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收藏 | 2024年时空组学技术Stereo-seq发文大盘点

2024年，时空组学技术Stereo-seq已助力研究人员在多个权威期刊上发表了近40篇高质量的文章，包括Nature（IF:50.5）、Cancer Cell（IF:48.5）、Cell（IF:45.5）、Science（IF:44.7）等顶尖期刊，以及Nature Methods（IF:36.1）和Nature Genetics（IF:31.7）等科研方法学与遗传学重要阵地。

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Science重磅 | Stereo-seq助力绘制首个跨物种小脑空间转录组图谱

9月27日，华大生命科学研究院联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）等单位在全球顶级学术期刊《科学》（Science）上发表成果，通过华大时空组学技术Stereo-seq，单细胞组学技术DNBeLab C4，构建了猕猴、狨猴和小鼠的小脑空间转录组图谱，这是首个跨物种小脑时空组学研究。

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应用领域篇 | 文章大爆发！Stereo-seq助力80余篇高水平科研成果发表

华大时空组学技术Stereo-seq已成功应用于器官发生、胚胎发育、生命演化、脑科学、肿瘤学、植物科学等多个领域，证明了其普适性。未来，时空组学技术有望应用于生命科学与临床研究的各个领域。截至2024年8月，Stereo-seq已助力科研人员在包括Cell、Nature、Science等在内的国际知名学术期刊上发表80余篇科研成果。

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Adv Sci | Stereo-seq助力阐明胎盘滋养层细胞侵入的调控机制

2024年9月5日，来自华南农业大学动物科学学院吴珍芳教授团队在Advanced Science上发表了题为“Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Trophoblast Cells”的科研文章。文章主要研究了胎盘发育过程中滋养层细胞侵入的调控机制，并通过研究大鼠、小鼠和猪作为生物医学模型，利用scRNA-seq单细胞测序技术阐明了胎盘滋养层细胞侵入的调控机制，并结合人类子痫前期（PE）疾病模型使用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq进行了验证。

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Cell 50周年专刊 | 华大发表长篇综述：时空组学在生物学和医学的新机遇

为了庆祝创刊50周年，国际顶级学术期刊《细胞》（Cell）特邀华大生命科学研究院团队发表32页长篇综述，系统阐述了时空组学如何帮助理解我们的基因组、推动生物学认知和医学变革。

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Nat Plants | Stereo-seq助力构建玉米雌穗的空间转录组图谱

近日，华中农业大学联合深圳华大生命科学研究院等机构，基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq等，构建了首个玉米雌穗空间转录组图谱，最终共获得了12种细胞类型的转录组及其空间位置信息，鉴定并验证了4种全新的细胞类型。研究人员利用Stereo-seq技术，发现了两个关键的MADS-box基因，它们在小花分生组织顶端特异性表达并决定其分化。通过结合单细胞与空间转录组数据，本研究开辟了一种新的高通量基因发掘方法，这一方法通过建立细胞特异性的基因共表达网络，帮助研究人员鉴定了控制玉米雌穗建成的潜在新基因，为植物发育研究提供了新的视角。相关研究成果在Nature Plants上发表。

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Cancer Cell | Stereo-seq助力揭示三级淋巴结构在结直肠癌肝转移中的抗肿瘤机制

2024年8月12日，中山一院匡铭教授团队与精准医学研究院尹长军研究员合作在结直肠癌肝转移免疫微环境领域取得重要研究进展，并于国际权威肿瘤学期刊Cancer Cell上发表题为CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis的研究成果。该研究利用包括华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq在内的多种单细胞多组学测序技术、患者源性、与TLS相关的单克隆抗体以及人源化小鼠模型，深入探讨了三级淋巴结构（TLS）在结直肠癌肝转移（CRLM）中的分布特征及其临床意义，首次揭示了CCL19+成纤维细胞在TLS形成过程中的关键作用。更重要的是，研究证明了TLS能够在原位产生具有抗肿瘤功能的靶向肿瘤抗体，这一新机制为利用肿瘤内部TLS产生的抗体来增强抗肿瘤免疫开辟了新途径。这一发现不仅为深入理解CRLM的免疫学特性提供了宝贵见解，也为研发针对结直肠癌肝转移的诊断与治疗药物提供了创新

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Nat. Commun | Stereo-seq助力绘制日本百脉根结瘤器官发生的分子图谱

近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合华大生命科学研究院等机构，基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，研究了模型豆科植物日本百脉根（Lotus japonicus）的结节发育。该研究确定了结节内两个关键区域的发育轨迹，揭示了结瘤的潜在生物过程，并提供了实现共生和物质交换的基因集，提高了对结瘤器官发生的认识，并为开发共生固氮作物提供了有价值的数据。相关研究成果在Nature Communications上发表。

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Stereo-seq助力揭示孤独症相关基因在星形胶质细胞中的作用机制

近日，深圳湾实验室/北京大学深圳研究生院张勃课题组、华大生命科学研究院、斯坦福大学等机构的研究人员，利用基因编辑、时空组学等技术，明确了孤独症相关基因Nlgn3在大脑星形胶质细胞中的位置及影响小鼠社交行为的作用机制，推翻了过去认为其在星形胶质细胞中的表达会导致孤独症的说法，最新成果发表于Molecular Psychiatry上。

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Nat. Aging | Stereo-seq助力揭示：妈妈年纪越大，越可能阻止有缺陷的线粒体DNA遗传给孩子

近日，西湖大学蒋敏课题组在Nature Aging发表题为“Maternal age enhances purifying selection on pathogenic mutations in complex I genes of mammalian mtDNA”的研究论文，本文基于线粒体基因组编辑工具DdCBEs、时空组学技术Stereo-seq等，成功构建了两种与临床线粒体疾病病人致病位点同源的单点突变小鼠模型，均为呼吸链复合物I亚单位：m.2820 G>A（ND1）和m.12918 G>A（ND5）。通过对这两种小鼠模型的母源遗传模式的研究，发现了这两个突变位点在母系遗传过程中被强力纯化选择，即：高突变的妈妈能够生出远低于自身突变率的下一代。

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