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Cell 50周年专刊 | 华大发表长篇综述：时空组学在生物学和医学的新机遇

为了庆祝创刊50周年，国际顶级学术期刊《细胞》（Cell）特邀华大生命科学研究院团队发表32页长篇综述，系统阐述了时空组学如何帮助理解我们的基因组、推动生物学认知和医学变革。

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Nat Plants | Stereo-seq助力构建玉米雌穗的空间转录组图谱

近日，华中农业大学联合深圳华大生命科学研究院等机构，基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq等，构建了首个玉米雌穗空间转录组图谱，最终共获得了12种细胞类型的转录组及其空间位置信息，鉴定并验证了4种全新的细胞类型。研究人员利用Stereo-seq技术，发现了两个关键的MADS-box基因，它们在小花分生组织顶端特异性表达并决定其分化。通过结合单细胞与空间转录组数据，本研究开辟了一种新的高通量基因发掘方法，这一方法通过建立细胞特异性的基因共表达网络，帮助研究人员鉴定了控制玉米雌穗建成的潜在新基因，为植物发育研究提供了新的视角。相关研究成果在Nature Plants上发表。

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Cancer Cell | Stereo-seq助力揭示三级淋巴结构在结直肠癌肝转移中的抗肿瘤机制

2024年8月12日，中山一院匡铭教授团队与精准医学研究院尹长军研究员合作在结直肠癌肝转移免疫微环境领域取得重要研究进展，并于国际权威肿瘤学期刊Cancer Cell上发表题为CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis的研究成果。该研究利用包括华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq在内的多种单细胞多组学测序技术、患者源性、与TLS相关的单克隆抗体以及人源化小鼠模型，深入探讨了三级淋巴结构（TLS）在结直肠癌肝转移（CRLM）中的分布特征及其临床意义，首次揭示了CCL19+成纤维细胞在TLS形成过程中的关键作用。更重要的是，研究证明了TLS能够在原位产生具有抗肿瘤功能的靶向肿瘤抗体，这一新机制为利用肿瘤内部TLS产生的抗体来增强抗肿瘤免疫开辟了新途径。这一发现不仅为深入理解CRLM的免疫学特性提供了宝贵见解，也为研发针对结直肠癌肝转移的诊断与治疗药物提供了创新

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Nat. Commun | Stereo-seq助力绘制日本百脉根结瘤器官发生的分子图谱

近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合华大生命科学研究院等机构，基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，研究了模型豆科植物日本百脉根（Lotus japonicus）的结节发育。该研究确定了结节内两个关键区域的发育轨迹，揭示了结瘤的潜在生物过程，并提供了实现共生和物质交换的基因集，提高了对结瘤器官发生的认识，并为开发共生固氮作物提供了有价值的数据。相关研究成果在Nature Communications上发表。

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Stereo-seq助力揭示孤独症相关基因在星形胶质细胞中的作用机制

近日，深圳湾实验室/北京大学深圳研究生院张勃课题组、华大生命科学研究院、斯坦福大学等机构的研究人员，利用基因编辑、时空组学等技术，明确了孤独症相关基因Nlgn3在大脑星形胶质细胞中的位置及影响小鼠社交行为的作用机制，推翻了过去认为其在星形胶质细胞中的表达会导致孤独症的说法，最新成果发表于Molecular Psychiatry上。

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Nat. Aging | Stereo-seq助力揭示：妈妈年纪越大，越可能阻止有缺陷的线粒体DNA遗传给孩子

近日，西湖大学蒋敏课题组在Nature Aging发表题为“Maternal age enhances purifying selection on pathogenic mutations in complex I genes of mammalian mtDNA”的研究论文，本文基于线粒体基因组编辑工具DdCBEs、时空组学技术Stereo-seq等，成功构建了两种与临床线粒体疾病病人致病位点同源的单点突变小鼠模型，均为呼吸链复合物I亚单位：m.2820 G>A（ND1）和m.12918 G>A（ND5）。通过对这两种小鼠模型的母源遗传模式的研究，发现了这两个突变位点在母系遗传过程中被强力纯化选择，即：高突变的妈妈能够生出远低于自身突变率的下一代。

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Sci China Life Sci | Stereo-seq助力揭示牙周炎的免疫异常机制

2023年12月，中山大学程斌院长研究团队联合首都医科大学王松灵院士研究团队等，在SCIENCE CHINA Life Sciences上发表了The spatial transcriptomic landscape of human gingiva in health and periodontitis一文，探索了牙周免疫异常的机制。

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Nature | 多尺度拓扑学在亚细胞空间转录组学中用于细胞分类

近日，牛津大学人类遗传学中心Katherine R. Bull及数学系Heather A. Harrington团队，联合华大生命科学研究院等科研机构，在Nature发表了题为“Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics”的研究。该研究通过多尺度拓扑分析技术，在亚细胞空间转录组学领域实现了细胞类型的精准分类，为细胞生物学和转录组学研究带来了革命性的进展。

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Nat Methods | 11种空间组学技术的系统性比较

2024年7月4日广州实验室田鲁亦团队和西湖大学刘晓东团队联合墨尔本大学、哈佛大学等研究团队在Nature Methods发表了一篇题为“Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods”的研究成果。

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Nature Methods | 时空组学助力解码空间多组学领域的突破——SpatialGlue

2024年6月21日，新加坡科学技术研究局（A*STAR）和杜克-新加坡国立大学医学院研究员陈金妙课题组在Nature Methods发表了一篇研究论文，题为“Deciphering spatial domains from spatial multi-omics with SpatialGlue”。该研究基于华大生命科学研究院研发的Stereo-CITE-seq技术，对空间多组学数据进行了深入分析。

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