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Nature Cell Biology | Stereo-seq助力数字3D重构CS7时期的原肠胚模型

近日，Stereo-seq再度助力研究人员在该领域取得重要进展。中国科学院动物研究所郭靖涛研究员、中国农业大学魏育蕾教授、北京理工大学肖振宇副教授及中国科学院动物研究所于乐谦研究员再次合作，于Nature Cell Biology上发表成果（DOI: 10.1038/s41556-024-01597-3），利用高分辨Stereo-seq的连续切片，结合深度学习算法进行三维对齐，生成了包含不同细胞类型和基因表达的三维空间分布点云图，从而数字3D重构了CS7时期的原肠胚模型。

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细胞及空间组学大综述，一文看懂25年发展历程

单细胞和空间组学技术的发展，让我们能够以前所未有的精度分析生物系统，绘制高精度的多组学的细胞图谱，并建立数字生命模型。近日，由华大生命科学研究院、浙江大学以及北京大学等单位的18位科研人员联合撰写的单细胞及空间组学前沿应用大综述发表于《中国科学：生命科学》（SCIENCE CHINA Life Sciences）。该综述以超长篇幅（近3万字，700多篇文献）系统性梳理了单细胞和空间组学领域的历史、进展、应用与展望。

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思路解析 | 细胞组学+时空组学助力肿瘤转移研究

癌症是全球人类面临的巨大医学难题，每年新增的癌症患者高达2千万。肿瘤转移是造成约90%癌症患者死亡的原因，这一比例在几十年来几乎没有变化。肿瘤转移是一个非常复杂的生物学过程，涉及一系列连续且相互关联的步骤，如脱离原发肿瘤、渗入循环和淋巴系统、逃避免疫攻击、渗出远端毛细血管、侵入远端器官并存活增殖等过程。在进行肿瘤转移相关研究时，为了探索转移过程中复杂的生物学过程，需要从单细胞、组织、患者等多角度对肿瘤转移进行理解。单细胞和时空组学技术的联合应用，能够获得高分辨率的海量数据，帮助研究者们捕捉癌症转移过程中细胞的动态变化。

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思路解析 | 细胞组学+时空组学助力解析植物共生固氮机制

尽管氮气约占大气组成成分的78%，但植物对氮的利用却十分有限，因此在农业生产中需要施用大量的氮肥以维持作物的正常生长。农业绿色革命以来，氮肥主要来自化学生产。仅2022年，中国的氮肥施用量就超过1,654万吨。大规模的化肥施用，不仅浪费资源、增加成本，也带来一系列环境问题。一些固氮微生物能够将空气中的氮气转化为氨，这一过程称之为生物固氮。研究植物共生固氮的分子机制，能够有效提高共生固氮效率，对实现减肥增效、发展绿色农业具有重要意义。

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思路解析 | 细胞组学+时空组学助力脑科学研究

大脑是人体最重要的器官，也被誉为宇宙最复杂的物体。人脑中上千亿个神经细胞形成了复杂的神经连接，在脑的结构、功能等方面给人们留下了许多谜团。脑疾病和脑创伤也是当今社会医疗和保障体系面临的最严重问题之一。据世界卫生组织统计，脑疾病带来的社会医疗护养负担是所有疾病类型中最高的，超过了心血管疾病和癌症。然而，所有重大脑疾病（如阿尔兹海默症、帕金森病、孤独症谱系障碍、脑卒中等）目前均缺乏有效的治疗药物，在脑疾病的发病机制和诊治领域，仍存在许多未知的谜团亟待研究人员进一步探索。

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思路解析 | 细胞组学+时空组学助力早期胚胎及器官发生研究

为了助力科研人员利用前沿技术进行科研探索，华大时空特推出“细胞组学及时空组学联合研究”系列推文，将从发育、脑科学、植物、疾病等4个专题出发，详细讲解细胞组学及时空组学在以上领域的研究思路及经典案例。本篇为发育专题，下期将推出脑科学专题，敬请期待。

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脑瘤难治？华大最新研究找到“联合靶向”精准治疗新策略

北京时间2024年11月23日，华大生命科学研究院与武汉大学合作在Science Advances上发表了一项重要研究成果，不仅揭示了胶质母细胞瘤细胞在不同脑区域的适应性变化，还为未来的胶质母细胞瘤治疗提供了新的方向。研究人员指出，联合靶向AP-1和BACH1两种转录因子，能够有效地对抗胶质母细胞瘤的异质性和浸润性，提供了一种可能的双靶点精准治疗策略。未来，这一策略有望为临床治疗提供新思路，特别是在应对胶质母细胞瘤及其他弥漫性肿瘤的治疗中。

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BJD | Stereo-seq助力首次发现基质细胞是银屑病血管生成的“元凶”之一

银屑病是一种慢性、复发性、炎症性皮肤病，影响全球2%～3%的人口，其典型临床表现为鳞屑性红斑或斑块，边界清晰，并伴有全身性表现，被世界卫生组织列为最严重的非传染性疾病。银屑病的慢性炎症过程常导致骨关节、心血管等损害以及代谢异常，严重影响患者的生活质量。

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PNAS | 全球首个基于Stereo-seq构建的类器官-时空联用技术，助力精准医疗和药物开发

“类器官”是一种类似于真实器官的组织结构，它是由人体细胞、成体干细胞或多能干细胞经过体外三维（3D）培养形成的组织类似物，能够模拟真实器官的部分或全部功能。在现代生物医学研究中，“类器官”正逐渐成为疾病研究、药物开发以及再生医学的关键工具。

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Cell重磅！华大等团队取得时空算法重大突破，将全面支撑发育、疾病等研究

11月12日，华大生命科学研究院联合斯坦福大学医学院、武汉大学电子信息学院等机构在国际顶级学术期刊《细胞》（Cell）发表时空算法工具包最新研究。该国际协作团队借鉴了物理学、地理学、经济学等多个跨学科领域的数学模型，开创性开发了三维时空建模工具包Spateo，使空间转录组学技术能够精细地重构器官三维结构、系统地量化时空动态过程。该工具包的发布标志着时空组学研究迎来革新性突破，可全面支撑胚胎发育、脑科学、疾病等领域研究，为实现高精度时空生命全景观研究迈出了极为关键的一步。

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