坏。
	SAW-A60122	File pairing failed	请检查TIFF蒙版的大小是否与表达式矩阵的大小一致。因为掩模已经用表达式矩阵注册，所以它们的尺寸应该是相同的。
	SAW-A60130	Fail to create output file	无法创建输出H5文件。请检查您对输出目录的写入权限，或联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A60140	Allocate memory error	当内存不足时，会出现此错误。您可能需要终止一些使用相同RAM的作业，或者升级您的硬件，以便为您的作业获得更多RAM资源。
	SAW-A60150	Dimensions of gene expression matrix did not match	请联系FAS/FBS寻求帮助。
spatialCluster	SAW-A70001	Parameter missing	e.g. "-i or --gef_file is missing" 请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A70002	File open failed	e.g. “cannot access /path/to/file: No such file or directory.” 请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A70005	Value error	e.g. "The bin size is out of range, please check the range of gef binsize is in [1,10,20,50,100,200,500]." ;请根据提示重设 bin size. ;e.g. "Gene number less than 3000, please check your gef file" ;请检查您的GEF文件的内容，并确保至少有3000个基因用于聚类。
cellCluster	SAW-A70101	Parameter missing	e.g. "-i or --gef_file is missing" ;请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A70102	File open failed	e.g. “cannot access /path/to/file: No such file or directory.” ;请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A70105	Value error	e.g. "The bin size is out of range, please check the range of gef binsize is in [1,10,20,50,100,200,500]." ;请根据提示重设bin size. ;e.g. "Gene number less than 3000, please check your gef file" ;请检查您的GEF文件的内容，并确保至少有3000个基因用于聚类。
saturation	SAW-A80001	Parameter missing	e.g. "-i is missing." ;请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A80002	File open failed	请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A80003	File parse failed	效的GEF文件。请检查文件格式。
	SAW-A80004	Invalid data or data exception	e.g. "no data left after filter by coordinates." ;请检查文件内容。
	SAW-A80005	Invalid data or data exception	e.g. "total map reads is 0, please check file format from --bcstat" 请根据提示检查输入文件的文件内容。
	SAW-A80006	File pairing failed	e.g. "map reads less than annotated reads." 请检查输入映射统计报告和计数统计报告是否来自同一分析。
	SAW-A80007	Plot error	请联系FAS/FBS寻求帮助。PATH环境可能没有python3。
	SAW-A80008	Fail to create output file	法生成饱和度文件，请联系FAS/FBS寻求帮助。
report	SAW-A90001	Parameter missing	e.g. "-m or --barcodeMapStat is missing." 请根据提示检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A90002	File open failed	e.g. "cannot access *: No such file or directory." 请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。
	SAW-A90003	File parse failed	JSON文件格式错误。出现此错误可能是因为输入统计数据文件不是在与报告相同的SAW版本中生成的。或者，无法解析输入映射文件前缀。请联系FAS/FBS寻求帮助。
	SAW-A90004	Invalid data or data exception	e.g."information loss: fail to find 'bin_[size]' or 'ssDNA' in '*.rpi'." ;请检查文件内容。
	SAW-A90005	Fail to create output file	无法创建输出文件。请检查您对输出目录的写权限。
manualRegister	SAW-A40801	Parameter missing	请检查您的输入参数。一些必需的参数可能会丢失。
	SAW-A40802	File open failed	请检查文件是否存在以及是否有正确的访问权限。或者，请检查输入目录中是否存在pre-registered的图像fov_stitched_transformed.tif
	SAW-A40803	File parse failed	请检查您的输入文件是否为正确的文件格式。-v输入基因表达矩阵应该是tsv, barcode_gene_exp.txt, .gem.gz, 或*raw.gef.
	SAW-A40804	Invalid data or data exception	错误数据。请检查文件内容。出现此错误的原因可能是-v输入文件为空。第二个可能的原因是IPR的registration模块中的基因表达矩阵信息(MatrixShape，Xstart，Ystart)与输入的GEF文件(minX，minY，maxX，maxY)不匹配，因为手动registration必须在相同的矩阵上进行。

参考文献

BGIResearch/SAW. Accessed October 13, 2021. https://github.com/BGIResearch/SAW
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