分析流程

SAW 软件中的分析流程是对子程序模块的整合，每个程序模块都能够独立地特定的任务，以此满足不同用户场景的分析需求。

核心分析流程

SAW count 是分析软件包的核心部分，支持处理绝大部分的 Stereo-seq FF，Stereo-seq FFPE 和 Stereo-CITE FF 的数据。输入文集包括芯片 mask 文件、测序 FASTQ 、参考基因组和显微镜图像，输出空间特征表达矩阵和下游分析结果。

辅助分析流程

辅助分析流程包含：

• SAW makeRef: 构建参考基因组的索引文件，需要 GTF/GFF 注释文件和 FASTA 基因组文件，以及包含特定rRNA 信息的 FASTA 文件；
• SAW chechGTF: 检查 GTF/GFF 注释文件是否为标准格式，在 SAW count 流程中会被自动调用。此外，可以从 GTF/GFF 中提取特定的注释信息；
• SAW realign: 接回 StereoMap 手动处理后生成的图像 .tar.gz 文件，重启分析流程；
• SAW reanalyze: 进行数据再分析，包含聚类分析、矩阵套索和差异表达分析；
• SAW convert: 提供数据格式转换工具。

辅助分析流程主要是为了支持 SAW 软件的正常运行，尽可能满足用户分析的使用场景，确保整个分析流程的顺利开展。