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Plant Biotechnol J | Stereo-seq助力绘制长雄野生稻地下茎形成的时空转录组图谱

近日，云南大学胡凤益团队与华大生命科学研究院植物团队合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，构建了长雄野生稻（Oryza longistaminata）地下茎一次分支、二次分支以及分蘖的时空转录组图谱，共鉴定出17个细胞群。该图谱显示了不同细胞群之间明显的界限，与解剖学组织结构一致。同时，地下茎细胞群与分蘖细胞群聚合在一起，表明在组织结构上地下茎与分蘖细胞群存在一致性，进而推测出地下茎的形成是由基因的特异性表达引起的。结合长读长测序技术与MGI-Seq T7平台构建的HiC文库组装的长雄野生稻双单倍型基因组，该研究为长雄野生稻有利基因的发掘与利用提供了扎实的组学基础，并进一步揭示了长雄野生稻地下茎起始的时空转录组动态变化，为其生长发育的生物学机制解析提供了重要的理论支撑。

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Stereo-seq助力绘制首个灵长类代谢疾病下丘脑细胞图谱

复旦大学生命科学学院联合杭州华大生命科学研究院等机构，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，并结合DNBelab C系列单细胞核转录组技术，获取了食蟹猴下丘脑近50万个细胞的全转录组信息，绘制了全球首个灵长类糖尿病和肥胖的下丘脑细胞图谱，揭示了灵长类特异性细胞群和基因的分布，以及空间区域、细胞类型和基因特征的特异性变化。其中，采用Stereo-seq获得的空间转录组数据揭示了糖尿病中小胶质细胞从第三脑室向脑实质的空间迁移过程。总之，该研究结果提供了与肥胖和糖尿病相关的空间分子变化的全面视图，为针对糖尿病和肥胖的药物开发提供了潜在治疗靶点。

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Blood | 同卵双胞胎罕见病例分析：Stereo-seq助力揭示特发性多中心Castleman病的细胞和分子机制

近日，SingHealth杜克-新加坡国立大学学术医疗中心（Duke-NUS Medical School）联合新加坡国立癌症中心科研团队，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合scRNA-seq绘制了患有罕见特发性多中心Castleman病（Idiopathic Multicentric Castleman Disease，iMCD）的同卵双胞胎病例的淋巴结单细胞空间图谱，揭示了IL-6通路信号在淋巴结内皮细胞和成纤维细胞网状细胞中的主导地位，并描述了外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMC）亚群的异质性，揭示了单核细胞的宿主免疫应答表型，为未来的iMCD临床评估提供了基础。

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Nature Cancer | Stereo-seq助力展现肝细胞癌“癌-胚”细胞类群的空间共定位关系

近日，上海市免疫学研究所Florent Ginhoux研究团队、澳大利亚科廷大学Ankur Sharma团队及新加坡国家癌症中心Pierce Kah-Hoe Chow团队，使用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，并结合scRNA-seq和bulk RNA-seq，系统地描绘了肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）肿瘤相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAF）图谱及胎肝成纤维细胞图谱，首次鉴定出了一群参与HCC“癌-胚”重编程（onco-fetal reprogramming）过程的重要细胞类群POSTN+ CAF，并证明了POSTN+ CAF、FOLR2+ TAM和PLVAP+ EC这三群“癌-胚”细胞的空间共定位关系，揭示了“癌-胚”重编程过程对HCC患者术后复发及治疗耐药的影响，为HCC的分层诊疗及开发新的免疫治疗策略提供了重要的分子靶点。

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Stereo-seq助力绘制不同发育阶段小鼠心脏的单细胞时空图谱

英国牛津大学、西南医科大学、美国印第安纳大学医学院及华大生命科学研究院合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq结合scRNA-seq技术，绘制了不同发育阶段小鼠心脏的单细胞时空转录组图谱，提供了心脏传导系统的全景视野。

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Plant Biotechnol. J. | Stereo-seq助力首次构建非模式植物花生的空间转录组图谱

该研究利用Stereo-seq并结合自主开发的适用于植物样本的空间转录组样本制备技术，首次构建了花生的高分辨率空间转录组图谱，系统的表征了花生特有器官果针与根、茎以及下胚轴的空间分布及基因表达异质性。通过比较果针的尖端和基底部分的表皮和外皮的差异，揭示了花生同一类型的细胞具有基因表达的高度差异，并进一步表征了花生茎形成层细胞具有向导管和筛管双向分化的能力。该研究为植物发育的分子机理和功能基因组学的深入研究奠定了基础。

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Sci. Adv. | Stereo-seq揭示肾上腺髓质素在胎盘发育和早发型子痫前期发病机制中的作用

近日，香港大学深圳医院赵志昂（Philip C.N.Chiu）团队和华大生命科学研究院高雅团队合作，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq探索了肾上腺髓质素（adrenomedullin，ADM）作为早发型子痫前期（early-onset preeclampsia，EOPE）预测标记的潜在用途，并验证了一种基于胎盘特异性的新型纳米颗粒靶向给药方法，该方法可以降低小鼠模型中的EOPE样表型。该研究提供了单细胞分辨率下胎盘绒毛细胞的空间图谱，揭示了ADM作为一种功能丰富的胎盘肽，在胎盘发育和EOPE发病机制中发挥着至关重要的作用，为EOPE的潜在机制提供了宝贵的见解，并为这种严重妊娠并发症的早期预测和治疗提供了潜在的策略。

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Fundamental Research | Stereo-seq揭示错配修复系统完善型结直肠腺癌的空间免疫异质性

华大生命科学研究院联合中山大学肿瘤防治中心、华南恶性肿瘤防治全国重点实验室等多家科研单位，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq和单细胞转录组测序技术DNBelab C4绘制了错配修复系统完善型（proficient-mismatch repair，pMMR）结直肠腺癌的空间转录组图谱，揭示了恶性粘膜中的不连续炎症模式，表征了免疫“热”区的分子特征，为后续改善pMMR肿瘤在免疫检查点阻断治疗中的不敏感性提供了理论基础。

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Nature Genetics | Stereo-seq助力首次绘制洋葱鳞茎组织不同发育阶段时空图谱

西北工业大学研究团队联合华大生命科学研究院，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq首次绘制了洋葱鳞茎组织不同发育阶段的时空图谱，揭示了葱属植物重要性状形成和演化的分子机制。该研究为进一步了解葱属植物提供了重要资源，并提供了对这些重要农作物的生物学和育种的新见解。该研究在2023年11月06日发表于Nature Genetics，以下是该文章的详细解读。

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直肠癌研究新突破！中山六院联合华大为直肠癌治疗提供重要线索

10月18日，华大生命科学研究院联合中山大学第六附属医院，在Cell Press出版社旗下的医学子刊 Cell Reports Medicine 上发表直肠癌最新研究成果。研究团队基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq及单细胞建库平台DNBelab C4，揭示了直肠癌在新辅助化疗下，肿瘤微环境的动态变化图谱和耐药性影响。

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