显微镜图像

类型和格式

SAW 支持三种组合的显微镜图像输入:

• 核染色图像
• 核染色 + 免疫荧光图像
• H&E染色图像

核染色图像

核染色在组织切片中不存在组织分离偏倚，对于确定组织区域和细胞位置具有较高的价值。Stereo-seq 实验和生信分析工具同时兼容了 ssDNA 和 DAPI 两种核染色试剂。

STOmics 的研发团队测试并对比了多种商业化的染色试剂，发现 ssDNA 染色对下游 mRNA 捕获率的影响最小，DAPI 对染色细胞核具有高度特异性，可以与其它荧光试剂一起使用，是一种常用的染料。这两种染色方法都可以看到轨迹线。

核染色 + 免疫荧光图像

免疫荧光（immunofluorescence, IF）是一种广泛使用的基于图像的技术，用于可视化展示细胞中蛋白质的亚细胞分布，例如，细胞核可以用 DAPI 染色，而 T 细胞可以通过 CD3 识别。多重免疫荧光（multiplex IF, mIF）可以标记在组织切片上通过荧光显微镜同时扫描，Stereo-seq 生化流程和生信分析工具兼容 DAPI 和最多 6 个用户定义的 IF，从而实现对组织样本更多的空间研究。

H&E图像

苏木精-伊红（Hematoxylin and eosin，H&E）染色是一种常用的组织染色，可为医学诊断提供组织学信息，被认为是金标准。苏木精主要将细胞核染成蓝紫色，而伊红主要将细胞质和细胞外基质染成不同深浅的粉红色，通过 Stereo-seq 生成的空间表达矩阵与 H&E 染色图像相结合，可以将细胞的形态与空间局部特征表达关联起来，挖掘组织切片中更多的信息。

图像类型和格式

如下为 StereoMap 和 SAW 支持的数据格式说明：

轨迹线

Stereo-seq 芯片表面具有周期性的轨迹线（水平和垂直轨迹线），在空间表达的热图上会显示为狭窄的线条，因轨迹线区域是没有捕获探针的，可以辅助矩阵跟图像的对齐。为最大程度地减小其对下游 mRNA 捕获率的影响并提高显微镜图像中轨迹线的可见性，设计了 Stereo-seq 技术的组织染色和成像标准操作规程（SOP）。因在基因热图和显微镜图像上同时可以看到这些轨迹线，因此这些线条可以用作图像对齐的位置标记。

以下是图像和热图上的轨迹线示例。

SAW 软件嵌入了自动化图像处理算法，用于识别组织和细胞的边界，并在Stereo-seq 芯片上检测轨迹线，以便将图像与特征表达矩阵对齐。如果无法检测到轨迹线或组织/细胞边界不清晰，可能需要手动处理协助。