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PNAS | Stereo-seq揭示番茄愈伤组织的芽再生空间转录组图谱

近日，北京大学现代农业研究院的李博生研究员团队、邓兴旺院士团队及华大生命科学研究院夏科科研究员团队使用Stereo-seq生成的精细空间单细胞数据（通过单细胞分割共获得28,036个单细胞，覆盖19,821个基因）首次探索了番茄愈伤组织在芽再生培养过程后期样本的空间转录组，发现愈伤组织内存在高度异质性的细胞群体，包括表皮、维管组织、芽原基、成熟芽和内部愈伤组织，提升了对番茄愈伤组织中芽再生时期的细胞和分子方面的理解，揭示了绿色组织（chlorenchyma）细胞在芽原基细胞位置决定和分化发育中的重要作用，并展示了空间转录组在植物生物学研究中的巨大潜力。

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TPJ前沿综述 | 空间转录组学推进植物研究进入新时代

近日，华大生命科学研究院徐讯研究员团队受邀在国际期刊The Plant Journal上发表了一篇综述文章《Spatial transcriptomics leading the new era in plant research》，从技术发展、技术优势和应用的角度详细介绍了空间转录组学（Spatial Transcriptomics，ST）在植物研究中的最新进展和挑战，以及未来的应用展望。

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SCLS | Stereo-seq助力山大生殖团队揭示肥胖引起的卵巢微环境变化的全面动态空间图谱

近日，山东大学生殖医学研究中心陈子江/赵涵/赵世刚等团队利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq进行了卵巢单细胞纳米级空间RNA测序，以研究卵巢微环境（ovarian microenvironment，OME）在不同类型的肥胖下的变化。该研究提供了单细胞分辨率下卵巢细胞的全面动态空间图谱，揭示了OME中先前未知的空间复杂性及其在肥胖过程中的特定表达状态，为理解肥胖在OME中的生物学重要性提供了有价值的见解。

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Cell重磅 | Stereo-seq助力杜鹏课题组解析妊娠早期子宫微环境的建立和稳态维持

2023年9月11日，北京大学生命科学学院和北京大学-清华大学生命科学联合中心研究员杜鹏课题组在Cell Press细胞出版社旗下期刊Cell上在线发表了题为“Spatiotemporal insight into early pregnancy governed by immune-featured stromal cells”的研究论文。

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Current Medicine | 空间转录组学在生物医学及临床研究中的应用

近日，华大生命科学研究院团队在《Current Medicine》在线发表了题为“Spatial transcriptomics in human biomedical research and clinical application”的综述文章。该文章针对生命科学领域当前最热门的技术——空间转录组学（ST）展开论述，探讨了其如何以时空方式跟踪疾病发生发展的机制，探寻疾病特异性生物标记物，以及对该技术未来的发展前景，为研究者在疾病研究领域更好地利用该技术提供了参考。

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Cell | 成年猕猴全脑皮层单细胞分辨率空间图谱揭示细胞组织模式

中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）与华大生命科学研究院、临港实验室、上海脑科学与类脑研究中心、腾讯AI Lab、瑞典皇家理工学院、卡罗林斯卡医学院等单位联合，通过对成年雄性猕猴的大脑左半球进行冠状切片，结合华大自主研发的高分辨率时空组学Stereo-seq和snRNA-seq，绘制了全球首个非人灵长类全脑皮层空间单细胞图谱。

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Cell Res | Stereo-seq揭示人类肝癌浸润区促进肝细胞-肿瘤细胞串扰、局部免疫抑制和肿瘤进展

6月19日，Cell Research发表了上海复旦大学附属中山医院与华大集团共建的“中•华精准医学中心”、华大生命科学研究院和复旦大学附属中山医院等单位合作的研究成果。该研究基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq和单细胞建库平台DNBelab C4，系统研究肿瘤组织（tumor tissues，T）、肿瘤边缘区域（tumor margin areas，M）、肿瘤旁组织（paratumor tissues，P），以及正常或转移性淋巴结（lymph nodes，LN）的细胞组成和转录特征，全面描述了肝癌中500 µm浸润区独特的局部生态系统，并确定肿瘤细胞、免疫细胞和肝细胞之间存在活跃的串扰，这可能有助于开发肝癌和其他实体瘤的新治疗策略。以下是文章的详细解读。

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空间转录组学在癌症研究中的应用和机遇

深圳华大生命科学研究院团队在The Innovation Life发表了评论文章《Spatial transcriptomics in cancer research: Opportunities and challenges》。该文章针对当前生命科学的新晋顶流技术——空间转录组学，论述了其应用于癌症研究时，在技术、实验设计及数据处理等层面可能遇到的挑战和机遇，为研究者更好地应用该技术提供参考。

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Nat Plants | 单细胞核与空间转录组学联合揭示大豆根瘤成熟过程中的动态特征

南方科技大学翟继先课题组与中国农业科学院作物科学研究所大豆优异基因资源发掘与创新利用创新团队阎哲研究员合作，应用snRNA-seq，以及包括华大自主研发的Stereo-seq在内的空间转录组学技术，构建了大豆根瘤和根的空间分辨单细胞核转录组图谱，揭示了大豆根瘤成熟过程中基因表达的动态变化，并在未成熟的根瘤侵染细胞中鉴定出一组参与根瘤成熟和根瘤固氮的过渡性细胞亚型，这为理解根瘤菌-豆科植物共生提供了新视角。该文章在2023年4月13日发表于Nature Plants，以下是文章的详细解读。

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一作详解 | Stereo-seq和scRNA-seq联合分析揭示微生物群塑造小鼠脾脏解剖结构和免疫功能

华大生命科学研究院方晓东研究团队、中山大学魏泓研究团队等合作利用无菌（germ-free，GF）小鼠和无特定病原体（specific pathogen-free，SPF）小鼠模型，结合华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq和DNBelab C4平台，揭示了微生物群能塑造小鼠脾脏的解剖结构和免疫功能，缺乏微生物群会导致小鼠脾脏分层结构紊乱，这对于理解微生物群在调节脾脏免疫功能中的关键作用具有重要意义，并为免疫相关疾病的潜在新治疗策略提供了见解。

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