SAW安装和启动 - 华大时空

SAW软件操作手册

7.1

栏目辅助 7.1 7.0 6.1 6.0

版本说明

背景介绍

可下载资料

SAW安装和启动

SAW流程操作介绍

转录组测试数据结果展示

蛋白组和转录组测试数据结果展示

附录和参考文献

SAW安装和启动

1. SAW镜像安装

SAW docker 镜像软件包已包含运行软件必须的依赖包，用户可通过 Docker Hub下载 SAW docker 镜像，以帮助用户在本地快速搭建 SAW 镜像，进行离线分析。请下载最新的软件并使用与其对应版本的手册。

Docker Hub链接：https://hub.docker.com/r/stomics/saw/tags

目前SAW的安装和运行支持Singularity和Docker两种方式 (如需安装Singularity，请自行安装或参考4 SAW GitHub)，以7.1版本为例使用教程如下：

1.1 利用Singularity安装SAW

*请注意将紫色高亮的入参替换为您的真实路径和数据。

第一步：使用singularity拉取镜像（2种方法）：

bash

$ singularity build SAW_v7.1.sif docker://stomics/saw:07.1.0 ## option 1

$ singularity build --sandbox SAW_v7.1/ docker://stomics/saw:07.1.0 ## option 2

非root用户，尤其是/home/目录下磁盘空间不够时，请尝试：

bash
$ export SINGULARITY_CACHEDIR=/path/to/build

$ singularity build --sandbox SAW_v7.1/ docker://stomics/saw:07.1.0

第二步：使用singularity运行镜像（3种方法）：

*注意！在运行singularity镜像时，所有涉及目录均需提前挂载。如：输入文件目录/path/to/data，参考基因组目录/path/to/genomeDir，输出结果目录/path/to/output。

bash
$ export SINGULARITY_BIND="/path/to/data,/path/to/genomeDir,/path/to/output"

方法一：启动容器并在容器中执行命令

bash
$ /path/to/SAW_v7.1.sif <application> ## option 1.1

$ singularity exec /path/to/SAW_v7.1.sif <application> ## option 1.2

方法二：启动容器并打开交互式终端，在容器中运行bash命令。需执行exit退出环境。

bash
$ /path/to/SAW_v7.1.sif /bin/bash ## option 2.1
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
$ singularity shell /path/to/SAW_v7.1.sif ## option 2.2
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$
$ singularity shell SAW_v7.1 ## option 2.3 for sandbox
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$

方法三：通过参数“-B 外部路径:容器内路径”挂载用户自定义目录至容器中，并在容器中执行命令。

bash
$ singularity shell -B /path/to/directory/on/the/host-machine:/path/to/directory/mounted/in/the/container /path/to/SAW_v7.1.sif
Singularity>
Singularity> <shell-command>
Singularity> exit
$

1.2 利用Docker安装SAW

第一步：使用docker拉取镜像：

bash
$ docker pull stomics/saw:07.1.0

第二步：交互式运行镜像：

bash
$ docker run -d -v /path/to/data:stomics/saw:07.1.0 /bin/sh -c "<shell-command>"

2. SAW GitHub

SAW GitHub：https://github.com/STOmics/SAW
用户可进入GitHub页面查看singularity的安装、参考基因组索引构建、获取Protein Panel、以及SAW shell脚本。

*注意！请在运行SAW分析前构建索引。

SAWxx

3. SAW测试数据

测试数据可从SAW GitHub页面获取。测试结果可参考第三章测试数据结果展示，测试使用参考基因组版本为:

genome-build: GRCm38.p6
genome-version: GRCm38
genome-date: 2012-01
genome-build-accession: NCBI:GCA_000001635.8

4. SAW结果文件格式

SAW结果文件格式介绍参见《Stereo-seq Analysis Workflow File Format_A4.2》。