可视化指南

可视化入口

从 StereoMap 启动页的 Visual Explore 进入可视化。

导入数据

打开 StereMap 软件的 Visual Explore 模块，选择 .stereo 文件。 (可以参考可视化输入文件获取更多信息).

可视化界面

如下图所示，展示了可视化模块的界面布局。

画布

如下画布展示了空间表达矩阵的数据按照点的形式叠加在 ssDNA 图像的组织切片上，其它工具悬浮在画布上。

Binsize 选择

点击 Binsize 的下拉列表为空间表达矩阵的热图选择合适的分辨率进行展示。

显示设置

这三个按钮主要调整画布的操作信息及组件的显示/隐藏，从左到右的依次说明如下：

设置：包含以下组件的开关及调整：比例尺、信息悬浮窗、图例、统计、聚类、缩略图和画布旋转。
撤回：返回上一步操作，最多可返回 10 步。
重置：清除当前所有操作，返回至文件打开时的初始状态。

操作工具

从左到右依次为：

游标：点击图标可退出手动操作的模式。
套索：使用套索工具手动绘制感兴趣的 ROI 区域。按住 Ctrl + 鼠标左键并移动鼠标开始圈选，点击 Enter 即可结束一次圈套。如果需要绘制多个区域，请松开鼠标左键，然后每次绘制时再次按住 Ctrl + 鼠标左键并移动鼠标开始圈选。套索功能可与新建 Group 组（参考 Group 菜单获取更多信息）结合使用。可参考标注区域并生成新的热图或基于 H&E 图像的区域标注获取更多信息。
配准模板：单击配准模板按钮展示矩阵的 track 线模板，可用于辅助观察图像图层是否和表达矩阵配准。可以参考检查图像的配准获取更多信息。
测量：主要是测量两点之间的距离，单位为 PX (像素)。

导入及导出

导入及导出的选项如下：

导入：单击导入按钮，可以加载 lasso 或者差异分析的文件。
.png>)
- 选择 Load a Lasso Record 加载 .lasso.geojson 文件，可以继续进行套索区域的修改。
- 选择 Load CSV File 加载差异分析的结果文件，将打开一个新的窗口展示 CVS 文件的内容。

导出：单击导出按钮，可以将当前画布上展示的图像保存至本地。

输入自定义图像的文件名称。
选择导出的图像类型：
- Screenshot Image ：当前画布的图像，截图的清晰度取决于当前使用电脑的分辨率。
- HD Image：当前屏幕图像的高清图。若开启了图例，则图例会单独作为一张图片保存下来。
如果选择了 Export 您的资源管理器将会打开，需要您选择对应图像的路径。

缩放条

点击缩放条可以放大或者缩小画布的大小。

Feature 菜单

Feature 菜单显示了当前主分析图层基因/蛋白汇总的特征结果，点击菜单栏可以展开/折叠面板。

如果您选择的是 bin5 、bin20 之类的 square bin：面板中会展示特征（基因/蛋白）名称、MID 总数和 E10 三列信息。面板默认按照 MID 计数降序排列，但您可以点击每个表头右侧的小箭头，按所选列升序或者降序排列。E10 为该特征（基因/蛋白）的空间富集程度打分，高E10表示虽然特征可能在整个组织区域都有表达，但表达显著的部分比较聚集，有特别的表达模式。

而如果您选择的是 cell bin，面板中会展示特征（基因/蛋白）名称、该基因分布的细胞个数和 MID 总数三列信息。

您可以选择感兴趣的特征名称（基因/蛋白）来探索其表达情况。

搜索：您可以在搜索栏中输入基因/蛋白的名称，对基因/蛋白进行搜索（不区分大小写，支持模糊或者多名称搜索，多名称搜索需要使用英文逗号隔开）。

选择单基因/蛋白：点击某个基因/蛋白，该基因/蛋白对应的热图将会展示在画布中。
选择多基因/蛋白：勾选基因/蛋白名称前面的复选框，可以查看多个蛋白/基因的热图，当然您也可以通过不同的颜色特征探索它们之间的共表达（可参阅基因共表达分析获取更多详情）。

图层菜单及 Binsize 选择

图层菜单主要是控制数据在画布中的展示方式。

图层分为图像图层和主分析图层，binsize 选择提供当前数据的不同分辨率的展示。

图像图层展示的是跟表达矩阵配准后的影像图和分割后的 Mask（包括组织 Mask 和细胞 Mask ）。图层参数的调节会依据图像类型的不同存在差异，一般包括透明度、归一化、亮度、对比度和颜色等。归一化调整图像的最大和最小值，有助于可视化展示 track 线。计算公式如下：

$norm=\frac{X_i-min(x)}{max(x)-min(x)}$
主分析图层包括表达矩阵的热图、聚类图或者 UMAP 图。聚类图和 UMAP 图只适用于有限的 binsize 图层，如想获取更多信息，请参考主分析图层展示选项。用户单击图层名称前面的图标可以打开一个新的链接子窗口，窗口间主要通过坐标联动，如想获取更多信息，可参阅微生物宿主分析获取更多详情。多窗口联动也可以基于Stereo-CITE数据中预定义的蛋白或者基因分析，可参阅蛋白与其对应标记基因的空间分布获取更多详情。
当前数据的分辨率包括 bin1、bin5、bin10、bin20、bin50、bin100、bin150、bin200 以及cellbin（若该芯片有 cellbin 数据则包含，否则不包含）。Bin1 是每个 bin 中含有 1 个 DNB，cellbin 是基于细胞的维度对 DNB 进行分组，而 Bin5 则表示 5X5 个 DNB 作为一个分组的单元。自动-binsize 开关，如果您开启后，系统会根据画布放大系数自动切换 binsize。

主分析图层展示选项

主分析图层可调整的选项会依据不同的数据或者 bin 类型而不同。

热图图层可调整的选项包括：

热图选项	说明	Cell Bin
颜色	选择热图的配色方案
散点大小	调整热图的散点大小。	NA
透明度	调整热图的透明度以便更好的可视化展示。
MID 过滤	基于 MID 的计数过滤 spot点，有关更多信息请参考 MID过滤。仅在勾选某个特征（基因/蛋白）后显示此选项。	NA
色阶尺	默认情况下，色阶尺的范围为 0~MID 的最大值，用户可以自定义色阶范围，以便更好的可视化。
边界	可以选择显示或者隐藏由表达矩阵生成的组织边界，边界分为：轮廓、填充和两者兼顾，其中填充的透明度是可以调整的。	NA
展示形式	仅在勾选某个特征（基因/蛋白）后显示此选项，即以热图和伪彩图形式展示。有关更多信息请参阅基因共表达分析。	NA

聚类图层可以调整的选项包括：

聚类&UMAP	说明	BinN	Cell Bin
透明度	调整聚类图层的透明度以便更好的可视化展示
细胞展示形式和轮廓颜色	细胞的展示形式可以设置为：填充、轮廓或两者兼顾。细胞轮廓颜设置为聚类的颜色、白色、黑色和绿色。	NA