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Nature Genetics | Stereo-seq助力构建小鼠肝脏稳态及再生模型的时空转录图谱

近日，杭州华大生命科学研究院联合吉林大学、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心、广州医科大学第五附属医院、山西医科大学等机构，利用华大自主研发的高分辨的时空组学技术Stereo-seq，以及高通量单细胞转录组测序技术DNBelab C4，绘制了小鼠肝脏稳态-2/3切除-再生模型的时空转录图谱。该研究在全肝叶尺度解析了稳态与再生状态下肝实质细胞和非实质细胞的分子梯度，精确定义了基因网络如何通过细胞间通信动态调控以促进再生。

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JGG｜华大生命科学研究院吴靓/金鑫团队开发空间结构域鉴定工具DAIS

2024年4月8日，Journal of Genetics and Genomics在线发表华大生命科学研究院精准健康研究所吴靓研究员和金鑫研究员团队题为“DAIS: a method for identifying spatial domains based on density clustering of spatial omics data”的研究论文。该研究开发了一个名为DAIS的新方法(https://github.com/ttrrtttrrt/DAIS)，能够通过对空间转录组数据进行密度聚类，根据基因特征(gene signature)或者注释信息等先验知识快速而准确地识别目标结构域，为空间结构的鉴定提供了新思路。

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Stereo-seq助力绘制全球首个海洋生物空间单细胞图谱

2024年3月29日，中国海洋大学联合青岛华大研究院，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合单细胞转录组测序，以柄海鞘（Styela clava）的内柱器官为研究对象，绘制了高质量的空间分辨率单细胞图谱，首次全面解析了海洋动物咽部器官的细胞类型和潜在功能特征，为揭示脊椎动物咽部器官的潜在演化起源提供了重要信息。相关研究成果在线发表于Science Advances。

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Science | Stereo-seq助力揭示小鼠海马脑区的空间投射规律

近日，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心与多家科研单位合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，绘制了小鼠海马（hippocampus，HIP）CA1区的空间转录组图谱，并解析了HIP神经元的空间联接规律。该研究重构了小鼠HIP的10,100个单神经元全脑投射轴突形态，并归纳总结出43种全脑投射细胞类型。研究团队将投射细胞类型与采用Stereo-seq获得的空间转录组数据进行联合分析，鉴定了与投射细胞类型空间相关的基因，为研究HIP神经元相关的功能和疾病提供了神经环路和分子基因的靶点。

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Cancers | Stereo-seq实现FFPE样本分析，助力绘制肿瘤空间多组学图谱

近日，德克萨斯大学安德森癌症中心（The University of Texas MD Anderson Cancer Center）研究团队通过整合华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq、空间质谱和免疫组化等检测方法，开发出了一种能够有机结合多种空间组学数据的分析流程。

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Plant Biotechnol J | Stereo-seq助力绘制长雄野生稻地下茎形成的时空转录组图谱

近日，云南大学胡凤益团队与华大生命科学研究院植物团队合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，构建了长雄野生稻（Oryza longistaminata）地下茎一次分支、二次分支以及分蘖的时空转录组图谱，共鉴定出17个细胞群。该图谱显示了不同细胞群之间明显的界限，与解剖学组织结构一致。同时，地下茎细胞群与分蘖细胞群聚合在一起，表明在组织结构上地下茎与分蘖细胞群存在一致性，进而推测出地下茎的形成是由基因的特异性表达引起的。结合长读长测序技术与MGI-Seq T7平台构建的HiC文库组装的长雄野生稻双单倍型基因组，该研究为长雄野生稻有利基因的发掘与利用提供了扎实的组学基础，并进一步揭示了长雄野生稻地下茎起始的时空转录组动态变化，为其生长发育的生物学机制解析提供了重要的理论支撑。

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Stereo-seq助力绘制首个灵长类代谢疾病下丘脑细胞图谱

复旦大学生命科学学院联合杭州华大生命科学研究院等机构，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，并结合DNBelab C系列单细胞核转录组技术，获取了食蟹猴下丘脑近50万个细胞的全转录组信息，绘制了全球首个灵长类糖尿病和肥胖的下丘脑细胞图谱，揭示了灵长类特异性细胞群和基因的分布，以及空间区域、细胞类型和基因特征的特异性变化。其中，采用Stereo-seq获得的空间转录组数据揭示了糖尿病中小胶质细胞从第三脑室向脑实质的空间迁移过程。总之，该研究结果提供了与肥胖和糖尿病相关的空间分子变化的全面视图，为针对糖尿病和肥胖的药物开发提供了潜在治疗靶点。

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Blood | 同卵双胞胎罕见病例分析：Stereo-seq助力揭示特发性多中心Castleman病的细胞和分子机制

近日，SingHealth杜克-新加坡国立大学学术医疗中心（Duke-NUS Medical School）联合新加坡国立癌症中心科研团队，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合scRNA-seq绘制了患有罕见特发性多中心Castleman病（Idiopathic Multicentric Castleman Disease，iMCD）的同卵双胞胎病例的淋巴结单细胞空间图谱，揭示了IL-6通路信号在淋巴结内皮细胞和成纤维细胞网状细胞中的主导地位，并描述了外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMC）亚群的异质性，揭示了单核细胞的宿主免疫应答表型，为未来的iMCD临床评估提供了基础。

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Nature Cancer | Stereo-seq助力展现肝细胞癌“癌-胚”细胞类群的空间共定位关系

近日，上海市免疫学研究所Florent Ginhoux研究团队、澳大利亚科廷大学Ankur Sharma团队及新加坡国家癌症中心Pierce Kah-Hoe Chow团队，使用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，并结合scRNA-seq和bulk RNA-seq，系统地描绘了肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）肿瘤相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAF）图谱及胎肝成纤维细胞图谱，首次鉴定出了一群参与HCC“癌-胚”重编程（onco-fetal reprogramming）过程的重要细胞类群POSTN+ CAF，并证明了POSTN+ CAF、FOLR2+ TAM和PLVAP+ EC这三群“癌-胚”细胞的空间共定位关系，揭示了“癌-胚”重编程过程对HCC患者术后复发及治疗耐药的影响，为HCC的分层诊疗及开发新的免疫治疗策略提供了重要的分子靶点。

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Stereo-seq助力绘制不同发育阶段小鼠心脏的单细胞时空图谱

英国牛津大学、西南医科大学、美国印第安纳大学医学院及华大生命科学研究院合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq结合scRNA-seq技术，绘制了不同发育阶段小鼠心脏的单细胞时空转录组图谱，提供了心脏传导系统的全景视野。

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