输出结果
SAW count 输出结果
SAW count 是处理 FASTQ 测序数据的 的核心分析流程，通常会包含显微镜图像。如果你不熟悉 SAW 分析流程的输出结果，以下内容将带你了解一些基本知识。
如果找到SAW分析的输出目录？
SAW count 分析任务通常在工作目录下执行，在该目录下，将找到一个名为 --id 或 --sn（当--id参数没有启用时）的文件夹。
输出结果下面的文件夹都是什么？
输出目录下的文件夹主要包含三部分：
/outs - 主要的分析输出结果，按照数据类型进行分类整理；
/pipeline-logs - 分析流程的日志文件和相关配置文件；
/STEREO_ANALYSIS_WORKFLOW_PROCESSING - 中间环节、临时文件，统计信息文件和单程序模块的日志文件。
主要的分析输出结果中都包含什么文件？
SAW count 分析任务运行结束后，输出的结果文件依据其数据类型被分类。主要输出文件保存在 /outs文件夹下，方便分析人员更快速找到目标文件。
Main output files
什么是 HTML 报告？
HTML 报告汇总展示了分析过程中的统计信息，以及分析结果，以呈现 SAW count 任务运行的总体情况，更多解读请参见HTML报告详情页。
什么是可视化 visualization.tar.gz 文件？
可视化图像压缩包文件集成了 StereoMap 中结果展示所需的数据文件，其中主要包括空间表达矩阵、下游分析文件和图像相关文件。下面为一个简单的示例：
visualization
├── C04042E3.adjusted.cellbin.gef
├── C04042E3.bin20_1.0.h5ad
├── C04042E3.bin50_1.0.h5ad
├── C04042E3.cellbin_1.0.adjusted.h5ad
├── C04042E3.rpi
├── C04042E3_SC_20240930_141410_4.1.0.tar.gz
├── C04042E3.stereo
├── C04042E3.tissue.gef
└── HE_matrix_template.txt
SAW realign 输出结果
与 SAW count 的输出结果相比有何不同？
SAW realign 使用 --count-data 参数来获取reads比对、注释和空间表达矩阵相关的信息。经过手动处理的图像 .tar.gz 文件可以输出调整后的图像数据，协助分析流程生成组织和细胞维度的表达矩阵，具体结果取决于图像 .tar.gz 文件中所记录的手动处理信息。
能否通过SAW realign 分析流程输出 HTML 报告？
当然！ 你可以通过输入手动处理后的图像.tar.gz文件，运行SAW realign重启分析流程。