实测 | 伯豪生物首批时空转录组FF V1.3内测数据新鲜出炉

2024.11.07 内容来源：伯豪生物

更高的基因数，获得更高质量的数据

内测样本类型我们选取了小鼠脑组织，使用华大时空转录组FF V1.3中1 cm*1 cm芯片。结果显示，在时空转录组FF V1.3优化时空试剂、酶、探针以及算法软件后，实验结果整体数据结果非常漂亮。在1,870,628,731个Reads的测序深度下，Bin20 （约10 μm，近似单个细胞直径）平均MID为745，平均基因数达到了487，检测到的基因总数为43,114。可以看出，升级后的每个细胞内检测出了更多高质量转录本数据，为各种应用场景下的科学研究提供了无限可能。

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小鼠脑样本华大时空转录组FF V1.3基础数据展示

CellBin分析，精准解析组织基因表达空间特征

在华大自主研发的基于Stereo-seq系列的CellBin一站式细胞分割结果中我们看到，在CellBin水平能够捕获到更多空间转录组信息，单个细胞中位MID数为1,611，中位基因值可以达到964，整体内测数据结果与华大公布的小鼠脑数据结果基本一致。

CellBin基于华大时空芯片底层设计，利用track线实现1 μm内配准精度，将细胞影像图和表达矩阵对齐；利用影像学特征完成高精度的组织分割、细胞核分割以及细胞内分子归类，刻画出单个细胞的分子边界；映射到芯片内，提取分子信息，获得精准的单细胞表达矩阵。

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伯豪内测数据：小鼠脑组织中时空转录组FF V1.3捕获基因数与MID数

七大性能共提升，为科研提供全新的视角与方向

除了提升捕获性能与CellBin的分析体验外，时空转录组FF V1.3用户实操体验方面做了多项优化，主要表现为：将新鲜冰冻样本RIN≥7的质控条件，向下兼容至RIN≥4，这能够使更多低质量的珍贵组织可以进行空间转录组探究；提升透化荧光信号强度，让最佳透化时间选择更加容易；将H&E封片剂集成进试剂盒，方便选择同片ssDNA染色/H&E染色，且两种染色方案都支持单细胞分割；优化试剂和实验流程，缩短操作时间，极大提升了实验效率。

在可视化分析工具提升上，华大推出了StereoMap，这是一款桌面端可视化软件，可以实现图像处理和交互式可视化探索。这款全新的分析软件功能更加强大，操作更加简单、易用，允许以单细胞级分辨率（CellBin）轻松解析基因表达空间特征、探索全转录组空间奥秘。

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时空转录组FF V1.3七大性能全面提升

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