版本说明

SAW发版记录

8.1.3（3月, 2025）

问题修复：

• 修复 SAW reanalyze cluster 中参数 --bin-size 和 --resolution 对于蛋白组学数据未生效的问题
• 修复 SAW convert overlay 在处理大芯片数据时的保存错误
• 修复 SAW count 和 realign 中，由于依赖包安装问题导致GPU无法使用
• 修复 SAW count --image 文件路径包含"czi"字段时，程序异常退出的问题
• 修复 SAW count 和 realign 中图像 ROI 小于 (2000,2000) 时的报错问题
• 修复大芯片 HTML 报告无法打开的问题，对 bin20 聚类图和 UMAP 图进行了降采样处理；修复饱和度图的展示问题；修复蛋白相关性热图描述问题
• 修复 SAW 8.1.2 count 中使用QC失败图像时，删除了输入图像 TAR.GZ 的问题。另外，可从visualization.tar.gz 中找到输入的图像 TAR.GZ。

升级：

• Stereo-seq N FFPE V1.0 试剂盒 --sequencing-type 支持 PE75_25+59 和 PE75_25+62（新增）
• SAW count 兼容 .gff3 后缀的注释文件
• SAW count 兼容 Bowtie2 的 .bt2l 后缀的大索引文件
• 升级了新鲜冷冻样本 H&E 图像细胞分割功能

8.1.2（11月, 2024）

问题修复：

• 当 --adt-fastqs <FASTQ> 文件损坏时提示异常。

升级：

• SAW count 和 realign 输出 HTML 报告为 <SN>.report.html，可直接点击打开。所有交互图可下载。
• 减少 SAW count Annotation 中的内存使用。
• 升级 totalVI 模型。蛋白组和转录组联合分析，此模块将不会在 SAW count 和 realign 中执行。您可以在 SAW reanalyze multiomics 使用此分析。
• 改善基于图像的组织分割效果。
• 接受文件名为 *_R1.fq.gz 和 *_R2.fq.gz 的 FASTQ 文件。
• 支持转录组参考索引目录前缀为 STAR，与之前 SAW 6.1~7.1 构建的 STAR_SJ100 兼容。
• 改进输入验证。检查路径有效性:--ref-libraries <CSV> 中的文件或目录, 图像 TIFF 或 TAR.GZ 文件路径; 检查蛋白列表的格式。
• SAW convert 和 reanalyze 输出的 Cell bin GEF 可在 StereoMap 中直接显示。
• bin GEF 属性 /wholeExp/maxMID 更改为 100% 最大 MID 数，而不是 99.9%。SAW reanalyze lasso 降低输出 bin GEF 的文件大小。

8.1.1（10月, 2024）

问题修复：

• SAW realign
  • 修复 QC-failed 图像经手动处理后无法正常运行的问题。
  • 修复 HTML 报告中内置质控信息调用异常问题。
  • 手动图像处理后，同步处理微生物矩阵，并输出至 visualization.tar.gz 中。
  • 修复微生物 micro 模块访问 SAW count 路径文件无权限的问题。
• SAW reanalyze
  • 修复 cluster cellbin模式--Leiden-resolution参数未生效的问题。
• 解决用户本地 python 环境与 SAW 内置 python 环境冲突，导致 numpy 库查询错误的异常。

升级：

• 流程支持 --image TIFF 图像为正确命名的软链接。

8.1.0（9月, 2024）

新功能：

• 支持蛋白组转录组 Stereo-CITE FF 样本分析，在运行 SAW count 时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-CITE T FF V1.x” 。在以单体可执行程序.tar.gz 发布的SAW中，需要 v8.1.0 或更高版本支持运行Stereo-CITE FF 分析。
• 支持转录组 Stereo-seq FF kit=V1.3，在运行 SAW count 时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-seq T FF V1.3”。
• SAW reanalyze 由子模块调用，您可以使用以下方式调用：SAW reanalyze lasso
  • 新增：
    • SAW reanalyze midFilter 执行按 MID 范围手动过滤空间表达矩阵。
    • SAW reanalyze multiomics 多组学蛋白质组和转录组联合分析。
    • SAW reanalyze removeBackground 自动去除蛋白背景信号。
  • 接受在 StereoMap 打点配准后输出的图像 .tar.gz ，可以通过 --image-tar 输入SAW。需要 SAW v8.1.0 或更高版本支持图像分析。

升级：

• 生信流程
  • 默认在 SAW count 比对中去除adapter，而不是直接丢弃带有adapter的序列。
  • bin GEF 模式下的聚类省略了零中心变量以处理稀疏输入。
  • 调整了蛋白组和转录组联合分析中的标记基因和标记蛋白的选择阈值。
• SAW count 和 SAW realign 升级 HTML 报告。 页面 Square Bin 可以显示 bin20 和 bin50 聚类和 UMAP。
• 改善了细胞分割后出现单个面积较大的细胞的现象。

问题修复：

• 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.2（7月, 2024）

问题修复：

• 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.1 （7月, 2024）

问题修复：

• 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.0 （6月, 2024）

新形态：

SAW本次更新以单体可执行程序.tar.gz 文件的形式发布，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

新功能：

• 整合并简化流程使命令编写和完成分析变得更加便捷。这些流程模块包括：
  • SAW count：核心流程模块，用于根据计算基因表达读数和 Stereo-seq 芯片生成表达矩阵。
  • SAW makeRef：根据参考基因组数据构建索引文件。
  • SAW checkGTF：检查注释文件的格式。
  • SAW realign：使用手动处理的文件重新启动分析。
  • SAW reanalyze：重新执行下游分析。
  • SAW convert：支持文件格式转换。
• SAW 支持从 FFPE（formalin-fixed paraffin-embedded）样本中获取基因表达信息。在运行 SAW count 时，通过将 --kit-version 设置为 "Stereo-seq N FFPE V1.0" 来实现。对于 FFPE 分析，需要使用 SAW v8.0.0 或更高版本。
• 基于 FFPE 组织样本，可以在运行 SAW count 时通过使用 --microorganism-detect 参数来开启微生物分析，需要准备必要的参考数据集。更多信息请参阅参考基因组准备。
• SAW 还升级了读取比对和注释的生物信息学工作流程，以适应 FFPE 数据集。
  • 在注释过程中，默认情况下会同时使用唯一比对 reads 和 多比对 reads 中的最优比对进行基因定量分析。如果分析人员只关注唯一比对 reads，可以使用 --uniquely-mapped-only 参数。
  • 新的空间基因表达矩阵通过唯一基因ID进行标识，同时依然记录基因名称信息。
• 在图像相关的分析部分，软件对图像处理性能进行了优化。同时，在运行 SAW count 时，支持以TIFF格式直接输入显微镜拼接大图图像。
• SAW 分析中新增了基于 Leiden 聚类进行的差异表达分析，marker features 被记录在AnnData格式的 H5AD 和 CSV 文件中，并在 HTML 报告和 StereoMap 中展示。
• HTML 报告中的图表是交互式的，新增微生物分析页面，增加了 marker features 结果表格。
• 重新整理输出目录结构，使得结果文件更加清晰易查找，并将中间环节文件和日志放入指定的文件夹中。
• 输出可视化压缩文件visualization.tar.gz，其中包含 .stereo 统领文件，用于记录 SAW 分析流程的基本信息和 StereoMap 所需的字段信息。

历史版本

历史版本信息可以从 GitHub 获取。

获取帮助

有任何关于SAW版本的问题或疑虑？

请联系当地销售或FAS/FBS。