输入文件

在运行 SAW 分析流程之前，应提前准备好输入文件。启动分析的输入文件因生化实验操作、测序数据类型、选择的 SAW 分析流程等因素会有所不同。

SAW count 输入文件

准备输入文件、分析流程和参数设置时，请考虑以下事项：

SAW count 是将测序 FASTQ（数据）转换为空间特征表达矩阵（信息）的核心分析流程。在启动标准分析之前，应当调用 SAW makeRef 辅助流程构建参考基因组的索引文件，用于 read 的比对和注释。

Stereo-seq Chip T/N 芯片是时空转录组测序的载体，与 FASTQ 数据密切相关，时空芯片涉及的主要信息包括 SN（芯片序列号）和记录 CID 信息（Coordiante ID）的芯片 mask 文件。

时空芯片 mask 文件对于SAW count 分析流程的开启至关重要，可以从 STOmics Cloud 上的在线项目文件中获取。学习相关下载教程，可直接将芯片 mask 下载 Linux 服务器上。

SAW 通常需要显微镜拍照图像来作为样本组织的解剖结构参考图，是否输入图像（支持TIFF 或 .tar.gz格式）取决于具体的分析需求。

--kit-version 与产品试剂盒的版本相关，可在生化实验操作手册中找到对应信息，通过该参数程序可以自动识别流程中的内置参数设置，例如，“Stereo-seq T FF V1.2”表示对 Stereo-seq Chip T 芯片上的 FF（新鲜冷冻）组织样本开展分析。

--sequencing-type 与FASTQ测序相关，例：“PE100_50+100”，表示试剂盒采用 100 bp 双端测序方案，read 1 测序读长为 50 bp ，read 2 测序读长为 100 bp。

SAW realign 输入文件

将SAW count 输出 visualization.tar.gz 可视化压缩文件下载至本地后，解压后输入到 StereoMap 进行可视化查看和手动图像处理。需要注意，此次SAW count 的输出结果将在后续手动处理中发挥重要作用。

经过一系列手动调整后，StereoMap 的 Image Processing 模块会生成一个“重新调整”后的图像 .tar.gz 文件，将该文件传给 SAW realign 的 --realigned-image-tar 参数，重启分析流程。